پروتئومیک در واقع علم جداسازی و تعیین هویت پروتئینها و بررسی میزان حضور آنها در نمونه های بیولوژیکی است. در حال حاضر اساسی ترین تکنیک در جداسازی پروتئینها الکتروفورز ژل دو بعدی است که پروتئین ها را در دو بعد متعامد بر اساس شارژ و جرم مولکولی تفکیک می کند. پس از جدا سازی پروتئینها در صفحات حاوی ژل، این صفحات اسکن شده و تصویر آنها حاصل می شود. دو مجموعه تصویر در این تحقیق مورد استفاده قرار گرفتند...

سابقه و هدف : در سـال های اخیـر تکنولـوژی مـربوط به تـوصــیف لکه های پروتئینی نمایان شده بر ژل های الکتروفورز دو بعدی، توسعه ی قابل ملاحظه ای یافته و نرم افزارهای متعدد آماری آنالیز ژل نیز ایجاد و گسترش یافته است که تأثیر این ابتکارات بر ارتقاء پروتئومیک بسیار چشمگیر است.آنالیز داده های عظیم پروتئومیکی با دارا بودن متغیر های زیاد نیاز به روش های چند متغیره است که امکان آنالیز آماری همزمان چندین...

الکتروفورز ژل دو بعدی یکی­از روش های پایه و پرکاربرد در علم پروتئومیک است. درین روش، پروتیین های موجود در نمونه­ی اوّلیه براساس دو ویژگی وزن مولکولی و بار الکتریکی در دو بعد ازهم جدا شده و تصویری از لکّه­های پروتیینی می­دهد. به دلیل تعداد زیاد لکّه های پروتیینی موجود دریک ژل نمونه که نزدیک به هم قرار دارند، پردازش تصاویر فرآیندی پیچیده است. وجود منابع نویز و آرتیفکت هم­چون شکستگی ها، آرتیفکت های ن...

استفاده از گیاهان تراریخته در سال های اخیر بسیار مورد توجه قرار گرفته است. ا جمله این گیاهان می توان به پنته-های تراریخته مقاوم به کرم قوزه پنبه و قارچ ورتیسلیوم اشاره کرد. طبق قانون ایمنی زیستی، صدور مجوز به منظور رهاسازی گیاهان تراریخته و استفاده از آن ها به عنوان غذا در قبال ارزیابی مخاطرات احتمالی از جمله این همانی، امکان-پذیر می باشد. استفاده از پروتئومیکس، راهی برای نشان دادن اثرات نا خوا...

تطبیق لکه‌های پروتئینی در تصاویر الکتروفورز ژل دو بعدی (2DGE) یکی از فرآیندهای اصلی در تحلیل این تصاویر است. به‌دلیل چالش‌های موجود در تصاویر 2DGE همچون حضور نویز و آرتیفکت‌، تطبیق لکه‌های پروتئینی تحت نظارت کاربران انجام می‌گیرد که این نظارت موجب ایجاد خطای انسانی می‌گردد. ازاین‌رو در این تحقیق، الگوریتمی جدید و خودکار برای تطبیق لکه‌های پروتئینی، مبتنی بر مدل‌های احتمالاتی ارایه شده است. به‌د...

سابقه و هدف : در سـال های اخیـر تکنولـوژی مـربوط به تـوصــیف لکه های پروتئینی نمایان شده بر ژل های الکتروفورز دو بعدی، توسعه ی قابل ملاحظه ای یافته و نرم افزارهای متعدد آماری آنالیز ژل نیز ایجاد و گسترش یافته است که تأثیر این ابتکارات بر ارتقاء پروتئومیک بسیار چشمگیر است.آنالیز داده های عظیم پروتئومیکی با دارا بودن متغیر های زیاد نیاز به روش های چند متغیره است که امکان آنالیز آماری همزمان چندین...

الکتروفورز ژل دو بعدی یکی­از روش‌های پایه و پرکاربرد در علم پروتئومیک است. درین روش، پروتیین‌های موجود در نمونه­ی اوّلیه براساس دو ویژگی وزن مولکولی و بار الکتریکی در دو بعد ازهم جدا شده و تصویری از لکّه­های پروتیینی می­دهد. به دلیل تعداد زیاد لکّه‌های پروتیینی موجود دریک ژل نمونه که نزدیک به هم قرار دارند، پردازش تصاویر فرآیندی پیچیده است. وجود منابع نویز و آرتیفکت هم­چون شکستگی‌ها، آرتیفکت‌های ن...

سابقه و هدف : ترکیب آمار تک متغیره و چند متغیره می تواند به شناسایی تغییرات بیولوژیکی واقعی معنی دار در بیان پروتئین ها بین گروههای آزمایشی مختلف کمک نماید. یکی از معمولی ترین روش های آماری که کمک بسیاری به آنالیز ژل های الکتروفورز دو بعدی می کند آنالیز مولفه اصلی((PCA)Principal components analysis) است. در این مطالعه فرآیند تمایز سلول های بنیادی به آستروسیت ها مورد بررسی پروتئومیکی قرار گرفت و...

مقدمه: در اغلب موارد، پس از انجام الکتروفورز دو بعدی تا چند صد پروتئین روی ژل از یکدیگر تفکیک می شوند. از آن جا که این پروتئین ها بی رنگ هستند، لازم است به نحوی آن ها را رنگ آمیزی و آشکار نمود. پس از رنگ آمیزی، هر پروتئین به صورت یک لکه روی ژل ظاهر می شود. مواد و روش ها: در این تحقیق سه روش رنگ آمیزی کوماسی ساده، کلوئیدال کوماسی بلو و نقره آبی برای ظاهر سازی لکه های پروتئینی مغز موش ماد...