در این پروژه، با استفاده از شبیه سازی مولکولی به روش دینامیک مولکولی، کشش سطحی گاز (متان)- مایع (آب) در دمای k293 و فشارهای بین atm 53-10 محاسبه شده است. تعداد 715 مولکول آب و 100 مولکول متان در نظر گرفته شده است. در تمام شبیه سازی های مولکولی مهمترین قسمت شبیه سازی محاسبه ی انواع بر هم کنش ها است که در این میان محاسبه ی بر هم کنش های الکترواستاتیک از همه دشوارتر است. متداول ترین روشی که برای م...

پپتیدهای ضد باکتریایی رده ای از مولکول هایی هستند که با مورد هدف قرار دادن غشاهای سلولی، موجب مرگ میکروارگانیسم می شوند و برخلاف آنتی بیوتک های مرسوم به ندرت در باکتری ها مقاومت دارویی ایجاد می کنند. این دسته از ضد باکتری های نو ظهور، مدت زیادی است که توجه بسیاری از آزمایشگاه های تحقیقاتی را در سراسر جهان به خود جلب کرده است. در حال حاضر، بیش از پانصد پپتید ضد باکتری با منشأ طبیعی در پایگاه ها...

در این تحقیق فرآیند جذب واکنش‌دار دی اکسیدکربن در محلول آمونیاکی هیدرواکسید سدیم مدل سازی و شبیه سازی گردید. برای مدل سازی فرآیند از مدل غیر تعادلی مبتنی بر سرعت به همراه مدل فیلمی ناپایا با در نظر گرفتن انتقال جرم دو طرفه بین فازها استفاده شد. معادلات مدل شامل مجموعه ای از معادلات دیفرانسیل پاره ای و معمولی بوده که با ترکیب روش تفاضل محدود و روش خطوط به طور همزمان حل شدند. شبیه سازی با تعداد ا...

هدف از انجام این رساله، مطالعه برهمکنش داروهای پیشنهادی با ماکرومولکول¬ها و طراحی پپتیدهایی بر اساس سطح تماس آنتی¬ژن-آنتی-بادی (اپی¬توپ-پاراتوپ) می¬باشد. در بخش اول رساله، فعالیت مهارکنندگی ترکیباتی با ساختار پایه پیرازول وتیازول برای گیرنده اکتیوین شبه¬کینازی (alk5) مورد بررسی قرار گرفت. ابتدا با استفاده از شبیه¬سازی دینامیک مولکولی، ساختار سه بعدی گیرنده alk5 در محیط آب پیش¬بینی شد و نتایج ...

در این مقاله با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی (کد لمپس)، فرآیند ذوب پریلین در دو هنگرد npt و nvtبه دو روش مختلف مورد بررسی قرار گرفته است. پتانسیل برهم کنشی انتخاب شده در این مقاله آر- ای2 بود. پس از اجرای شبیه سازی ها، انرژی پتانسیل و پارامتر نظم سیستم برحسب تابعی از دما در محدوده k600 - k500 محاسبه شده اند. نتایج نشان می دهند که برای بررسی فرآیند ذوب سیستم هنگرد npt مناسب تر و نتایج حا...

تغییرات ‌اقلیمی در قرن بیست و یکم مهم‌ترین چالش پیش روی جوامع بشری است. نهادهای پژوهشی بسیاری در سراسر دنیا، شبیه‌های گوناگونی را بمنظور پیش بینی اقلیم و فراسنج های آن ارایه نموده اند. عدم اطمینان ناشی از کاربرد شبیه‌های گوناگون گردش عمومی جو‌ (AOGCM) سبب شد که در این پژوهش به عنوان هدف اصلی, نتایج شبیه‌های گردش عمومی جو در شبیه سازی فراسنج های اقلیمی برای سال‌های آماری پایه مورد بررسی قرار گرف...

امروزه سوخت های پاک از جمله بیودیزل (استرهای مونوآلکیل اسیدهای چرب بلند زنجیر) بطور وسیعی مورد توجه قرار گرفته اند. در این پایان نامه ?- لینولئات متیل استر که یکی از اولین بیودیزل های بکار رفته در صنعت می باشد، مورد مطالعه قرار گرفته است. این مطالعات شامل محاسبات نظریه تابعیت چگالی، شبیه سازی های مونت کارلو و دینامیک مولکولی می باشد. مطالعات نظریه تابعی چگالی شامل بهینه سازی ساختاری و محاسبه ان...

هدف در این رساله بررسی اثر حضور غلظت های مختلف از نمک های کلرید کلسیم و کلرید منیزیم بر تبدیل فازی مایع متراکم به مایع گسترده در تک لایه های فسفو لیپیدی د ی پی پی سی با از استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی می باشد.هر نمک در 5 غلظت متفاوت به فاز آبی مجاور تک لایه افزوده شدو هر کدام از 10 سیستم حاصله در 8 فشار سطحی متفاوت به مدت 50 نانو ثانیه در دمای 293.15 کلوین شبیه سازی شدند.

هدف از انجام این تحقیق بررسی خواص سطح و عمق هگزانوییک اسید و هپتانول خالص و سطح مشترک این ترکیبات در مجاورت با آب با استفاده از روش های تجربی و شبیه سازی دینامیک مولکولی می باشد. برای این منظور برهمکنش های درون مولکولی و بین مولکولی را با استفاده از پتانسیل های opls و amber اعمال کردیم و از نتایج حاصل کمیت های دانسیته، کشش سطحی و ویسکوزیته را حساب کردیم، که نتایج به دست آمده از طریق شبیه سازی د...