همردیفی توالی ها روشی برای در اختیار گرفتن اطلاعات اساسی در بیوانفورماتیک است. با این حال، حل مساله ی همردیفی توالی های چندگانه دشوار است. در این پایان نامه ، بهینه سازی تجمع ذرات و الگوریتم ژنتیک برای حل این مساله استفاده شده است. درالگوریتم تجمع ذرات، هر ذره نشان دهنده ی یک همردیفی است و ذرات برای رسیدن به جواب با استفاده از برخی قوانین حرکت می کنند. همچنین در الگوریتم ژنتیک هر کروموزوم به عن...

در این پژوهش قصد داریم شیوه های مختلف و راهکارهای گوناگون ساخت گراف های رشته را مورد مطالعه و بررسی قرار دهیم. گراف های رشته در حقیقت خود یک شکل بهینه شده از گراف های همپوشان هستند. گراف های رشته و همپوشان توسط رشته هایی موسوم به خوانش موجود در ژنوم موجود زنده، توالی ژنوم را تعیین می کنند. در این زمینه به دلیل حجم داده ای بالا و لزوم ذخیره سازی سریع آنها، روش های متفاوتی با زمان های اجرای مختلف...

پوتی ویروس های موزائیک جنوبی مرغ  (bermuda grass southern mosaic virus, bgsmv) و موزائیک کوتولگی ذرت (maize dwarf mosaic virus, mdmv)  با وجود  شباهت هایی، به لحاظ پراکنش جغرافیایی و وجود قطعه 90 نوکلئوتیدی اضافی در ناحیه 5' ژن پروتئین پوششی bgsmv  با هم اختلاف دارند. در این پژوهش تاثیر تغییر دما بر روی شدت بیماری ناشی از  bgsmv  و mdmv مورد بررسی قرار گرفت و قطعه 90 نوکلئوتیدی در  ژن پروت...

شیگلا دیسانتری یکی از عوامل اصلی بیماری اسهال در انسان است و هم چنین وبا (ویبریوکلرا) بیماری عفونی بسیار مهلکی می باشد که به صورت اپیدمی ها و پاندمی هایی بروز می کند. ساخت واکسن علیه این دو بیماری بسیار مفید به نظر می رسد. بهترین روش برای ساخت واکسن علیه این دو بیماری، استفاده از زیر واحدهای b‏ انتروتوکسین این دو باکتری می باشد که به نامهای stxb (برای شیگلادیسانتری) و ctxb (برای ویبریوکلرا) مشه...

ژن گیرنده پرولاکتین به دلیل نقش حیاتی در انتقال علائم هورمون لاکتوژن به پروموتر پروتئین شیر از مهمترین ژن های کاندیدای مؤثر در تولید شیر شناخته شده است. تحقیق حاضر با هدف توالی‌یابی اگزون 9 ژن گیرنده پرولاکتین در بز خلخالی و آنالیز بیوانفورماتیک این ژن در حیوانات اهلی انجام شده است. جهت آنالیزهای بیوانفورماتیک و مقایسه گونه‌ای، از توالی‌های ژنومی گونه‌های مختلف حیوانات اهلی استفاده شد جهش مشاهد...

پوتی‌ویروس‌های موزائیک جنوبی مرغ  (Bermuda grass southern mosaic virus, BgSMV) و موزائیک کوتولگی ذرت (Maize dwarf mosaic virus, MDMV)  با وجود  شباهت‌هایی، به لحاظ پراکنش جغرافیایی و وجود قطعه 90 نوکلئوتیدی اضافی در ناحیه 5' ژن پروتئین پوششی BgSMV  با هم اختلاف دارند. در این پژوهش تاثیر تغییر دما بر روی شدت بیماری ناشی از  BgSMV  و MDMV مورد بررسی قرار گرفت و قطعه 90 نوکلئوتیدی در  ژن پروتئین پ...

میکروارگانیسم ها عامل تخریب زیستی اشیاء فرهنگی در حوزه های هنر و نوشتاری محسوب می شوند. در این بین قارچ ها به دلیل توانایی بالا در تولید انواع آنزیم های تجزیه کننده از اهمیت به سزایی برخوردارند. آنچه که مسلم است نگهداری و مرمت آثار باستانی بدون اطلاعات کافی از عوامل تخریب کننده ممکن نیست. روش های جداسازی و طبقه بندی متداول کلاسیک، وقت گیر و خسته کننده اند و شناسایی دقیق در سطح گونه با استفاده ا...

هدف از این مطالعه توصیفی تعیین اپی توپ های پروتئینی felis domesticus (گربه) و canis familiaris (سگ) بود که به شدت به آلل های hla رده ii انتخابی متصل می شوند تا اپی توپ های کاندید واکسن سنتزی و جمعیت ها/اشخاصی که احتمال دارد به واکسن پاسخ دهند را شناسایی کنند. توالی های اسید آمینه fasta پروتئین های آلرژی زای به طور تجربی تایید شده سگ و گربه خانگی با استفاده از پایگاه داده های نامگذاری آلرژن اتحا...

هدف:هدف از این پژوهش استخراج و همسانه سازی ژن تروپینون ردوکتاز 2 (tr-ii) در جهت آنتی سنس در ناقل دوتایی pbi121 جهت تهیه گیاهان تراریخت با توانایی کاهش آنزیم tr-ii و تولید بیشتر آلکالوئیدهای هیوسیامین و اسکوپولامین در پروژه های آینده بود. مواد و روش ها: rna کل از ریشه های کشت شده گیاه بنگدانه بومی ایران استخراج و ژن هدف پس از ساخت cdnaو همسانه سازی در جهت آنتی سنس  در ناقل دوتایی pbi121، به اگرو...

چکیده- سوختگی غلاف برنج که توسط قارچ rhizoctonia solani ایجاد میشودیکی ازمخرب ترین بیماری های برنج درسرتاسرجهان است. روش متداول مبارزه بااین بیماری استفاده ازقارچ کش هااست که مشکلات جدیدی درپی دارد. بنابراین آشنایی با مکانیسم های سلولی ومولکولی میانکنش ما بین پاتوژن ومیزبان درمدیریت بیماری وبه کارگیری روش های موثر کنترل بیماری ضروری می باشد. دراین تحقیق باا ستفاده ازابزار بیوانفورماتیک وrt-pcr ...