در مقاله حاضر، شبیه سازی دینامیک مولکولی جریان پوآزی حاوی آرگون مایع درون یک نانوکانال با اعمال نیروی خارجی روی ذرات سیال، با استفاده از تابع پتانسیل های مختلف انجام شده است. برای محاسبه برهم کنش های بین اتم ها از سه مدل تابع پتانسیل لنارد-جونز مختلف، استفاده شده است. مدل های پتانسیل های بین مولکولی مدل شده عبارتند از: پتانسیل لنارد-جونز 6-12، پتانسیل لنارد-جونز 6-9، پتانسیل لنارد-جونز هموار. ا...

سابقه و هدف: در این مطالعه به اثر اتصال یون فلزی روی بر تغییرات ساختاری و پایداری پروتئین آمیلوئید بتا، موثر در بروز بیماری آلزایمر در سطوح مولکولی پرداختیم. روش بررسی: این بررسی با کمک محاسبات شبیه سازی دینامیکی مولکولی و با استفاده از نرم افزار گرومکس نسخه 4.6.5 و میدان نیروی 03 amber و مدل حلال آب spc216 انجام گرفت. یافته ها: به کمک انحراف جذر مربع میانگین، صحت انجام شبیه سازی بررسی و با کمک...

با توجه به دقت و اعتبار روش های مبتنی بر رفتار اتمی مانند شبیه سازی دینامیک مولکولی (md)، امروزه این روش ها نقش بسیار مهمی در زمینه مدل سازی ورقه های تک لایه گرافن ایفا می کنند. با این حال، استفاده از این روش ها به دلیل هزینه های محاسباتی بالا تنها محدود به سیستم های با اندازه کوچک می باشد. علاوه بر این، با توجه به طبیعت گسسته گرافن، از روش های مبتنی بر مکانیک محیط پیوسته نمی توان برای مطالعه و...

در این پایان نامه، تلاش شده تا از روش های مدل سازی کامپیوتری جهت طراحی فاز ساکن، بهینه سازی پارامترهای جداسازی و بررسی مکانیسم بازداری استفاده شود. در مطالعه اول مدل سازی کامپیوتری از طریق روشهای کومفا، کومفا – تمرکز میدانی، و کومسیا بر روی یک سری از ترکیبات ضد سرطان انجام گرفت. قابلیت پیشگویی خارجی مدلهای ساخته شده، از طریق مجموعه آزمون مورد ارزیابی قرار گرفت. همچنین پارامترهای آماری م...

فعالیت برخی مشتقات دارویی تتراهیدروکربازول به عنوان مهار کننده های گیرنده 5-ht6 با استفاده از روش qsar مبتنی بر ساختار پروتئین و qsar مبتنی بر لیگاند پیش بینی شد. به این منظور ساختار سه بعدی پروتئین هدف (5-ht6) از روش مدل سازی همسانی بدست آمد. سپس از داکینگ مولکولی برای بررسی برهم-کنش های موثر بین پروتئین و مشتقات تتراهیدروکربازول استفاده شد. مطالعات داکینگ مولکولی نشان داد که برهم کنش های آب گ...

یکی از روش های کاربردی که هزینه برداشت نفت را کاهـش و بهره دهی مخازن را افزایـش مـی دهـد، اسیـدکاری است. این روش برای رفع آسیـب های سازنـد و افزایش نفوذپذیری مخـازن استفـاده می شود. برای بررسی اساسی فرایند اسیدکاری و نقش آن در بهبود تولید چاه، می توان به عوامل موثر در این عملیات از جمله: سیستم اسیدکاری و نوع سازند، نوع اسید، کیفیت و نوع افزایه های مورد استفاده در اسیدکاری اشاره نمود. عمده ترین ...

بیان غیرمعمول و عملکرد نامتعارف فاکتورهای رشد اپیدرمی (egfrs) می تواند عامل ایجاد کننده بدخیمی در بافت های مختلف باشد. از میان تمامی اعضای خانواده egfrs، her2 گیرنده ای می باشد که در عدم حضور لیگاند می تواند دیمر شده و فعال گردد. her2 دارای نقش مهمی در ایجاد سرطان پستان است. داروی هرسپتین یک آنتی بادی مونوکلونال می باشد که دمین خارجی her2 را هدف قرار داده و مانع از ایجاد دیمرهای فعال و القای آب...

در این پژوهش، از روش¬های آماری چند متغیره در مدل¬سازی مولکولی و اندازه¬گیری ترکیبات دارویی بهره گرفته شد. در بررسی اول، مطالعه رابطه ساختار فعالیت بر روی ترکیبات شبه دارویی quinoline انجام شد. روش¬های انتخاب متغیرهای مختلف مورد بررسی قرار گرفتند و بهترین نتایج توسط مدل erm-pls به¬دست آمد و از آن در جهت پیش¬بینی و همچنین غربالگری رایانه¬ای و طراحی داروهای جدید استفاده شد. در بررسی دوم مطالعه qsa...

در این مدلسازی، از دو معادله حالت پنگ رابینسون و اس آرکی برای توصیف برهمکنش های فیزیکی بین آسفالتین ها و سایر ترکیبات سنگین استفاده شده است. اما به دلیل پیوندهای بین مولکولی قوی بین ذرات آسفالتین با یکدیگر و با سایر ترکیبات سنگین، یک جمله تجمعی به معادلات حالت درجه سه اضافه شده است. در این تحقیق، در فشارهای بیش تر از فشار حباب نفت، از طریق محاسبات تعادلی مایع- مایع بین فاز رسوب و فاز نفت، با اس...

مقدمه: یکی ازاختلالات مربوط به اکسیداسیون اسیدهای چرب در میتوکندری، کمبود scad (اسیل کوآ- دهیدروژناز زنجیر کوتاه) است، که ساختار آنزیم آن در این مطالعه مورد بررسی قرار گرفته است.روش ها: جهش های منتخب با استفاده از نرم افزار  moeدر ساختار آنزیم (2vig.pdb) وارد شده و برهم کنش های اسید آمینه طبیعی و جهش یافته در این ساختار با یکدیگر مقایسه شدند. از سه نرم افزارaggrescan ،tango  و camlila برای بررس...