یکی از مباحث مهم در انتخاب ژنومی، استفاده از روشی مناسب برای برآورد اثر نشانگرها و ارزیابی ژنومی است. اخیراً روش­های یادگیری ماشین1 که جزو روش­های ناپارامتری غیرخطی هستند وارد ارزیابی ژنومی شده­اند. یکی از این روش­ها الگوریتم جنگل تصادفی2 است که این تحقیق روی نحوه تنظیم این روش متمرکز شده است. پارامترهای مهم در الگوریتم جنگل تصادفی به ترتیب اهمیت، تعداد متغیر انتخاب شده در هر گره درخت3، تعداد در...

برآورد دقیق اجزای واریانس ژنتیکی و غیرژنتیکی با اطلاعات شجره‌ای و ژنومی، از ملزومات پیش‌بینی صحیح ارزش‌های اصلاحی می‌باشد. از آنجایی که تراشه‌های چندشکلی تک‌نوکلئوتیدی (SNP) کل ژنوم را پوشش می‌دهند، نشانگرها تمامی جایگاه‌های صفات کمی را تحت پوشش قرار داده و به طور بالقوه تمام واریانس ژنتیکی را توجیه می‌کنند. در این پژوهش از SNPهای گوسفندان مرینوس استرالیایی استفاده شد. صفات طول و قطر تار پشم مو...

سیستم کمپلمان از اجزاء اصلی سیستم دفاعی بدن بسیاری از موجودات میباشد. وجود این سیستم در موجودات متعددی تایید شده است اما در مورد مکانیسم های تنظیم بیان آن در سطح ژنومی برخی از موجودات اطلاعاتی وجود ندارد. در این مطالعه به بررسی ناحیه بالادستی ژن C3 از ماهی قزل آلا پرداخته ایم. بافتهای مختلف ماهی تهیه و DNA با روش تغییر یافته فنل-کلروفرم استخراج شد. به کمک پرایمرهای دجنره طراحی شده برای ناحیه با...

مقدمه: سرطان به عنوان یکی از شایع‌ترین انواع بیماری‌ها، سلامت بسیاری از انسان‌ها را تحت تأثیر قرار داده است. هدف اصلی در این مقاله، ارائه یک الگوریتم تکاملی چندهدفه می‌باشد. این الگوریتم، با استفاده از اطلاعات برهم‌کنش  بین ژنومی در کروموزوم‌های افراد مبتلا به سرطان، ناحیه‌های بالقوه پروموتر/انهنسر را کشف و استخراج می‌کند. استخراج صحیح این ناحیه‌ها می‌تواند به علم پزشکی در تشخیص زودهنگام بیماری...

در انتخاب ژنومی ابتدا برآورد اثرات نشانگری از طریق مدل های مختلف آماری با استفاده از داده های ژنوتیپی و فنوتیپی دام ها در جمعیت مرجع صورت می گیرد و سپس ارزش های ارثی ژنومی دام-های بدون رکورد فنوتیپی فقط بر مبنای ژنوتیپ آن ها و اثرات برآورد شده پیش بینی می گردد. عوامل مختلفی مانند تراکم نشانگری، تعداد و نوع حیوانات جمعیت مرجع، معماری ژنتیکی صفت یا صفات مورد مطالعه و مدل آماری آنالیزها بر صحت پیش...

چکیده هدف این تحقیق مقایسه سه روش یادگیری ماشین random forest، boosting و support vector machine در ارزیابی ژنومی و معرفی روش random forest به عنوان یک روش توانمند برای استنباط(پیش¬بینی) ژنوتیپ بود. نتایج برتری روش boosting بر دو روش دیگر را در غالب سناریوهای بررسی شده نشان داد، اگرچه تفاوتها فقط در برخی سناریوها معنی¬دار بود (05/0>p). همچنین علی¬رقم برتری روش boosting بر دو روش دیگر، میزان زم...

اهداف این رساله، بررسی میزان خطای امپیوت و تاثیر آن بر قابلیت اعتماد ارزش اصلاحی ژنومی برآورد شده (gebv) حیوانات جمعیت آزمون، زمانی که ژنوتیپ های 6000 نشانگر snp به الگوی 50000 نشانگر با استفاده از نرم افزار fimpute امپیوت می شوند و همچنین بررسی تاثیر توسعه جمعیت مرجع بوسیله تعداد متفاوت ماده-ها با الگوهای تراکم نشانگری مختلف در جمعیت شبیه سازی شده یک نژاد کوچک گاو شیری (جرسی) بر قابلیت اعتماد ...

دوقلوزایی از صفات مهم اقتصادی در پرورش گوسفند می­باشند. صفات تولید­مثلی نه تنها در بین نژادهای مختلف گوسفند بلکه در بین گوسفندان یک نژاد نیز دارای تفاوت­های عمده می­باشند. در این تحقیق مطالعه الگوی عدم­تعادل لینکاژی و ارتباط ژنومی هاپلوتیپی با استفاده از 42416 نشانگر تک­نوکلئوتیدی برای شناسایی نواحی ژنومی مؤثر بر نرخ دو­قلوزایی در گوسفند بلوچی انجام شد. نمونه­های خون از 96 رأس گوسفند بلوچی همرا...

در این مطالعه، ژنومی متشکل از 3 کروموزوم هریک به طول 100 سانتی مورگان شبیه سازی شد. تعداد متفاوت نشانگر روی هر کروموزم با تراکم مختلف (100 نشانگر با فواصل 1 سانتی مورگان، 200 نشانگر با فواصل 0/5 سانتی مورگان، 1000 نشانگر با فواصل 0/1 سانتی مورگان و 2000 نشانگر با فواصل 0/05) در نظر گرفته شد. 30 مکان صفت کمی یا QTL که به طور تصادفی روی کروموزوم پراکنده شده بودند، شبیه سازی شدند. جمعیتی ب...