شیشه زیست فعال به دلیل توانایی پیوند بافت نرم و سخت در ترمیم، درمان و شکسته بندی استخوان و نیز به عنوان جایگزینی مناسب برای استخوانچه های گوش مورد توجه قرار گرفته است. در این مقاله از شبیه سازی دینامیک مولکولی با استفاده از نرم افزار گرومکس برای مطالعه ساختار شیشه زیست فعال شبیه سازی شده به روش سل-ژل استفاده شد. برای ایجاد گروه های هیدروکسیل، سیستم شیشه زیست فعال مورد نظر مدل سازی شد. سپس یک سی...

سابقه و هدف: در این مطالعه به اثر اتصال یون فلزی روی بر تغییرات ساختاری و پایداری پروتئین آمیلوئید بتا، موثر در بروز بیماری آلزایمر در سطوح مولکولی پرداختیم. روش بررسی: این بررسی با کمک محاسبات شبیه سازی دینامیکی مولکولی و با استفاده از نرم افزار گرومکس نسخه 4.6.5 و میدان نیروی 03 Amber و مدل حلال آب SPC216 انجام گرفت. یافته‌ها: به کمک انحراف جذر مربع میانگین، صحت انجام شبیه سازی بررسی و ...

سیتوکروم p450، یک آنزیم هِموپروتئینی است که در دیواره ی سلولی قارچ ها باعث تبدیل لنسترول به اِرگسترول می شود.در این مطالعه این آنزیم هِموپروتئینی که عمده فعالیتش را از طریق گروه هِم خود انجام می دهد، از بانک اطلاعاتی پروتئین استخراج شده و با استفاده از نرم افزار گرومکس تحت شبیه سازی دینامیک مولکولی قرارگرفت. داکینگ (اتصال) پروتئین شبیه سازی شده با داروهای ضدقارچ توسط نرم افزار مولگرو نشان داد که طی...

سابقه و هدف: مطالعه­ های آسیب‌شناختی، تشکیل پلاک‌های فیبری و توده‌های تجمع یافته پپتید آمیلوئید بتا (Aβ) را یکی از دلایل بیماری آلزایمر پیشنهاد کرده‌اند. از آن­جا که این بیماری وابسته به ساختار فضایی پروتئین است در این مقاله به روش شبیه­ سازی دینامیک مولکولی مراحل آغازین تغییرهای کنفورماسیون دو مونومر از Aβ، Aβ (1-42) و Aβ (1-40) مورد بررسی قرار می­گیرد. مواد و روش­ ها: ساختار NMR دو پپتید Aβ (...

همولیزین یک پروتئین خارج سلولی است که توسط بسیاری از باکتری‌های بیماری‌زا و غیر بیماری‌زا ترشح می‌شود. سطح فعالیت آنها غشای‌پلاسمایی گلبول‌های قرمز خون می‌باشد. همولیزین جزء سموم وابسته به کلسترول می‌باشد یعنی کلسترول را به عنوان گیرنده بر روی سطح سلول‌های خونی شناسایی کرده و از طریق آن به سلول هدف متصل می‌شود. در این تحقیق ما بر روی همولیزین گونه‌ایی از باسیلوس به نام باسیلوس پامیلوس SAFR0032 ...

مکانیسم بیماری آلزایمر با رسوب تدریجی فیبر های آمیلوئید در ارتباط است. کشفیات اخیر نشان می دهد کرکیومین و تری هالوز می توانند بازدارنده تجمع بتا آمیلوئید باشند. به منظور بررسی مکانیسم ملکولی اثر بازدارندگی، شبیه سازی دینامیک ملکولی بتا آمیلوئید 22-16 در غیاب و حضور 2، 4 و 6 ملکول کرکیومین و تری هالوز به وسیله برنامه گرومکس 3.3.0 انجام شد، شبیه سازی ها نشان داد که با افزایش تعداد ملکول-های کرکیو...

همولیزین یک پروتئین خارج سلولی است که توسط بسیاری از باکتری های بیماری زا و غیر بیماری زا ترشح می شود. سطح فعالیت آنها غشای پلاسمایی گلبول های قرمز خون می باشد. همولیزین جزء سموم وابسته به کلسترول می باشد یعنی کلسترول را به عنوان گیرنده بر روی سطح سلول های خونی شناسایی کرده و از طریق آن به سلول هدف متصل می شود. در این تحقیق ما بر روی همولیزین گونه ایی از باسیلوس به نام باسیلوس پامیلوس safr0032 ...

در حال حاضر مهارکننده های انتخابی cox-2 توجه زیادی را در طراحی داروهای ضدالتهاب غیر استروئیدی (nsaids) به خود جلب کرده اند زیرا آن ها عاری از اثرات جانبی معمول nsaidsهای کلاسیک اند. تحقیق پیش رو بر طراحی مهارکننده های جدید انتخابی cox-2 متمرکز است. ابتدا مدل های سه بعدی آنزیم های cox با مدل سازی هم سانی ساخته شدند. به منظور ساختن مدل های هم-سانی coxs، توالی های آمینواسیدی coxs از وب سایت ncbi...

پیشرفت روز افزون فناوری منجر به افزایش استفاده از میدان های الکتریکی در محدوده گیگا هرتز شده است. این میدان ها می توانند با ذره های قطبی و باردار برهم کنش داشته باشند. از آنجا که بدن موجودهای زنده از سلول، که متشکل از مولکول های باردار و قطبی است، تشکیل شده است امکان برهم کنش این میدان ها با بدن موجودهای زنده وجود دارد. از آنجا که این برهم کنش ها می تواند پیامدهای خوب یا بدی از جمله درمان یا بر...

در این تحقیق ابتدا با توجه به ویژگی نفوذ دارو در سیستم های بیولوژیکی که عبارتند از رخداد این پدیده در مقیاس های زمانی و مکانی در ابعاد نانو، این سیستم های بیولوژیکی به طور مختصر شرح داده شده و نحوه نفوذ دارو و مکانیزم های مختلف جذب دارو بیان می شوند. در ادامه برای بررسی و شبیه سازی این پدیده به دلیل تحول زمانی آن، از روش دینامیک مولکولی استفاده می شود. اساس این روش حل معادلات حرکت نیوتن برای تک...