روش شبیه سازی دینامیک مولکولی به عنوان ابزاری دقیق جهت مطالعه خواص توده و سطحی مایعات قطبی و مایعات یونی به کار برده شد. جهت استفاده از این روش نیاز به پارامتر های میدان نیرو با دقت بالا داریم. با استفاده از محاسبات کوانتوم شیمی پارامترهای میدان نیرو برای این ترکیبات بهینه گردید. با استفاده از میدان نیروهای بهینه شده شبیه سازی بر روی این ترکیبات در هنگرد های آماری با اندازه بزرگ انجام پذیرفت و ...

در کار حاضر به کمک شبیه‏سازی دینامیک مولکولی غیرتعادلی، رفتار رئولوژیکی هیدروکربن‏های خطی در شرایط نانو بررسی شده است. سیستم شبیه‏سازی به صورت جریانی متشکل از مولکول‏های هیدروکربن مورد نظر، محدود شده میان دو دیواره مولکولی موازی است. با ایجاد جریان برشی در سیستم از طریق حرکت صفحه بالایی با سرعت ثابت و بررسی تغییرات گرانروی با نرخ برش، می‏توان رفتار رئولوژیکی هیدروکربن‏ها را بررسی کرد. گرانروی ه...

تعیین مقدار دقیق ضریب دیفیوژن یک ماده که میزان پخش آن ماده را در بستر ماده¬ای دیگر بیان می¬کند، برای مدلسازی دقیق فیزیکی، شرط ضروری است. دقیق¬ترین روش برای محاسبه این گونه خواص، روش¬های دینامیک مولکولی است. متأسفانه این گونه روش¬ها هزینه محاسباتی بسیار بالایی دارند. هدف از این مقاله، معرفی روشی مناسب در مقیاس مزو و ارائه الگوریتمی بهینه برای محاسبه ضریب دیفیوژن با استفاده از این روش است. در مطا...

درک سازوکار رفتار نانوکامپوزیت های پایه پلیمری، نیازمند بررسی در سطح مولکولی است. این نوع بررسی با استفاده از فنون تجربی، چالش برانگیز است. شبی هسازی دینامیک مولکولی به عنوان یکی از معمول ترین روش های محاسباتی، م یتواند نقش مهمی در کمک به توجیه و تفسیر نتایج تجربی بازی کند. در کار حاضر، برخی از خواص شیمی فیزیکی نانوکامپوزیت های پایه پلیمری حاوی نانولوله های کربنی، بورونیتریدی و استخلاف دار، پلی...

جاذب های کربنی از جمله مواد پر کاربرد در سیستم های جداسازی مایع و گاز هستند. دسترسی آسان، قیمت مناسب و خواص ساختاری منحصر به فرد آن ها سبب شده که از موقعیت اقتصادی و کاربردی ویژه ای برخوردار باشند. مطالعات تئوری و آزمایشگاهی بسیار زیادی در زمینه ی خواص جاذب های کربنی انجام شده است. ولی همچنان انگیزه برای دریافت اطلاعات ساختاری، فیزیکی و شیمیایی این جاذب ها با جزئیات بیشتر وجود دارد. شبیه سازی م...

بیماری آلزایمر شایع ترین نوع زوال عقل است. پپتید های آمیلوئید بتا نقش کلیدی را در آسیب شناسی بیماری آلزایمر عهده دار هستند و تحقیقات اخیر نشان داده است که الیگومرهای آمیلوئید بتا سمی ترین جز آن هستند. در بین الیگومرها، نوع دیمر با توجه به ماندگاری بالا در مقایسه با دیگر انواع، دارای اثرات سمی بیشتری می باشد. پریفولدین یک چپرون مولکولی است که از تجمع پروتئین هایی که اشتباه تاخورده اند جلوگیری کر...

ژن c-myc نقش مهمی در تنظیم رشد و تکثیر سلولی ایفا می کند و بیان بیش از حد این ژن در گستره وسیعی از سرطان های انسانی دیده شده است. حدود 90% رونویسی ژن c-myc از طریق یک توالی 27 نوکلئوتیدی غنی از گوانین بسیار حساس به نوکلئاز بنام nuclease-hypersensitive element iii (nhe iii) کنترل می شود که این توالی قادر به تشکیل ساختار g-quadruplex تحت شرایط فیزیولوژیک است. بنابراین dna ژن c-myc یک هدف مناسب بر...

امروزه سوخت های پاک از جمله بیودیزل (استرهای مونوآلکیل اسیدهای چرب بلند زنجیر) بطور وسیعی مورد توجه قرار گرفته اند. در این پایان نامه ?- لینولئات متیل استر که یکی از اولین بیودیزل های بکار رفته در صنعت می باشد، مورد مطالعه قرار گرفته است. این مطالعات شامل محاسبات نظریه تابعیت چگالی، شبیه سازی های مونت کارلو و دینامیک مولکولی می باشد. مطالعات نظریه تابعی چگالی شامل بهینه سازی ساختاری و محاسبه ان...

بر اساس نتایج آزمایشات بارگذاری بر روی نانوتیوبهای کربنی و کامپوزیتهای آن، شکل پذیری و جذب انرژی قابل توجهی در ورای حد الاستیک در این نانوسازه ها دیده شده است. با توجه به محدودیتهای محاسباتی روشهای تحلیلی (نظیر دینامیک مولکولی و مکانیک کوانتومی) برای شبیه سازی این رفتار، در این مقاله از روش مدلسازی مکانیک محیط پیوسته در قالب روش اجزای محدود استفاده شده است. به این صورت که ابتدا چگونگی بروز رفتا...

در میان پروتئین ها، پروتئین سرم آلبومین انسانی بیشتر از همه مورد مطالعه قرارگرفته و کاربردهای گسترده ای در بیوشیمی دارد. آلبومین سرم انسانی (hsa) فراوان ترین پروتئین موجود در پلاسما و حمل کننده ی بسیاری از داروها برای اهداف دارویی مختلف است. همچنین آلبومین حمل ونقل کننده هورمون ها، اسیدهای چرب و ترکیبات دیگر است، و فشار اسمزی را حفظ می کند. به دلیل خواصی که آلبومین در پیوند شدن با لیگاندها دارد...