چکیده زمینه و هدف: فعالیت استیل کولین و آنزیم استیل کولین ترانسفراز در بیماری آلزایمر بررسی و مشخص شده است. از این جهت، نقص آنها می تواند باعث کاهش حافظه و یادگیری شود. میدان های نیرو، بر ساختار کولین استیل ترانسفراز تأثیر دارند. برای درک اثرات فضایی، برخی مطالعات کامپیوتری انجام شده است. مواد و روش ها: روش های شبیه سازی مونت کارلو ،دینامیک مولکولی و دینامیک لانگوین به وسیله ی میدان های نیروی...

شبیه سازی دینامیک مولکولی روشی مناسب برای مدل سازی میکروسکوپی مواد است و در شاخه های مختلف علوم و تکنولوژی کاربرد فراوان دارد. اندازه گیری تجربی خواص ترمودینامیکی تعداد زیادی از مواد را به دلیل هزینه بالا و صرف زمان زیاد اقتصادی نیست. با استفاده از روش های محاسباتی مانند شبیه سازی دینامیک مولکولی، می توان خواص ترمودینامیکی آن ها را محاسبه و نتایج حاصل را با داده های تجربی مقایسه نمود. یکی از مب...

این پژوهش قصد دارد اطلاعات جدیدی درباره رفتار مکانیکی مولکول دو رشته¬ای دی¬اِن¬اِی ارائه دهد. به این منظور، مجموعه¬ای از شبیه¬سازی¬های دینامیک مولکولی توسعه یافته با جزئیات اتمی بر روی دی¬ان¬ای دوازده- پاره¬ای انجام می¬شود. محاسبات دینامیک مولکولی با استفاده از روش حلال بُرن تعمیم یافته- مساحت سطح قابل دسترس و دینامیک لانگوینی صورت می¬گیرد. منحنی¬های تنش- کرنش دی¬ان¬ای که تحت زاویه¬ها و سرعت¬های م...

توالی های تک رشته DNA یا RNA که تحت عنوان آپتامر شناخته می شوند قادرند مولکول هدف را با اختصاصیتی در حد آنتی بادی های مونوکلونال ردیابی نمایند. با این وجود قرار گیری مایکوتوکسین ها در گروه مولکول های کوچک و تفاوت بالای وزن مولکولی آنها با توالی های آپتامری تبدیل به چالشی جدی در معرفی پروب های آپتامری برای آنها شده است. در بررسی حاضر با هدف دستیابی به توالی آپتامری جدید و کوتاه تر برای آفلاتوکسی...

در مقاله حاضر خصوصیات مختلف محلول آب و یون های فلزی مانند سرعت یونها، نحوه آرایش مولکولهای آب حول یون فلزی و زمان شرکت مولکول های آب در لایه تشکیل شده حول یون فلزی به کمک شبیه سازی دینامیک مولکولی بررسی گردید. نتایج این تحقیق تشکیل یک آرایش پوسته مانند از مولکول های آب در اطراف یون های فلزی و تشکیل کمپلکس m(h2o) را نشان می دهد. تعداد مولکول های آب در این آرایش پوسته ای برای یونهای سرب، نیکل و ک...

امروزه سوخت های پاک از جمله بیودیزل (استرهای مونوآلکیل اسیدهای چرب بلند زنجیر) بطور وسیعی مورد توجه قرار گرفته اند. در این پایان نامه ?- لینولئات متیل استر که یکی از اولین بیودیزل های بکار رفته در صنعت می باشد، مورد مطالعه قرار گرفته است. این مطالعات شامل محاسبات نظریه تابعیت چگالی، شبیه سازی های مونت کارلو و دینامیک مولکولی می باشد. مطالعات نظریه تابعی چگالی شامل بهینه سازی ساختاری و محاسبه ان...

زمینه و هدف: دینامیک مولکولی، روشی برای شبیه سازی رفتار ترمودینامیکی مواد در سه فاز جامد، مایع و گاز با استفاده از نیرو، سرعت و مکان ذرات می باشد. دربین این عوامل، مهمترین عامل، نیرو است. در شبیه سازی دینامیک مولکولی کلاسیک، نیرو از پتانسیل کلاسیک به دست می آید. پتانسیل کلاسیکی، تابعی از مکان اتم ها یا هسته هاست و به موقعیت الکترون ها در اتم ها وابسته نیست. هدف از این کار، مطالعه و مقایسه ی انر...

دیان ای از مولکول هایی به نام نوکلئوتید تشکیل شده است. چهار نوع نوکلئوتید در دی ان ای وجود دارند: آدنین، سیتوزین، گوانین و تیمین. مشخص کردن ترتیب بازهای تشکیل دهنده دی ان ای را توالی سنجی دی ان ای می نامند. این توالی تعیین کننده ژن ها خواهد بود و ژن ها تعیین کننده صفات منحصر به فرد هر شخص هستند. از این رو تحقیقات ژنتیکی نقش مهمی در تشخیص، پیشگیری و یا درمان بیماری های ناشی از اختلالات و جهش های...

در این کار، اثر طول نانولوله کربنی بر یک سیستم جذب انرژی نانوسیالی با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی بررسی شده است. برای این منظور 6 طولnm 5، 6 nm، 7 nm، 8 nm، 9 nm و nm 10 برای هر یک از چهار نانولوله کربنی صندلی تک جداره صلب (8,8)، (10,10)، (12,12) و (14,14) انتخاب شده است. نتایج شبیه سازی ها نشان می دهد که در طول و قطر های مختلف نانولوله کربنی، سطح نانولوله کربنی بدون اصطکاک است که باعث...

در این مقاله یک کد نرم افزاری برای شبیه سازی همزمان دینامیک و آیرودینامیک بوسترهای جانبی مقید، از ماهواره بر ارائه گردیده است. این کد، شامل یک محیط اصلی می‌باشد که دو زیرسیستم  دینامیک و آیرودینامیک را به صورت همزمان به یکدیگر متصل می‌کند. قسمت اول شامل یک حل‌کننده‌ شش درجه آزادی دینامیک چند جسمی و قسمت دوم  حاوی یک حل‌کننده عددی وابسته به زمان جریان اولر می‌باشد که  از یک الگوریتم به روز رسانی...