در این رساله، فعالیت داروها بر اساس ساختار پروتئین هدف و برهمکنش داروها با آن و سپس محاسبه توصیف کننده های دارو و ساخت یک مدل ریاضی بین فعالیت دارو و توصیف کننده ها (qsar) پیش بینی شد. در این رابطه ساختار سه بعدی پروتئین مورد نیاز بود. در مواردی که ساختار کریستالی پروتئین موجود نبود جهت پیش بینی ساختار سه بعدی آن از روش مدل سازی همسانی(homology modeling) استفاده شد. شبیه سازی دینامیک مولکولی سا...

چکیده زیست توده از جمله منابع تجدیدپذیر انرژی به شمار می آید که توانایی آن را دارد تا در آینده به نیاز جامعه بشری پاسخ دهد. زیست گاز به طور عمده از 70-50% متان، 40-30% کربن دی اکسید و مقادیر کمی از گازهای دیگر تشکیل شده است. ارزش گرمایی زیست گاز مربوط به گاز متان است. حذف کربن دی اکسید و هیدروژن سولفید به میزان قابل توجهی، محتوای انرژی و کیفیت زیست گاز را افزایش می دهد. جذب، ذخیره-سازی و جداسا...

در این کار با انجام شبیه سازی دینامیک مولکولی برخی از خواص سدیم مذاب مورد مطالعه قرار گرفته است. تابع انرژی پتانسیل مورد نیاز در این شبیه سازی یک تابع پتانسیل لنارد- جونز است. تغییر بزرگی بخش جاذبه و دافعه ی تابع پتانسیل، نشان داد که تابع پتانسیل لنارد- جونز(4-5) به خوبی می تواند خواص سدیم مایع و بخار را تولید کند. از شبیه سازی دینامیک مولکولی برای محاسبه ی خواص ساختاری و دینامیکی سدیم در بازه ...

روش شبیه سازی دینامیک مولکولی به عنوان ابزاری دقیق جهت مطالعه خواص توده و سطحی مایعات قطبی و مایعات یونی به کار برده شد. جهت استفاده از این روش نیاز به پارامتر های میدان نیرو با دقت بالا داریم. با استفاده از محاسبات کوانتوم شیمی پارامترهای میدان نیرو برای این ترکیبات بهینه گردید. با استفاده از میدان نیروهای بهینه شده شبیه سازی بر روی این ترکیبات در هنگرد های آماری با اندازه بزرگ انجام پذیرفت و ...

افزایش مشکلات ناشی از شوری خاک در کشاورزی و وسعت زمین های شور در جهان، به منظور شناسایی مکانیسم های تحمل به شوری در گیاهان و اصلاح گیاهان متحمل به شوری، توجه بیشتر محققان را به خود جلب کرده است. آرابیدوپسیس تالیانا به عنوان یک گیاه شیرین پسند برخلاف بسیاری از گیاهان زراعی، تا حدی توانایی تحمل غلظت های بیش از 50 میلی مولار نمک را دارد و در این راستا مسیر(salt overly sensitive (sos مهمترین مکانیس...

فناوری نانو جنبه های مختلف دنیای امروز را تحت تاثیر خود قرار داده است. انتقال کنترل شده دارو به اندام هدف، یکی از کاربردهای مهم نانوفناوری است. حامل های مختلفی به عنوان ناقل های دارو در دارورسانی مورد استفاده قرار می گیرند، یکی از این حامل های دارو نانولوله ها هستند، و در بین نانولوله ها، نانولوله نیترید بور به دلیل خواص ویژه توجه زیادی را به خود جلب کرده است. هدف از این پژوهش مطالعه جذب مولکو...

فلزات دارای ساختاری کریستالی می¬باشند و جریان پلاستیک در آنها، محدود به صفحات کریستالی خاص و در جهات خاصی واقع در این صفحات است. در این مکانیزم، ناهمگونی میکروساختار و اثرات تغییر در جهات کریستالی نقش اساسی را در رفتار ماده ایفا می¬کنند. در این مقاله برای بررسی اثر جهات کریستالی و بافت ماده، از معادلات ساختاری کریستال پلاستیسیته برای شبیه¬سازی استفاده شده است. ابتدا به¬کمک روش ورونی فضای شبیه¬س...

تلاش دانشمندان برای کنترل و درمان بیماریها هر روز افق های جدیدی را به روی جامعه بشری می گشاید. شبیه سازی که در مورد گیاهان و حیوانات با موفقیت همراه شده، از یک سو چالشهایی عظیم و پرسشهایی بنیادین را در مورد شبیه سازی انسان دامن زده است، و از سوی دیگر نوید بخش علاج بسیاری از بیماریها بوده است (شبیه سازی درمانی). مخالفت صریح جامعه بین المللی با شبیه سازی انسان، جست و جو در مبنای مشروعیت شبیه سازی...

درک سازوکار رفتار نانوکامپوزیت های پایه پلیمری، نیازمند بررسی در سطح مولکولی است. این نوع بررسی با استفاده از فنون تجربی، چالش برانگیز است. شبی هسازی دینامیک مولکولی به عنوان یکی از معمول ترین روش های محاسباتی، م یتواند نقش مهمی در کمک به توجیه و تفسیر نتایج تجربی بازی کند. در کار حاضر، برخی از خواص شیمی فیزیکی نانوکامپوزیت های پایه پلیمری حاوی نانولوله های کربنی، بورونیتریدی و استخلاف دار، پلی...

سابقه و هدف: در این مطالعه به اثر اتصال یون فلزی روی بر تغییرات ساختاری و پایداری پروتئین آمیلوئید بتا، موثر در بروز بیماری آلزایمر در سطوح مولکولی پرداختیم. روش بررسی: این بررسی با کمک محاسبات شبیه سازی دینامیکی مولکولی و با استفاده از نرم افزار گرومکس نسخه 4.6.5 و میدان نیروی 03 amber و مدل حلال آب spc216 انجام گرفت. یافته ها: به کمک انحراف جذر مربع میانگین، صحت انجام شبیه سازی بررسی و با کمک...