Background: Microarray DNA technology has paved the way for investigators to expressed thousands of genes in a short time. Analysis of this big amount of raw data includes normalization, clustering and classification. The present study surveys the application of clustering technique in microarray DNA analysis. Materials and methods: We analyzed data of Van’t Veer et al study dealing with BRCA1...

مقاومت به شوری صفت بسیار پیچیده ایی است که ژن های متعددی در آن نقش دارند. تا به امروز فعالیت های متعددی همچون استفاده از تنوع ژنتیکی، ایجاد گیاهان تراریخته، و یا تغییر سطوح بروز ژن های درگیر در مقاومت، برای بهبود مقاومت به شوری در گیاهان بکار گرفته شده اند. شناسایی ژن های جدید موثر در مقاومت و بهره-برداری از آن ها، برای درک بهتر از پاسخ یک موجود زنده به شرایط مختلف ضروری است. روش های بیولوژیکی ...

پردازش رشته های ژنتیکی برای مقاصد انتخاب و طبقه بندی ژن ها از اهداف اساسی علم بیوانفورماتیک، به عنوان پیوندی بین علوم کامپیوتر و علوم ژنتیکی است. فرایند انتخاب رشته های ژنتیکی به معنای کشف مواردی از بروز یک ژن خاص و مرتبط، ولی با شکل های متفاوت است؛ که ممکن است در مقاطع زمانی مختلف در بافت های متفاوت ظاهر شده باشند، درحالی که طبقه بندی به دسته بندی ژن های مرتبط با هم در جریان نمونه های مختلف می...

سلول های اندودرم قطعی می توانند اندام های بسیار مهمی را در بدن تولید نمایند از جمله کبد و پانکراس. برای تولید این سلول ها می توان از تمایز سلول های بنیادی استفاده کرد. در تمایز سلول های بنیادی فاکتورهای رونویسی نقش بسیار مهمی دارند. در این مطالعه ما با استفاده از اطلاعات مربوط به آزمایش ریزآرایه پروفایل بیانی تمایز سلول های اندودرم قطعی را به منظور پیدا مردن مهمترین فاکتورهای رونویسی دخیل در تم...

برنج یکی از ارزشمندترین محصولات کشاورزی است. یکی از تأثیرگذارترین عوامل محدود کننده این محصول استراتژیک تنش خشکی می‌باشد. نظر به چند ژنی بودن تحمل به خشکی، هدف پژوهش حاضر بازسازی شبکه ژنی درگیر و شناسایی ژن‌های کلیدی مربوطه در برنج با استفاده از تجزیه و تحلیل داده‌های ریزآرایه بوده است. به همین منظور با استفاده از نرم‌افزار تحت وب Genevestigator تمامی ژن‌های دارای تغییر بیان بالاتر و مساوی 5/2 ...

زمینه مطالعه: ردیابی ژن‌های مربوط به عوامل حدت که در یک سویه از اشریشیا کلی‌‌حضور دارند جهت تعیین پروفایل ژنوتیپی و همچنین قرارگیری سویه در پاتوتیپی خاص از اهمیت فوق العاده‌ای برخوردار است. هدف: هدف از انجام این مطالعه تعیین پاتوتیپ جدایه های مختلف ‌E. coli جدا شده از گوساله‌ها و طیور بومی ایران با استفاده از تکنیک ریزآرایه می باشد. روش کار: در مطالعه حاضر تعداد 67 جدایه از اشریشیا کلی ‌پـ...

برنج یک گیاه گلیکوفیت است و شوری خاک یکی از مهمترین محدودکنندههای تولید برنج می‌باشد. از آنجایی که دستیابی به برنج متحمل به تنش شوری نیازمند درک سازوکار پیچیده پاسخگویی به تنش است، در این تحقیق تلاش شده تا با آنالیز داده‌های تولید شده از طریق فناوری ریزآرایه، ژنهای مهم پاسخگو به تنش شوری شناسایی شوند. بدین منظور نه سری داده ریزآرایه مورد آنالیز قرار گرفتند و تعداد 13798 ژن، دو برابر تغییر بیان ...

سابقه و هدف: به کارگیری فناوری ریزآرایه dna که امکان بررسی بیان هزاران ژن را به طور هم زمان در حداقل زمان ممکن می سازد، در سال های اخیر موجب تولید حجم انبوهی از داده های بیان ژنی شده است. تحلیل آماری این داده ها شامل مواردی چون نرمال سازی، خوشه بندی، طبقه بندی است. هدف این مقاله بررسی نحوه به کارگیری روش های آماری خوشه بندی در داده های ریز آرایه dna است. روش بررسی: در این تحقیق داده های سرطان پ...