اکتین فراوان ترین پروتئین درون یاخته ای و یکی از سه جز اصلی چارچوب یاخته است که در مقابل بارهای کششی از یاخته محافظت می کند. بدین منظور، با توجه به دقت و اعتبار روش های مبتنی بر رفتار اتمی مانند دینامیک مولکولی، در این مقاله با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی به بررسی رفتار مکانیکی پروتئین اکتین پرداخته شده است. اکتین در داخل یاخته به دو صورت تکپار atp و adp وجود دارد. در همین راستا در این...

در تحقیقات انجام شده در این رساله به منظور محاسبه و بررسی عامل نفوذ حرارتی، هدایت گرمایی و شارهای گرما، الگوریتم جدیدی از دینامیک مولکولی غیر تعادلی را توسعه دادیم . این الگوریتم برپایه روشی است که اخیرا"هافسجولد تحت عنوان الگوریتم hex بکار برده شده است ، که در آن شار گرمایی ثابتی به دیواره های جعبه شبیه سازی اعمال می شود و سپس در هر گام زمانی گرادیانهای غلظت و دما محاسبه می گردند. مطالعات انجا...

جفت شدگی ناهماهنگ بین مدهای خمشی و کششی در ورقه گرافینی باعث به وجود آمدن موج های ایستا و به نوبه خود ایجاد ناهمواری ذاتی در گرافین می شوند. یکی از راه های تغییر در میزان این ناهمواری، انباشت ذرات مختلف روی سطح آن است. در این پژوهش انباشت اتم های کربن بر روی گرافین دو لایه را توسط شبیه سازی دینامیک مولکولی در دما های متفاوت مورد بررسی قرار داده ایم. این شبیه سازی توسط نرم افزار لمپس انجام شده ک...

گرافین ساختاری دو بعدی از اتمهای کربن است که دارای خواص الکترونیک، شیمیایی، حرارتی و مکانیکی ویژه ای است. مدولهای یانگ و برشی، استحکامهای کششی و برشی و کرنشهای شکست کششی و برشی برای گرافین در دو راستای آرمچیر و زیگزاگ محاسبه شده اند. نتایج بدست آمده تطابق خوبی با نتایج تجربی دارند. همچنین تاثیرات نرخ بارگذاری؛ دمای شبیه سازی در دماهای مختلف بیانگر وابستگی استحکام شکست کششی و برشی و کرنشهای متنا...

در این تحقیق ابتدا با توجه به ویژگی نفوذ دارو در سیستم های بیولوژیکی که عبارتند از رخداد این پدیده در مقیاس های زمانی و مکانی در ابعاد نانو، این سیستم های بیولوژیکی به طور مختصر شرح داده شده و نحوه نفوذ دارو و مکانیزم های مختلف جذب دارو بیان می شوند. در ادامه برای بررسی و شبیه سازی این پدیده به دلیل تحول زمانی آن، از روش دینامیک مولکولی استفاده می شود. اساس این روش حل معادلات حرکت نیوتن برای تک...

در این پایان نامه به بررسی خواص مکانیکی از قبیل مدول یانگ، مدول برشی و ضریب پواسون و رفتار مکانیکی مانند کمانش و ارتعاشات جانبی و پیچشی نانولوله های کربنی و گرافین ها به روش شبیه سازی دینامیک مولکولی پرداخته شده است. برای این منظور، جهت محاسبه انرژی پیوندی بین اتمهای کربن از تابع پتانسیل ترسف-برنر استفاده شده است. این شبیه سازی ها در دسته جواب کانونی که از ترموستات نوز-هوور برای ثابت نگه داشتن ...

پروتئین p53، یک مهار‏کننده‏ی تومور کلیدی در سلول است که به هنگام آسیب به dna فعال می‏شود و مهمترین عملکرد خود که توقف چرخه‏ی سلولی و آپاپتوز است را انجام می‏دهد. پروتئین p53 در بیش از 50% سرطان‏ها جهش می‏یابد و 99% این جهش‏ها در دمین اتصالی به dna رخ می‏دهد. موقعیت اکثر این جهش‏ها (بیش از 90%) در لوپ‏‏های سطحی پروتئین (لوپ‏های l3 و l2) و موتیف lsh (loop sheet helix) جای گرفته است. لوپ‏های سطحی ...

مطالعه ی خصوصیات اجتماعات پپتیدی و فرایند خود اجتماعی پپتیدها از نظر پزشکی، بیوتکنولوژی، مهندسی مواد و نانوتکنولوژی دارای اهمیت بسیار می باشد. از نظر پزشکی و سلامت، درک فرایند اجتماع پپتیدها و پروتئین ها می تواند در شناخت و درمان بیماری هایی چون آلزایمر و پارکینسون بسیار مفید باشد. روش های مختلف نظری و تجربی برای انجام این مطالعات وجود دارد. پپتیدهای کوتاه مکمل یونی eak16 با دارا بودن ترکیبی از...

تشکیل هیدرات یکی از چالش های موجود در صنعت نفت و گاز می باشد. روش های مختلفی ‏برای جلوگیری از تشکیل هیدرات وجود دارد که یکی از این روش ها، استفاده از موادی به نام ‏ممانعت کننده ها می-باشد. ممانعت کننده ها از دو جنبه می توانند بر تشکیل هیدرات تاثیر ‏گذار باشند. در این پایان نامه سعی شده است، اثرات ترمودینامیکی بازدارنده ها از ‏گروه های مختلف شامل[bmim][bf4] ، [emim][bf4]،[omim][bf4] ،[emim][etso...

پروتئین مارک2 به ابرخانواده پروتئین‏ کینازها تعلق دارد. این پروتئین نقش بسیار مهمی در تنظیم فعالیت‏های حیاتی سلول همچون ایجاد قطبیت، تنظیم اتصالات سلولی، تنظیم اسکلت سلولی و تمایز سلول ایفا می‏کند.کارکرد نامناسب این پروتئین در حالت‏های پاتولوژیکی چون بیماری آلزایمر، آتیسم، برخی سرطان‏ها و توسعه بیماری‏زایی توسط هلیکوباکتر پیلوری، گزارش شده‏است. درک جزئیات ساختاری این پروتئین و بویژه جزئیات حرکت...