در این پژوهش با استفاده از روش تابع گرین غیر تعادلی و فرمول بندی لانداور- بوتیکر، خواص ترابرد وابسته به اسپین از طریق مولکول dna متصل شده به دو الکترود فرومغناطیسی با سطح مقطع محدود، بصورت عددی بررسی می شود. با مطالعه ترابرد همدوس وابسته به اسپین از طریق مولکول dna نشان می دهیم که مقاومت مغناطیسی تونلی(tmr) در ساختار fm/dna/fm وابسته به ولتاژ خارجی است. همچنین نتایج بدست آمده نشان می دهد که ولت...

در مقاله حاضر خصوصیات مختلف محلول آب و یون های فلزی مانند سرعت یونها، نحوه آرایش مولکولهای آب حول یون فلزی و زمان شرکت مولکول های آب در لایه تشکیل شده حول یون فلزی به کمک شبیه سازی دینامیک مولکولی بررسی گردید. نتایج این تحقیق تشکیل یک آرایش پوسته مانند از مولکول های آب در اطراف یون های فلزی و تشکیل کمپلکس M(H2O) را نشان می دهد. تعداد مولکول های آب در این آرایش پوسته ای برای یونهای سرب، نیکل و ک...

پلیمرهای دارای استخلافهای رنگی از جمله مواد مهم در تصویر برداری‌های پزشکی، تقویت سیگنال در تشخیص‌های بیولوژیکی، مواد فوتوکرومیک و مطالعه فلوروسنتی دینامیک پلیمرها هستند. اغلب، قرار گرفتن تعداد بسیار محدود و دقیقاً معینی از مولکول رنگ در محلی کاملاً مشخص از زنجیره پلیمری مانند انتهای زنجیر یا در محل اتصال دو قطعه مختلف در کوپلیمرها، اهمیت بسیار زیادی دارد. با توسعه یافتن روش‌های پلیمریزاسیون زنده/...

پدیده ی عبور مولکول های زیست-پلیمری از حفره های غشایی یکی از پدیده های حیاتی در شیمی و زیست فناوری محسوب می شود. درک فیزیک این پدیده راه را برای توالی یابی ژنوم از طریق عبور دادن مولکول های‎ dna ‎‎از حفره هایی با ابعاد مناسب فراهم می سازد. یکی از عوامل موثر روی پدیده ی عبور بر هم کنش های هیدرودینامیک می باشد که ما در این پایان نامه به آن پرداخته ایم. در این پایان نامه از نرم افزار دینامیک مولکو...

این پژوهش قصد دارد اطلاعات جدیدی درباره رفتار مکانیکی مولکول دو رشته¬ای دی¬اِن¬اِی ارائه دهد. به این منظور، مجموعه¬ای از شبیه¬سازی¬های دینامیک مولکولی توسعه یافته با جزئیات اتمی بر روی دی¬ان¬ای دوازده- پاره¬ای انجام می¬شود. محاسبات دینامیک مولکولی با استفاده از روش حلال بُرن تعمیم یافته- مساحت سطح قابل دسترس و دینامیک لانگوینی صورت می¬گیرد. منحنی¬های تنش- کرنش دی¬ان¬ای که تحت زاویه¬ها و سرعت¬های م...

مقدمه: تحقیق حاضر با هدف طراحی و ساخت آپتاسنسور بر پایه نانو ذرات کروی شکل طلا به‌منظور تشخیص TNT به صورت کالریمتریک صورت گرفته است. مواد و روش‌ها: نانو ذرات کروی شکل طلا با دارا بودن خواص پلاسمونیک ویژه و بسیار حساس کاربردهای زیادی در طراحی زیست‌حس‌گرها دارا می‌باشند. در تحقیق حاضر با طراحی و ساخت آپتاسنسور بر پایه نانو ذرات کروی شکل طلا به شناسایی مولکول TNT پرداخته شده است. پس از سنتز نانو ...

مقدمه: مولکول DNA به­علت داشتن خواص منحصر­به­فرد و بدیع می­تواند در زمینه­های تحقیقاتی مختلفی از­جمله       نانو­الکترونیک نوری[1] مورد استفاده قرار گیرد. امروزه، نانوساختارهای مبتنی­بر DNA با کیفیت تشخیص مولکولی توسعه فراوانی یافته­است اما بااین­حال مفهوم نانوالکترونیک مولکولی مبتنی­بر DNA موضوعی است که هنوز با چالش­هایی روبه­رو است و مطالعات فراوانی بر­روی آن در حال شکل­گیری است. با این توصیف...

محاسبات سه بعدی کنترل دینامیک مولکول متان برای جداسازی بهینه مولکول با استفاده از نظریه تابعی چگالی وابسته زمانی و تئوری کنترل بهینه کوانتومی انجام شده است. با توجه به قابلیت دست­کاری و تنظیم پارامترهای لیزر فمتوثانیه، با استفاده از الگوریتم بهینه سازی، پالس لیزر بهینه مناسب در جهت دست­یابی به محصولات مورد نظرCH2+, CH+, C+, C++ و بهره تبدیل 78%، 80%،90% و 82%  طراحی شده است. بدین منظور تحول جمع...

در این مقاله، از شبیه سازی غیر تعادلی دینامیک مولکولی جهت مطالعه تأثیرات خواص سطح و دمای سیستم بر رفتار هیدرودینامیکی و انتقال حرارتی مولکول های آب در نانو کانال استفاده شده است. در این مطالعه که بر اساس شبیه سازی دینامیک مولکولی است از پتانسیل الکتریکی و پتانسیل لنارد- جونز برای مدل کردن برهم کنش های بین ذرات استفاده شده است. نیروهای خارجی به مرکز جرم هر یک از مولکول های آب در جهت محور xاعمال ...

تعیین ساختار dna در برهم کنش با پروتئین ها می تواند به شناخت ساز و کارهای حیاتی در سیستم های سلولی که شامل dna هستند، کمک کند. در این بر هم کنش ها و تنش هایی که به مولکول ِdna وارد می شود، مولکول تغییر شکل می یابد. شکل کلی dna تغییر شکل یافته را می توان با یک مدل کشسانی مناسب توصیف کرد. در این پایان نامه می خواهیم با در نظر گرفتن خواص کشسانی و هندسی مولکول dna، ساختار آن را در شرایط مختلف و تح...