در این مقاله با انجام شبیه‌سازی‌های دینامیک مولکولی (برای نخستین بار) یک راه‌کار مقایسه‌ای جهت مطالعه رفتار جذب سیال شامل هیدروکربن(پروپان، نرمال هگزان، نرمال هپتان، نرمال دکان)- آب- گاز اسیدی بر سطوح (1014) کلسیم کربنات و (001) کائولینیت در فضای نانوحفرات ارائه گردیده است. براساس توزیع دانسیته به‌دست آمده، مولکول‌های هیدروکربن تمایل بیشتری در جذب بر سطح (1014) کلسیم کربنات نسبت به سطح (001) ک...

فتوپروتئینها گروهی از پروتئین های بیولومینسانس می باشند که دارای اهمیت و کاربردهای فراوانی در علوم مختلف هستند. از این رو تحقیقات گسترده ای برای درک مکانیسم این پروتئینها جهت بهینه کردن فعالیت آنها در حال انجام است. در این تحقیق، جهت شناخت بیشتر عملکرد فتوپروتئین نمیوپسین دو جهش leu36his و phe186his انتخاب شدند. از این گروه می توان به کلنترات، کتنفور و شعاعیان اشاره کرد که دارای تشابهات ساختاری...

در این پایان نامه اثر دما روی پروتیین پلاستوسیانین توسط شبیه سازی دینامیک مولکولی مورد مطالعه قرار گرفت. در مورد دماهای مورد مطالعه تنها تغییرات معنی دار مربوط به منحنی rmsd و rg در دمای 453k مشاهده شد. در این دما, met 92 پایداری کمتری نسبت به سایر باقیمانده ها دارد.نواحی با انعطاف پذیری زیاد مربوط به باقیمانده های 40-56 می باشد. سه حالت شامل حالت طبیعی , واسطه و حالت غیر طبیعی شده و همچنین 2 ح...

هیدرات های گازی ترکیبات بلور شکلی می باشند که در داخل شبکه ای از مولکول های آب به دام افتاده و تشکیل پیوند هیدروژنی مهمان – میزبان را می دهند. در این پروژه هیدرات گازی si مورد مطالعه قرار گرفته که سلول واحد آن از 46 مولکول آب تشکیل شده است، که دارای دو نوع قفس کوچک و بزرگ می باشد. قفس های کوچک به صورت دوازده وجه پنج ضلعی هستند و قفس های بزرگ چهارده وجهی بوده که شامل دو وجه شش ضلعی و دوازده وجه ...

در این پایان نامه از روش شبیه سازی دینامیک مولکولی برای مطالعه ی خواص ترمودینامیکی، ساختاری و دینامیکی مخلوط های اتیلن گلیکول و آب با کسر مولی های مختلف استفاده شده است. دینامیک مولکولی روشی برای شبیه‏سازی رفتار ترمودینامیکی مواد در سه فاز جامد، مایع وگاز با استفاده از قوانین کلاسیک حرکت و نیروها، سرعت‏ها و مکان ذرات است. شبیه سازی ها با حداقل 10000 اتم در دمای 298 کلوین و چند دمای دیگر انجام ش...

به منظور مطالعه دینامیک بهم پیوستگی نانو ذرات مغناطیسی معلق درون سیال حامل (فروفلوید) از روش شبیه سازی دینامیک مولکولی استفاده کردیم . مشاهده کردیم که هنگام اعمال میدان مغناطیسی خارجی ذرات بهم پیوسته و زنجیره هایی از ذرات در راستای میدان مغناطیسی خارجی شکل می گیرد . همچنین با شبیه سازی سیالات مگنتورئولوژیکال مشاهده کردیم که هنگام اعمال میدان مغناطیسی خارجی ذرات بهم پیوسته و زنجیره هایی از ذرات ...

فشار و ضریب خودنفوذی سیال تترا فلورید کربن با استفاده از پتانسیل hfd-like دو ذره ای که از وارونگی انتگرال برخورد چگالی کاهش یافته در فشار صفر بدست آمده و همچنین فشار مخلوط های سیال cf_4-arcf_4-ch_4 و در دمای ثابت و در چگالی های مختلف با استفاده از توابع پتانسیل دقیق و جدید hfd-like دو ذره ای با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی محاسبه شده است. برای داشتن نیروهای چند ذره ای دقیق، پتانسیل های...

نمیوپسین پروتئینی متعلق به خانواده ی بزرگ پروتئین های اتصالی به کلسیم از نوع ef-hand و از گروه فتوپروتئین های وابسته به ca2+ می باشد که به طور گسترده ای به عنوان کاوشگر داخل سلولی کلسیم، بیوسنسور، نشانگر آنالیز زیستی برای مطالعات immunoassay و … استفاده می شود. یکی از ویژگی های تمامی اعضای خانواده ی ef-hand وجود موتیف ساختمانی مارپیچ-لوپ-مارپیچ می باشد. در این تحقیق برای نخستین بار تغییرات کانف...

سیکلوسپورین a یکی از داروهای مهارکننده سیستم ایمنی است که به طور گسترده در عمل های پیوند اعضا بکار می رود. سیکلوسپورین a به پروتئین سیتوزولی سیکلوفیلین در سلول های لنفوسیت به خصوص لنفوسیت t اتصال می یابد. در این پایان نامه نحوه اتصال سیکلوسپورین به سیکلو فیلین با استفاده از داکینگ و شبیه سازی دینامیک مولکولی مورد بررسی قرار گرفت که برای محاسبات داکینگ از برنامه autodock 4 و برای شبیه سازی های د...

در تحقیق حاضر، ساختار و دینامیک مایع یونی [emim][fep] در حالت های خالص و مخلوط با کربن دی-اکسید با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی مشخص شده است. کمیت های میانگین مربع جابجایی و تابع توزیع شعاعی برای مایع یونی خالص در مقایسه با مخلوط دوتایی آن با کربن دی اکسید محاسبه و مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفته است. ضرایب خودنفوذی کاتیون، آنیون و کربن دی اکسید از روی شیب نمودارهای میانگین مربع جابجایی د...