اندوستاتین، پپتیدی است حاصل از برش پروتئولیزی کلاژن18، که یک مهارکننده درونزای رگزایی و رشد تومور می باشد.چندین فعالیت آنژیوژنزی از این پروتئین گزارش شده است همچون مهار مهاجرت، تکثیرسلولهای اندوتلیال وتشکیل رگهای خونی. اندوستاتین همچنین فعالیت فاکتور رشد اندوتلیال آوندی (vegf) که نفوذ پذیری آوندی را القا می کند را مهار می کند. گیرنده این مولکول در بدن مولکول اینتگرین می باشد. برخی از محققان پپت...

در این پایان نامه اثر دما روی پروتیین پلاستوسیانین توسط شبیه سازی دینامیک مولکولی مورد مطالعه قرار گرفت. در مورد دماهای مورد مطالعه تنها تغییرات معنی دار مربوط به منحنی rmsd و rg در دمای 453k مشاهده شد. در این دما, met 92 پایداری کمتری نسبت به سایر باقیمانده ها دارد.نواحی با انعطاف پذیری زیاد مربوط به باقیمانده های 40-56 می باشد. سه حالت شامل حالت طبیعی , واسطه و حالت غیر طبیعی شده و همچنین 2 ح...

هیدرات های گازی ترکیبات بلور شکلی می باشند که در داخل شبکه ای از مولکول های آب به دام افتاده و تشکیل پیوند هیدروژنی مهمان – میزبان را می دهند. در این پروژه هیدرات گازی si مورد مطالعه قرار گرفته که سلول واحد آن از 46 مولکول آب تشکیل شده است، که دارای دو نوع قفس کوچک و بزرگ می باشد. قفس های کوچک به صورت دوازده وجه پنج ضلعی هستند و قفس های بزرگ چهارده وجهی بوده که شامل دو وجه شش ضلعی و دوازده وجه ...

به منظور مطالعه دینامیک بهم پیوستگی نانو ذرات مغناطیسی معلق درون سیال حامل (فروفلوید) از روش شبیه سازی دینامیک مولکولی استفاده کردیم . مشاهده کردیم که هنگام اعمال میدان مغناطیسی خارجی ذرات بهم پیوسته و زنجیره هایی از ذرات در راستای میدان مغناطیسی خارجی شکل می گیرد . همچنین با شبیه سازی سیالات مگنتورئولوژیکال مشاهده کردیم که هنگام اعمال میدان مغناطیسی خارجی ذرات بهم پیوسته و زنجیره هایی از ذرات ...

فشار و ضریب خودنفوذی سیال تترا فلورید کربن با استفاده از پتانسیل hfd-like دو ذره ای که از وارونگی انتگرال برخورد چگالی کاهش یافته در فشار صفر بدست آمده و همچنین فشار مخلوط های سیال cf_4-arcf_4-ch_4 و در دمای ثابت و در چگالی های مختلف با استفاده از توابع پتانسیل دقیق و جدید hfd-like دو ذره ای با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی محاسبه شده است. برای داشتن نیروهای چند ذره ای دقیق، پتانسیل های...

در تحقیق حاضر، ساختار و دینامیک مایع یونی [emim][fep] در حالت های خالص و مخلوط با کربن دی-اکسید با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی مشخص شده است. کمیت های میانگین مربع جابجایی و تابع توزیع شعاعی برای مایع یونی خالص در مقایسه با مخلوط دوتایی آن با کربن دی اکسید محاسبه و مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفته است. ضرایب خودنفوذی کاتیون، آنیون و کربن دی اکسید از روی شیب نمودارهای میانگین مربع جابجایی د...

پلیمرهای اپوکسی به دلیل برخورداری از خواص مکانیکی مطلوب و پایداری قابل ملاحظه در شرایط محیطی مختلف، جایگاه ویژه ای را در فعالیت های صنعتی و تحقیقاتی به خود اختصاص داده اند. در این تحقیق، از روش دینامیک مولکولی برای مطالعه ساختار پلیمرهای اپوکسی دارای اتصالات عرضی و پیش بینی رفتار تبدیل شیشه ای آن ها استفاده شده است. ابتدا، با استفاده از یک روش ارائه شده برای ایجاد اتصالات عرضی بین زنجیره های رز...

ممحیط داخل سلول بسیار متراکم است و حاوی غلظت بالایی از ماکرومولکول هایی، مانند پروتئین ها، نوکلئیک اسید ها و پلی ساکارید ها است، که 30% حجم کل سلول را اشغال می کنند. حضور این ماکرومولکول ها حجم موثر قابل دسترس در سلول را برای پروتئین ها کاهش می دهند و سپس باعث افزایش غلظت موثر پروتئین می شوند. ازدحام مولکولی اثر معنی دار و قابل توجهی بر میانکنش های پروتئین ـ پروتئین از جمله تجمع پروتئین دارد. ا...

در تحقیقات انجام شده در این رساله به منظور محاسبه و بررسی عامل نفوذ حرارتی، هدایت گرمایی و شارهای گرما، الگوریتم جدیدی از دینامیک مولکولی غیر تعادلی را توسعه دادیم . این الگوریتم برپایه روشی است که اخیرا"هافسجولد تحت عنوان الگوریتم hex بکار برده شده است ، که در آن شار گرمایی ثابتی به دیواره های جعبه شبیه سازی اعمال می شود و سپس در هر گام زمانی گرادیانهای غلظت و دما محاسبه می گردند. مطالعات انجا...

جفت شدگی ناهماهنگ بین مدهای خمشی و کششی در ورقه گرافینی باعث به وجود آمدن موج های ایستا و به نوبه خود ایجاد ناهمواری ذاتی در گرافین می شوند. یکی از راه های تغییر در میزان این ناهمواری، انباشت ذرات مختلف روی سطح آن است. در این پژوهش انباشت اتم های کربن بر روی گرافین دو لایه را توسط شبیه سازی دینامیک مولکولی در دما های متفاوت مورد بررسی قرار داده ایم. این شبیه سازی توسط نرم افزار لمپس انجام شده ک...