همردیفی توالی ها روشی برای در اختیار گرفتن اطلاعات اساسی در بیوانفورماتیک است. با این حال، حل مساله ی همردیفی توالی های چندگانه دشوار است. در این پایان نامه ، بهینه سازی تجمع ذرات و الگوریتم ژنتیک برای حل این مساله استفاده شده است. درالگوریتم تجمع ذرات، هر ذره نشان دهنده ی یک همردیفی است و ذرات برای رسیدن به جواب با استفاده از برخی قوانین حرکت می کنند. همچنین در الگوریتم ژنتیک هر کروموزوم به عن...

در این پژوهش قصد داریم شیوه های مختلف و راهکارهای گوناگون ساخت گراف های رشته را مورد مطالعه و بررسی قرار دهیم. گراف های رشته در حقیقت خود یک شکل بهینه شده از گراف های همپوشان هستند. گراف های رشته و همپوشان توسط رشته هایی موسوم به خوانش موجود در ژنوم موجود زنده، توالی ژنوم را تعیین می کنند. در این زمینه به دلیل حجم داده ای بالا و لزوم ذخیره سازی سریع آنها، روش های متفاوتی با زمان های اجرای مختلف...

پوتی ویروس های موزائیک جنوبی مرغ  (bermuda grass southern mosaic virus, bgsmv) و موزائیک کوتولگی ذرت (maize dwarf mosaic virus, mdmv)  با وجود  شباهت هایی، به لحاظ پراکنش جغرافیایی و وجود قطعه 90 نوکلئوتیدی اضافی در ناحیه 5' ژن پروتئین پوششی bgsmv  با هم اختلاف دارند. در این پژوهش تاثیر تغییر دما بر روی شدت بیماری ناشی از  bgsmv  و mdmv مورد بررسی قرار گرفت و قطعه 90 نوکلئوتیدی در  ژن پروت...

شیگلا دیسانتری یکی از عوامل اصلی بیماری اسهال در انسان است و هم چنین وبا (ویبریوکلرا) بیماری عفونی بسیار مهلکی می باشد که به صورت اپیدمی ها و پاندمی هایی بروز می کند. ساخت واکسن علیه این دو بیماری بسیار مفید به نظر می رسد. بهترین روش برای ساخت واکسن علیه این دو بیماری، استفاده از زیر واحدهای b‏ انتروتوکسین این دو باکتری می باشد که به نامهای stxb (برای شیگلادیسانتری) و ctxb (برای ویبریوکلرا) مشه...

پروتئین‌های غیراختصاصی ناقل لیپید 2(nsLTP2) یکی از اعضای خانواده پرولامین‌ها هستند که به‌ دلیل ساختار ویژه خود توانایی انتقال ترکیبات لیپوفیل مختلفی را دارند. با وجود مزیت‌های نسبی پروتئین LTP2 در انتقال دارو، خاصیت آلرژنی این پروتئین‌ها نیز گزارش شده است. هدف مطالعه حاضر بررسی توالی و ساختار پروتئین nsLTP2 برنج ایرانی و نیز بهبود برخی از ویژگی های آن برای استفاده در سیستم‌های تحویل دارو، توسط...

استریکتوزیدین سینتاز یک آنزیم کلیدی است که در بیوسنتز الکالوئیدهای مختلف گیاهی نقش دارد. دومین همولوگ استریکتوزیدین سینتاز در موجودات مختلف از جمله گیاه مدل آرابیدوبسیس تالیانا یافت شده است. با انجام مطالعات بیوانفورماتیک و بیان در یکی از ژن های شبه استریکتوزیدین سینتاز  (SSL6) در گیاه آرابیدوبسیس مشاهده شد که ژن به طور معنی داری به تیمار با سیگنال های مولکولی، تیمار با آلترناریا و ویر...

از آنجا که تعداد زیادی از جمعیت جهان به صورت نهفته با باسیل سل (Mycobacterium tuberculosis) آلوده هستند، واکسن هایی که سل نهفته را مورد هدف قرار بدهند تاثیر قابل توجهی در کنترل شیوع جهانی سل خواهند داشت. در این پژوهش ابتدا آنالیزهای بیوانفورماتیک روی یک پروتئین مایکوباکتریایی مربوط به فاز نهفته عفونت به نام Rv1733c انجام شد و پیش بینی شد که Rv1733c یک پروتئین غشایی با تعداد زیادی اپیتوپ های سلو...

پوتی‌ویروس‌های موزائیک جنوبی مرغ  (Bermuda grass southern mosaic virus, BgSMV) و موزائیک کوتولگی ذرت (Maize dwarf mosaic virus, MDMV)  با وجود  شباهت‌هایی، به لحاظ پراکنش جغرافیایی و وجود قطعه 90 نوکلئوتیدی اضافی در ناحیه 5' ژن پروتئین پوششی BgSMV  با هم اختلاف دارند. در این پژوهش تاثیر تغییر دما بر روی شدت بیماری ناشی از  BgSMV  و MDMV مورد بررسی قرار گرفت و قطعه 90 نوکلئوتیدی در  ژن پروتئین پ...

میکروارگانیسم ها عامل تخریب زیستی اشیاء فرهنگی در حوزه های هنر و نوشتاری محسوب می شوند. در این بین قارچ ها به دلیل توانایی بالا در تولید انواع آنزیم های تجزیه کننده از اهمیت به سزایی برخوردارند. آنچه که مسلم است نگهداری و مرمت آثار باستانی بدون اطلاعات کافی از عوامل تخریب کننده ممکن نیست. روش های جداسازی و طبقه بندی متداول کلاسیک، وقت گیر و خسته کننده اند و شناسایی دقیق در سطح گونه با استفاده ا...

هدف از این مطالعه توصیفی تعیین اپی توپ های پروتئینی felis domesticus (گربه) و canis familiaris (سگ) بود که به شدت به آلل های hla رده ii انتخابی متصل می شوند تا اپی توپ های کاندید واکسن سنتزی و جمعیت ها/اشخاصی که احتمال دارد به واکسن پاسخ دهند را شناسایی کنند. توالی های اسید آمینه fasta پروتئین های آلرژی زای به طور تجربی تایید شده سگ و گربه خانگی با استفاده از پایگاه داده های نامگذاری آلرژن اتحا...