چندشکلی‌های تک نوکلئوتیدی ( SNP) امروزه به مهم‌ترین و کارآمدترین ابزار به نژادی تبدیل شده‌اند. مطالعات پویش کل ژنوم و انتخاب ژنومی دو کاربرد مهم در اصلاح نژاد دام هستند که هر دو مبتنی بر تعیین ژنوتیپ تعداد بسیار زیادی از این جایگاهها هستند. بدین منظور آرایه های با تراکم بالا از این نشانگرها در صنعت گاو شیری ارایه شده اند. از آنجاییکه ترانسکریپتوم تنها حاصل رونویسی بخشهایی از ژنوم است که رمزگر ب...

بر خلاف مرغ که اطلاعات ژنومی آن کامل است، اطلاعات ژنتیکی زیادی در رابطه با بلدرچین در دسترس نیست. با توجه به شباهت¬های ژنتیکی بلدرچین ژاپنی با مرغ و تکمیل نقشه ژنومی مرغ، توالی ژنومی تطبیقی آن و همولوژی مرغ با از جمله بلدرچین می تواند مورد مطالعه قرار بگیرند و نقشه ژنومی آن تهیه شود. هدف از این تحقیق بررسی همسانی ژنوم بلدرچین ژاپنی و مرغ بر اساس توالی dna بود. برای این منظور بخشی از توالی dna ژ...

نشانگرهای تک‌نوکلئوتیدی تمامی جایگاه‌های صفات کمی را تحت پوشش قرار داده و به طور بالقوه تمام واریانس ژنتیکی را توجیه می‌کنند. در این پژوهش از SNPهای گوسفندان سافوک استرالیایی که با تراشه نشانگری 50k شرکت ایلومینا، تعیین ژنوتیپ شده بودند، به منظور برآورد اجزای واریانس ژنومی، استفاده شد. صفات مورد بررسی وزن تولد و وزن شیرگیری بودند. کنترل کیفیت برای فراوانی آللی کمیاب (MAF) در دو آستانه یک و پنج ...

این مطالعه به منظور محاسبه الگوی عدم تعادل پیوستگی و تعیین ساختار بلوک‌های هاپلوتیپی برای 93 رأس گاو نژاد سرابی با استفاده از اطلاعات نشانگرهای SNP حاصل از CHIP 40k SNP- شرکت ایلومینا انجام شد. بعد از تعیین ژنوتیپ و کنترل کیفیت داده‌های ژنومی، 27386 SNP روی کروموزوم‌های اتوزومی جهت آنالیز های بعدی مورد استفاده قرار گرفت. عدم تعادل پیوستگی با استفاده از دو آماره r2 و 'D اندازه‌گیری شد. در این مط...

داده‌های ژنومی می‌تواند ما را به چگونگی شکل‌گیری نژادها و جمعیت‌ها و روند تأثیرگذاری رخدادهای ژنتیکی هرچند کمیاب در گذر زمان رهنمون سازد. از موارد بسیار ارزشمند جهت حفظ ذخایر ژنتیکی که خود موضوعی پر اهمیت تلقی می‌گردد و همچنین بهبود برنامه‌های اصلاح نژادی، پی‌بردن به ساختار ژنتیکی جوامع مورد مطالعه است. جهت مطالعه ساختار ژنتیکی جمعیت گوسفند زندی واقع در ایستگاه پرورش و اصلاح نژاد گوسفند زندی ته...

این مطالعه به منظور شناسایی حذف و درج‌های (ایندل‌ها) موجود در ژنوم شتر تک‌کوهانه ایرانی و ارزیابی گروه‌های عملکردی مرتبط با آن‌ها، با استفاده از داده‌های توالی‌یابی شده ژنوم کامل دو نفر شتر تک‌کوهانه ایرانی (شتر یزدی و شتر طرودی) انجام شد. در این تحقیق، برای افزایش دقت و صحت ایندل‌های شناسایی شده، از دو برنامه قدرتمند شناسایی واریانت (GATK و SAMtools) استفاده گردید. در نهایت، تنوع‌های شناسایی ش...

شناخت الگوی عدم تعادل پیوستگی در جمعیت‌های مختلف اطلاعات سودمندی برای بررسی‌های انتخاب ژنومیک (ژنومیک) (GS) و پویش ژنوم یا ژنوم (GWAS) و شناخت معماری ژنتیکی صفات از طریق بررسی فاز پایداری عدم تعادل پیوستگی بین نشانگر و جایگاه صفت کمی فراهم می‌کند. هدف از این پژوهش بررسی عدم تعادل پیوستگی در سه نژاد از گوسفندان بومی ایران (بلوچی، لری-بختیاری و زل) است. بدین منظور از 186 نمونه گوسفند (شامل 96 نمو...

باکتری ‌Bacillus velezensis یکی از عوامل پروبیوتیک گیاهی می‌باشد که اخیراً به‌عنوان یکی از ابزار‌های قوی بیوکنترل مورد توجه قرار گرفته است. هدف از این پژوهش معرفی و بررسی برخی از خصوصیات باکتری B. velezensis می‌باشد که از ریزوسفر گوجه‌فرنگی شهرستان کرمانشاه جداسازی شد. در این پژوهش باکتری B. velezensis به­ترتیب...

مقدمه: برآورد دقیق اجزای واریانس ژنتیکی و غیر ژنتیکی با اطلاعات شجره‌ای و ژنومی، از ملزومات پیش‌بینی صحیح ارزش‌های اصلاحی می‌باشد. دسترسی به آرایه‌های چندشکلی تک‌نوکلئوتیدی (SNP) با تراکم بالا و افزایش تعداد حیوانات با اطلاعات ژنوتیپی، دقت و صحت برآوردهای مبتنی بر جمعیت را افزایش می‌دهد. انتخاب ژنومی به‌طور بالقوه‌ای قادر است بیشتر واریانس ژنتیکی را توسط نشانگرها توجیه نماید. هدف از مطالعه حاضر...

چکیده با پیشرفت توالی یابی ژنوم و رمز گشایی ژنوم گونه های اهلی، استفاده از تنوع های موجود در ژنوم در برنامه های اصلاح نژاد دام سرعت بیشتری گرفت. در آزمایش اول این پژوهش، از نژاد های هلشتاین (1073 نمونه)، براوون سوئیس (775 نمونه)، مارکیجانا (410 نمونه)، پایمونتزا (479 نمونه) و پزاتاروسا (364 نمونه) نمونه خون تهیه شد و سپس با چیپ 50 کی گاوی ایلومینا برای 54001 جهش تک نوکلئوتیدی در سراسر ژنوم بر ...