در حال حاضر روش‌های in silico یکی از کم هزینه‌ترین و سریعترین روش‌های موجود جهت طراحی و کشف دارو در زمینه درمان محسوب می گردد. در این مطالعه ما علاقه‌مند شدیم تا با انجام طراحی محاسباتی دارو به روش داکینگ مولکولی ترکیباتی را معرفی کنیم که نقش موثری در مهار پلی‌مریزاسیون توبولین‌ها به عنوان عوامل اصلی تقسیم سلولی در تومورهای سرطانی دارند. بدین منظور ترکیبات کرومنی که توسط محققین مختلف خواص ضد سر...

تشکیل ساختارهای آمیلوئیدی به دلیل ایجاد بیماری‌هایی مانند آلزایمر، پارکینسون، و دیابت نوع 2، مورد توجه محققان است. از جمله مهارکننده‌های مهم، حلقه‌های ایندولی می‌باشند. مطالعات تجربی بر روی دو نوع ترکیب بیس ایندولی نشان داده است که ترکیب بیس ایندولیل 2-متیل فنیل متان (BI2MPM) مهارکننده‌ی فیبریلاسیون آمیلوئیدی پروتئین لیزوزیم است. اما ترکیب بیس ایندولیل 3-نیترو فنیل متان (BI3NPM) قدرت مهاری چندا...

یکی از شایع ترین بیماری های آسیب عصبی در جهان می باشد با وجود گذشت 100 سال از شناسایی بیماری آلزایمر هنوز از علت و سبب دقیق چگونگی ایجاد این بیماری کامل مشخص نیست از اصلی ترین نشانه های پاتولوژیکی این بیماری وجود تعداد زیادی پروتین تاو هایپر فسفوریله و پلاک های امیلوئیدی خارج سلولی است که از پروتئین امیلوئیدی 43 اسید امینه تشکیل شده طی پروسه اندوپروتئولیک توسط انزیم بتا سکرتاز بروی پروتین پیش س...

در این رساله، فعالیت داروها بر اساس ساختار پروتئین هدف و برهمکنش داروها با آن و سپس محاسبه توصیف کننده های دارو و ساخت یک مدل ریاضی بین فعالیت دارو و توصیف کننده ها (qsar) پیش بینی شد. در این رابطه ساختار سه بعدی پروتئین مورد نیاز بود. در مواردی که ساختار کریستالی پروتئین موجود نبود جهت پیش بینی ساختار سه بعدی آن از روش مدل سازی همسانی(homology modeling) استفاده شد. شبیه سازی دینامیک مولکولی سا...

توالی های تک رشته DNA یا RNA که تحت عنوان آپتامر شناخته می شوند قادرند مولکول هدف را با اختصاصیتی در حد آنتی بادی های مونوکلونال ردیابی نمایند. با این وجود قرار گیری مایکوتوکسین ها در گروه مولکول های کوچک و تفاوت بالای وزن مولکولی آنها با توالی های آپتامری تبدیل به چالشی جدی در معرفی پروب های آپتامری برای آنها شده است. در بررسی حاضر با هدف دستیابی به توالی آپتامری جدید و کوتاه تر برای آفلاتوکسی...

امروزه، مقاومت آنتی بیوتیکی در باکتری ها به یک چالش عمده برای سلامت بشر تبدیل شده است ظهور مقاومت آنتی بیوتکی، منجر به ناکارآمدی آنتی بیوتیک ها ، عدم درمان مناسب بیماری های عفونی و افزایش هزینه های درمانی شده است. یکی از فراوانترین انواع مقاومتهای انتی بیوتیکی مقاومت به آنتی بیوتیکهای بتالاکتام بخصوص پنی سیلین و سفالوسپورین میباشد که در بیشتر موارد با یک مکانیسم آنزیم تغییر دهنده به نام بتالاکت...

هرچند دانسته های ما راجع به زیست شناسی سرطان پیشرفت زیادی داشته است، نه انتشار سرطان و نه نرخ مرگ ومیرهای ناشی از آن در 50 سال اخیر تغییری نکرده است. پروتئین کینازc ( pkc ) یکی از خانواده های پروتئین" serine/threonine " است که نقشی مرکزی در سیگنال های هدایتی بازی می کند.پلی فنول کورکومین، جزء اصلی "curcuma longa" یکی از عوامل ضدسرطان و تنظیم کننده " pkc " است.در تحقیق کنونی، شبیه سازی داکینگ مو...

مقدمه: جهت لقاح، پروتئین سطحی اسپرم به نام "IZUMO” به عنوان لیگاند برای میانکنش با JUNO (یا رسپتور ایزومو(IZUMO1R)) ضروری است. میانکنش:IZUMO1R/JUNOIZOMO1 یک مرحله حیاتی چسبندگی بین اسپرم و اووسیت در اتصال و فیوژن غشای پلاسمائی است البته جهت فیوژن سلولی کافی نمی‌باشد و پذیرنده‌های دیگری نیز در این اتصال نقش دارند. در این تحقیق G protein-coupled receptor 15 (GPR15) به عنوان شریک دیگر میانکنش اسپر...

طراحی یا اکتشاف، سنتز یا جداسازی، و در نهایت آزمایش در موجودات زنده سه مرحله اساسی تولید داروهای جدید را تشکیل میدهد. عموما انجام دو مرحله اول را شیمیدانان و مرحله سوم را بیوشیمیدانان و پزشکان بر عهده میگیرند. به منظور ورود به دو حیطه اول در پروژه اول سعی شد از طریق طراحی و سنتز کاتالیست جدید و کارآمد مایع یونی 1-بوتیل 3-متیل ایمیدازولیوم زیرکونیل کلرید گامی در جهت بهبودی سنتز یکی از خانوادههای...

توسعه و ایجاد یک مدل پیشگویانه برپایه ساختار با استفاده از روش رگرسیون خطی چندگانه براساس اجماع چندین روش داکینگ متفاوت (autodock vina, gold, flexx, surflex and glide) و توصیف کننده های حاصل از نتایج آن ها مورد مطالعه قرار گرفت. رابطه کمی ساختار-فعالیت میان فعالیت بازدارندگی 26 بازدارنده tmk استافیلوکوکوس اورئوس با توصیف کننده های داکینگ ایجاد گشت. برای اطمینان از توانایی پیشگویی مدل، مدل qsar ...