توسعه و ایجاد یک مدل پیشگویانه برپایه ساختار با استفاده از روش رگرسیون خطی چندگانه براساس اجماع چندین روش داکینگ متفاوت (autodock vina, gold, flexx, surflex and glide) و توصیف کننده های حاصل از نتایج آن ها مورد مطالعه قرار گرفت. رابطه کمی ساختار-فعالیت میان فعالیت بازدارندگی 26 بازدارنده tmk استافیلوکوکوس اورئوس با توصیف کننده های داکینگ ایجاد گشت. برای اطمینان از توانایی پیشگویی مدل، مدل qsar ...

سوپراکسیددیسموتاز (sods) یکی از مهمترین آنتی اکسیدانهائی است که از سلولها در مقابل آسیب های ناشی از استرس اکسیداتیو محافظت می کند. در این میان یافتن ترکیبات شیمیایی تازه ای که توانائی فعال سازی این آنزیم را داشته باشد از اهمیت زیادی برخوردار است. لذا در این پژوهش از رویکرد محاسباتی جهت یافتن محرک های جدید آنزیم sod استفاده گردیده است. در این بررسی برروی 15 ترکیب شیمیایی سنتز شده توسط soulére e...

فتوپروتئینهای وابسته به یون کلسیم از دو خانواده کتنوفور (شانه داران) و کلنترات (کیسه تنان) با وجود تشابه ساختاری بالا، میزان تشابه آمینواسیدی بسیار پایینی دارند. در فتوپروتئینهای کلنترات، حفره اتصال به کلنترازین شدیداً آبگریز و دور از دسترس حلال است و اگرچه هیچ آمینواسید بارداری دیده نمیشود، حضور یک باقیمانده دارای بار مثبت، یعنی آرژنین 39 (در نمیوپسین)، در این حفره در فتوپروتئینهای کتنوفور بسیا...

مطابق نظریه ی آمیلویید، علّت آسیب دیدن سلول های عصبی سیستم اعصاب مرکزی در بیماران آلزایمری، تجمّع و تشکیل توده های پروتیین آمیلوییدبتا است. بدین منوال، تجزیه ی صفحه های بتا در مرحله ی ابتدایی این فرایند به عنوان یک روش درمان مناسب برای این بیماری پیشنهاد می شود. دارویی که درین تحقیق مطابق همین هدف استفاده شده، پنج پپتید جداشده از پایانه ی کربوکسیل آمیلوییدبتا با توالی گلیسین، لوسین، متیونین، والی...

مطالعات داکینگ نشان داد که این مشتقات با اسیدآمینه های, arg37 , his126 , lys156thr101 , glu172 و glu99 تشکیل پیوند هیدروژنی داد و با اسیدآمینه هایhis126, glu99 و lys156 تشکیل پیوند pi-cationدادند. خلوص مشتقات کورکومین توسطtlc و ساختمان مولکولی آن ها با استفاده از طیف های ft-ir و پروتون nmr تایید شد. تمام ترکیبات سنتز شده قادرند آنزیم glyoxalase iرا به طور موثری مهار کنند. بر اساس آنالیز های ...

ساختارهای نانوپروتئینی می­توانند توسط توانایی ذاتی خودتجمعی مولکول­ها تشکیل شوند که این توانایی می تواند به­وسیله حدواسط­ها اصلاح گردد. در میان عوامل خودتجمعی ذاتی پروتئین ها، هیدروفوبیسیته مهمترین عامل است. مولکول­هایحدواسطی مانند گلوتارآلدئید می تواند باعث تجمع پروتئینی و تشکیل نانوذره گردند. در این پژوهش از نرم افزار Aggrescan 3D  برای بررسی پروتئین­هایی که خاصیت خودتجمعی دارند استفاده شد و ...

اندوستاتین، پپتیدی است حاصل از برش پروتئولیزی کلاژن18، که یک مهارکننده درونزای رگزایی و رشد تومور می باشد.چندین فعالیت آنژیوژنزی از این پروتئین گزارش شده است همچون مهار مهاجرت، تکثیرسلولهای اندوتلیال وتشکیل رگهای خونی. اندوستاتین همچنین فعالیت فاکتور رشد اندوتلیال آوندی (vegf) که نفوذ پذیری آوندی را القا می کند را مهار می کند. گیرنده این مولکول در بدن مولکول اینتگرین می باشد. برخی از محققان پپت...

بیماری آلزایمر از شایع ترین بیماری های زوال عقلی در سالخوردگان است که بر اثر کاهش سطح استیل کولین در نقاط مختلف مغز ایجاد می شود. استیل کولین استراز آنزیم مهمی در سیستم اعصاب مرکزی است که مسئول هیدرولیز استیل کولین به ویژه در هیپوکامپ و کورتکس مغز است. طیق فرضیه کولینرژیک مهارکننده های آنزیم استیل کولین استراز با افزایش سطح استیل کولین می-توانند علائم مربوط به بیماری آلزایمر را تا حدی کاهش دهند...

مقدمه: در مطالعه پیش رو، به منظور کاهش عوارض جانبی داروهای ضد التهابی و افزایش اختصاصیت آن ها، از طریق زیست شناسی محاسباتی و دانش بیوانفورماتیک، مهارکننده دارویی جدیدی طراحی شد. مواد و روش ها: به این منظور ابتدا 150000 ترکیب با خاصیت دارویی از پایگاه داده ZINC و هم چنین فایل مربوط به ساختار آنزیم سیکلواکسیژناز 2، از پایگاه داده(Research Collaboratory for Structural Bioinformatics) RCSB استخراج ...

سابقه و هدف:با توجه به اثرات وابسته به غلظت فلز روی هدف از این تحقیق ارزیابی اثر مهارکنندگی فلز روی بر فعالیت اکسیداتیو آنزیم پراکسیداز به عنوان یکی از مهمترین انزیمهای تنفسی سلول است. مواد و روشها:به منظور استخراج پارامترهای سینتیکی منحنی فعالیت پراکسیداز در غلظتهای مختلف روی بر علیه زمان رسم شده و مکانیزم مهارکنندگی با کمک رسم منحنی های لینور- برگ و داکینگ مولکولی بررسی شده است. یافته ها:فل...