?پروتئین ها توالی های اختصاص ? dna?را نه تنها از طریق برهمکنش مستقیم بین آمینواسیدها و بازها،? ?بلکه به طور غیرمستقیم بر اساس ساختار و تغییرشکل پذیری بازهای ? dna?تشخیص می دهند(پردازش غیرمستقیم). تمرکز ما بر پاسخ مکانیکی? ?توالی های ? dna?به تنش های خارجی است. برای این? منظور ما با استفاده از شبیه سازی دینامی?ک ?مولکولی در سطح اتم و استفاده از داده های ?x-ray?? کریستالوگرافی ، چندین کمپلکس پروت...

فلزات دارای ساختاری کریستالی می¬باشند و جریان پلاستیک در آنها، محدود به صفحات کریستالی خاص و در جهات خاصی واقع در این صفحات است. در این مکانیزم، ناهمگونی میکروساختار و اثرات تغییر در جهات کریستالی نقش اساسی را در رفتار ماده ایفا می¬کنند. در این مقاله برای بررسی اثر جهات کریستالی و بافت ماده، از معادلات ساختاری کریستال پلاستیسیته برای شبیه¬سازی استفاده شده است. ابتدا به¬کمک روش ورونی فضای شبیه¬س...

یکی از مهم‌‌‌ ­ترین کاربردهای مواد الاستومری فداشونده، عایق گرمایی موتور موشک است. احتراق سوخت جامد در موتور موشک، محیطی متلاطم متشکل از گازهایی با سرعت بیش از m/s 1000، دمای بیش از Cº3000 و فشاری متجاوز از MPa10 ایجاد می­کند که هر آلیاژ فلزی را تخریب می­کند. عایق­های گرمایی نانوکامپوزیتی الاستومری در مقایسه با عایق­ های گرمایی مشابه بر پایه غیرالاستومری، به دلیل تحمل تنش ­های گرمایی و تغییر شک...

روش دینامیک مولکولی یک روش شبیه سازی کامپیوتری است که با حل معادلات حرکت کلاسیک به مطالعه حرکت فیزیکی اتم ها و مولکول ها در یک سیستم n ذره ای می پردازد. در این تحقیق از روش مذکور جهت بررسی تغییر ساختاری یکی از پیوندهای حیاتی در بدن استفاده شده است. این پیوند مابین گیرنده های موجود بر سطح سلولهای دیواره عروقی (اندوتلیال) به نام پی سلکتین و لیگاند های متناظر آنها (psgl-1) که بر سطح لکوسیت (سلول س...

در این پایان نامه دو رشته پلی الکترولیت نیمه انعطاف پذیر و اتصالگرهایش با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی مطالعه شده است. این اتصالگرها می توانند پروتئینهای اتصالگر، یونهای مخالف چند ظرفیتی یا پیوند هیدروژنی باشند. محاسبه برهمکنش موثر بین اتصالگرها نشان میدهد:1-افت و خیز گرمایی و آنتروپی نقش مهمی در برهمکنش موثر بین اتصالگرهادارد. فقط در دماهای خیلی پایین است که رقابت بین برهمکنشهای الکترو...

تابع توزیع شعاعی مهم ترین ویژگی ساختاری مواد است. این تابع بیانگر احتمال یافتن یک مولکول در فاصله ی خاص از یک مولکول مرکزی اختیاری است که با g(r) نمایش داده می شود که r فاصله ی بین مولکولی است. در عمل می توان چنین اندیشید که نمایانگر چگالی محلی مولکول ها در تعادل ودر فاصله ی r از مولکول مرکزی است. با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی، تابع توزیع شعاعی در محدوده ی وسیعی از دما وچگالی براساس...

زمینه و هدف: بیماری های پریونی گروهی از اختلالات تحلیل برنده دستگاه عصبی بوده که منجر به مرگ بیمار می شوند. این بیماری ها تبدیل پروتئین پریون سلولی طبیعی (prpc) به ایزوفرم غیرطبیعی آن با صفحات بتای فراوان (prpsc)، تشکیل و تجمع رشته های آمیلوییدی با مکانیسمی ناشناخته در سلول های عصبی را به دنبال دارند. هدف از این مطالعه، بررسی تأثیر افزایش یا کاهش موضعی درجه حرارت بر این فرآیند تبدیل می باشد. مو...

با توجه به مطالعات انجام شده در این پایان نامه نتایج زیر را بدست می آوریم: انرژی برهم کنش متوسط اسیدهای آمینه در فاز گازی به دلیل اثر برهم کنش های واندروالس با افزایش جرم مولکولی اسیدهای آمینه افزایش می یابد. انرژی برهم کنش متوسط سامانه های آبی با توجه به ممانعت فضایی اسیدهای آمینه برای آلانین در مقایسه با سرین و گلایسین بیشترین مقدار را دارد. با افزایش دما انرژی برهم کنش متوسط سامانه ی آب-bnnt...

nd2-xgdxzr2o7 وnd2-xhoxzr2o7 موادی هستند که می توانند به عنوان الکترولیت در پیل های سوختی اکسید جامد مورد استفاده قرار گیرند. دما و غلظت دوپنت دو پارامتر مهم در هدایت یونی این الکترولیت ها محسوب می شوند. بنابراین، الکترولیت های nd2-xgdxzr2o7 و nd2-xhoxzr2o7در محدوده وسیعی از دما ( 1273 کلوین تا 1873 کلوین) و غلظت دوپنت توسط شبیه سازی دینامیک مولکولی مورد مطالعه قرار گرفتند. نتایج شبیه سازی از ت...

نانولوله های کربنی به دلیل ساختار های ویژه نانومتریک و منحصر به فردشان که در آن اتمهای کربن بصورت منظم و یکنواخت آرایش یافته اند، دارای کاربردهای زیادی در پزشکی و نانو مدیسین از جمله انتقال دارو، انتقال ژن، درمان و انهدام سلولهای سرطانی دارند. اما داشتن سطوح هیدروفوبیکی و توکسیک بودن آنها برای سیستم های زنده کاربرد نانولوله های کربنی را با چالش اساسی مواجه کرده است. در این پایان نامه اتصال و حل...