پروتئین مارک2 به ابرخانواده پروتئین‏ کینازها تعلق دارد. این پروتئین نقش بسیار مهمی در تنظیم فعالیت‏های حیاتی سلول همچون ایجاد قطبیت، تنظیم اتصالات سلولی، تنظیم اسکلت سلولی و تمایز سلول ایفا می‏کند.کارکرد نامناسب این پروتئین در حالت‏های پاتولوژیکی چون بیماری آلزایمر، آتیسم، برخی سرطان‏ها و توسعه بیماری‏زایی توسط هلیکوباکتر پیلوری، گزارش شده‏است. درک جزئیات ساختاری این پروتئین و بویژه جزئیات حرکت...

در این پایان نامه در آغاز به شناسایی عنصر کربن و کاربردهای فراوان آن را در طبیعت و صنعت می پردازیم. سپس بررسی نظریه ی گرمایی از دید مدل های کلاسیک ونیمه کلاسیک خواهیم پرداخت. با به کار بردن پتانسیل برنر نوع دوم(ریبو) در بررسی رسانش گرمایی نانولوله های کربنی با توزیع جرم نامتقارن با کمک شبیه سازی دینامیک مولکولی با شرایط مرزی ثابت یک جهت برتر برای شارش گرما از جرم کم به جرم زیاد یافته ایم. در ...

فتوپروتئینها گروهی از پروتئین های بیولومینسانس می باشند که دارای اهمیت و کاربردهای فراوانی در علوم مختلف هستند. از این رو تحقیقات گسترده ای برای درک مکانیسم این پروتئینها جهت بهینه کردن فعالیت آنها در حال انجام است. در این تحقیق، جهت شناخت بیشتر عملکرد فتوپروتئین نمیوپسین دو جهش leu36his و phe186his انتخاب شدند. از این گروه می توان به کلنترات، کتنفور و شعاعیان اشاره کرد که دارای تشابهات ساختاری...

در این کار با انجام شبیه سازی دینامیک مولکولی برخی از خواص سدیم مذاب مورد مطالعه قرار گرفته است. تابع انرژی پتانسیل مورد نیاز در این شبیه سازی یک تابع پتانسیل لنارد- جونز است. تغییر بزرگی بخش جاذبه و دافعه ی تابع پتانسیل، نشان داد که تابع پتانسیل لنارد- جونز(4-5) به خوبی می تواند خواص سدیم مایع و بخار را تولید کند. از شبیه سازی دینامیک مولکولی برای محاسبه ی خواص ساختاری و دینامیکی سدیم در بازه ...

روش شبیه سازی دینامیک مولکولی به عنوان ابزاری دقیق جهت مطالعه خواص توده و سطحی مایعات قطبی و مایعات یونی به کار برده شد. جهت استفاده از این روش نیاز به پارامتر های میدان نیرو با دقت بالا داریم. با استفاده از محاسبات کوانتوم شیمی پارامترهای میدان نیرو برای این ترکیبات بهینه گردید. با استفاده از میدان نیروهای بهینه شده شبیه سازی بر روی این ترکیبات در هنگرد های آماری با اندازه بزرگ انجام پذیرفت و ...

در این مقاله ، فرآیند صنعتی بالک برای تولید پیوسته پلی‌استایرن ‌ مقاوم در برابر ضربه (HIPS) شامل هفت راکتور همزده سری بصورت پایا و دینامیکی مدل و شبیه سازی شده است. نتایج مدل پایا با داده های واقعی بدست آمده از واحدهای صنعتی تطبیق داده شده است. نتایج شبیه سازی به اندازه کافی با داده های صنعتی تطبیق دارد.با شبیه سازی دینامیکی تغییرات زمانی میزان تبدیل ، توزیع وزن مولکولی پلیمرهای حاصل، غلظ...

چکیده زمینه و هدف: فعالیت استیل کولین و آنزیم استیل کولین ترانسفراز در بیماری آلزایمر بررسی و مشخص شده است. از این جهت، نقص آنها می‌تواند باعث کاهش حافظه و یادگیری شود. میدان‌های نیرو، بر ساختار کولین استیل ترانسفراز تأثیر دارند. برای درک اثرات فضایی، برخی مطالعات کامپیوتری انجام شده است. مواد و روش‌ها: روش‌های شبیه سازی مونت کارلو ،دینامیک مولکولی و دینامیک لانگوین به‌وسیله‌ی میدان‌های نیروی...

در این رساله، فعالیت داروها بر اساس ساختار پروتئین هدف و برهمکنش داروها با آن و سپس محاسبه توصیف کننده های دارو و ساخت یک مدل ریاضی بین فعالیت دارو و توصیف کننده ها (qsar) پیش بینی شد. در این رابطه ساختار سه بعدی پروتئین مورد نیاز بود. در مواردی که ساختار کریستالی پروتئین موجود نبود جهت پیش بینی ساختار سه بعدی آن از روش مدل سازی همسانی(homology modeling) استفاده شد. شبیه سازی دینامیک مولکولی سا...

با توجه به گسترش روز افزون کاربرد داروهای پروتئینی و پپتیدی، سیستم های دارورسانی جدید کاملا ضروری به نظر می رسند تا بتوانند ترکیب دارویی را به صورت هدفمند به بافت یا سلول مورد نظر رسانده و از عوارض جانبی جلوگیری کنند. در سالهای اخیر تحقیقات زیادی بر روی نانومتریالهای مختلف مخصوصا نانولوله های کربنی به خاطر ویژگیهای فیزیکی و شیمیایی منحصر به فرد آنها جهت استفاده از این نانومواد به عنوان سیستم ها...

در این کار تلاش شد تا با استفاده از روش شبیه سازی دینامیک مولکولی به بررسی رفتار دینامیکی و خواص ساختاری فیلم های نازک پلی آمید 6،6 محدودشده بین سطح سیلیکا در یک سمت و خلأ در سمت دیگر آن در فضای نانو پرداخته شود. زنجیره های پلیمری حاوی ده واحد شیمیایی تکرارشونده (مونومر) هستند. ساختار و دینامیک پلی آمید 6،6 در مجاورت صفحه ی سیلیکا به عنوان مدلی از یک پلیمر قطبی در ارتباط با یک صفحه ی قطبی و توا...