مطالعه ی خصوصیات اجتماعات پپتیدی و فرایند خود اجتماعی پپتیدها از نظر پزشکی، بیوتکنولوژی، مهندسی مواد و نانوتکنولوژی دارای اهمیت بسیار می باشد. از نظر پزشکی و سلامت، درک فرایند اجتماع پپتیدها و پروتئین ها می تواند در شناخت و درمان بیماری هایی چون آلزایمر و پارکینسون بسیار مفید باشد. روش های مختلف نظری و تجربی برای انجام این مطالعات وجود دارد. پپتیدهای کوتاه مکمل یونی eak16 با دارا بودن ترکیبی از...

تشکیل هیدرات یکی از چالش های موجود در صنعت نفت و گاز می باشد. روش های مختلفی ‏برای جلوگیری از تشکیل هیدرات وجود دارد که یکی از این روش ها، استفاده از موادی به نام ‏ممانعت کننده ها می-باشد. ممانعت کننده ها از دو جنبه می توانند بر تشکیل هیدرات تاثیر ‏گذار باشند. در این پایان نامه سعی شده است، اثرات ترمودینامیکی بازدارنده ها از ‏گروه های مختلف شامل[bmim][bf4] ، [emim][bf4]،[omim][bf4] ،[emim][etso...

در این رساله، فعالیت داروها بر اساس ساختار پروتئین هدف و برهمکنش داروها با آن و سپس محاسبه توصیف کننده های دارو و ساخت یک مدل ریاضی بین فعالیت دارو و توصیف کننده ها (qsar) پیش بینی شد. در این رابطه ساختار سه بعدی پروتئین مورد نیاز بود. در مواردی که ساختار کریستالی پروتئین موجود نبود جهت پیش بینی ساختار سه بعدی آن از روش مدل سازی همسانی(homology modeling) استفاده شد. شبیه سازی دینامیک مولکولی سا...

چکیده زیست توده از جمله منابع تجدیدپذیر انرژی به شمار می آید که توانایی آن را دارد تا در آینده به نیاز جامعه بشری پاسخ دهد. زیست گاز به طور عمده از 70-50% متان، 40-30% کربن دی اکسید و مقادیر کمی از گازهای دیگر تشکیل شده است. ارزش گرمایی زیست گاز مربوط به گاز متان است. حذف کربن دی اکسید و هیدروژن سولفید به میزان قابل توجهی، محتوای انرژی و کیفیت زیست گاز را افزایش می دهد. جذب، ذخیره-سازی و جداسا...

در این کار با انجام شبیه سازی دینامیک مولکولی برخی از خواص سدیم مذاب مورد مطالعه قرار گرفته است. تابع انرژی پتانسیل مورد نیاز در این شبیه سازی یک تابع پتانسیل لنارد- جونز است. تغییر بزرگی بخش جاذبه و دافعه ی تابع پتانسیل، نشان داد که تابع پتانسیل لنارد- جونز(4-5) به خوبی می تواند خواص سدیم مایع و بخار را تولید کند. از شبیه سازی دینامیک مولکولی برای محاسبه ی خواص ساختاری و دینامیکی سدیم در بازه ...

روش شبیه سازی دینامیک مولکولی به عنوان ابزاری دقیق جهت مطالعه خواص توده و سطحی مایعات قطبی و مایعات یونی به کار برده شد. جهت استفاده از این روش نیاز به پارامتر های میدان نیرو با دقت بالا داریم. با استفاده از محاسبات کوانتوم شیمی پارامترهای میدان نیرو برای این ترکیبات بهینه گردید. با استفاده از میدان نیروهای بهینه شده شبیه سازی بر روی این ترکیبات در هنگرد های آماری با اندازه بزرگ انجام پذیرفت و ...

کربن دی اکسید به عنوان یک ناخالصی در گاز طبیعی شناخته شده است. این گاز سبب کاهش مطلوبیت گاز طبیعی گردیده و حذف آن امری ضروری است. یکی از روش های حذف این ترکیب استفاده از حلال های آلکانول آمینی می باشدکه حلال هایی پرکاربرد در صنعت می باشند. پژوهش حاضر تمرکز خود را بر بررسی ساختاری و ترمودینامیکی حذف کربن دی اکسید با استفاده از این حلال ها با بکارگیری شبیه سازی دینامیک مولکولی قرار داده است. هدف ...

فناوری نانو جنبه های مختلف دنیای امروز را تحت تاثیر خود قرار داده است. انتقال کنترل شده دارو به اندام هدف، یکی از کاربردهای مهم نانوفناوری است. حامل های مختلفی به عنوان ناقل های دارو در دارورسانی مورد استفاده قرار می گیرند، یکی از این حامل های دارو نانولوله ها هستند، و در بین نانولوله ها، نانولوله نیترید بور به دلیل خواص ویژه توجه زیادی را به خود جلب کرده است. هدف از این پژوهش مطالعه جذب مولکو...

سابقه و هدف: در این مطالعه به اثر اتصال یون فلزی روی بر تغییرات ساختاری و پایداری پروتئین آمیلوئید بتا، موثر در بروز بیماری آلزایمر در سطوح مولکولی پرداختیم. روش بررسی: این بررسی با کمک محاسبات شبیه سازی دینامیکی مولکولی و با استفاده از نرم افزار گرومکس نسخه 4.6.5 و میدان نیروی 03 amber و مدل حلال آب spc216 انجام گرفت. یافته ها: به کمک انحراف جذر مربع میانگین، صحت انجام شبیه سازی بررسی و با کمک...

در این مقاله سیستمهای دوبعدی از دیدگاه نظری, تجربی و شبیه سازی کامپیوتری مورد بررسی قرار گرفته و سپس مراحل انجام شبیه سازی دینامیک مولکولی تشریح شده است. ذوب یک بلور نمک یونی دوبعدی را توضیح داده و نتایج شبیه سازی سیستمهایی با 16, 64 و 256 ذره ارایه می گردد. نتایج نشان می دهد که گذار ذوب مورد شبیه سازی از نوع مرتبه اول است. سیستم مورد شبیه سازی را پس از ذوب گرم کرده و سپس مایع گرم را سرد کرده ت...