در قسمت دوم تحقیق، شبیه سازی دینامیک مولکولی با هدف بررسی ویژگی های مولکولی کپسوله کردن داروی ضد سرطان مکلورتامین درون نانو لوله های تک جداره ی کربن و بور نیترید به کار گرفته شد. نمودارهای انرژی رسم و با استفاده از این نموارها پایداری سیستم ها تخمین زده شد. همچنین زاویه ی قرار گیری دارو درون نانو لوله ی بور نیترید محاسبه شد. علاوه بر این، بوسیله ی نمودارهای تابع توزیع شعاعی اتم- اتم حلال پوشی د...

تصحیحات کوانتومی با استفاده از روش فیمن- هیبس برای نئون جامد در نظر گرفته شده است. یک عبارت ساده و جدید با پتانسیل hfd-like بدون نیاز به محاسبات وقت گیر سه ذره ای به کار برده ایم. نتایج به دست آمده نشان می دهد که پتانسیل چند ذره ای و تصحیح یافته کوانتومی hfd-like پیش بینی نتایج دوذره ای کلاسیکی را بهبود می بخشد.

در این تحقیق، ذخیره سازی گازهای نجیب روی نانولوله های کربنی با استفاده از روش دینامیک مولکولی بررسی شده است. مقدار جذب گازهای زنون، آرگون، نئون و هلیم روی نانولوله های کربنی در دمای ثابت و فشارهای مختلف محاسبه شده است. مجموعه نانولوله های کربنی شامل نانولوله های (8،8)، (9،9)، (10،10)، (11،11) و (12،12) در نظر گرفته شده است. اثر قطر نانولوله های کربنی بر میزان جذب در شرایط اشباع نیز مطالعه شده ا...

کاتالیز آنزیمی در یک ساختار ثابت انجام نمی شود و واکنش شیمیایی در مجموعه ای از حالت های ساختاری به هم پیوسته از مولکول آنزیم رخ می دهد. دینامیک درونی آنزیم برای تبدیل این ساختارها و در نتیجه عملکرد زیستی آنزیم لازم و ضروری می باشد. با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی، اطلاعات ارزشمندی از حرکت ها و ساختارهای لحظه ای مولکول آنزیم بدست می آید که برای درک ارتباط بین ساختار و عملکرد آنزیم کاربرد...

در سال های اخیر توجه به دینامیک پل های راه آهن به عنوان یکی از مقدمات ضروری جهت احداث خطوط قطارهای سریع السیر افزایش یافته است. در این تحقیق، پاسخ دینامیکی پل راه آهن دوخطه یزدان از خط راه آهن قم ـ ساقه با بیه های مختلف ۰، ۱۵، ۳۰، ۴۵ و ۶۰ درجه تحت بار قطار عبوری و تأثیر بیه عرشه بر پاسخ دینامیکی سازه مورد بررسی قرار گرفته است. تحلیل دینامیکی بر پایه یک مدل سه بعدی از مجموعه پل و قطار و اندرکنش ...

اکتین فراوان ترین پروتئین درون یاخته ای و یکی از سه جز اصلی چارچوب یاخته است که در مقابل بارهای کششی از یاخته محافظت می کند. بدین منظور، با توجه به دقت و اعتبار روش های مبتنی بر رفتار اتمی مانند دینامیک مولکولی، در این مقاله با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی به بررسی رفتار مکانیکی پروتئین اکتین پرداخته شده است. اکتین در داخل یاخته به دو صورت تکپار atp و adp وجود دارد. در همین راستا در این...

با توجه به دقت و اعتبار روش های مبتنی بر رفتار اتمی مانند شبیه سازی دینامیک مولکولی (md)، امروزه این روش ها نقش بسیار مهمی در زمینه مدل سازی ورقه های تک لایه گرافن ایفا می کنند. با این حال، استفاده از این روش ها به دلیل هزینه های محاسباتی بالا تنها محدود به سیستم های با اندازه کوچک می باشد. علاوه بر این، با توجه به طبیعت گسسته گرافن، از روش های مبتنی بر مکانیک محیط پیوسته نمی توان برای مطالعه و...

در این پایان نامه اثر دما روی پروتیین پلاستوسیانین توسط شبیه سازی دینامیک مولکولی مورد مطالعه قرار گرفت. در مورد دماهای مورد مطالعه تنها تغییرات معنی دار مربوط به منحنی rmsd و rg در دمای 453k مشاهده شد. در این دما, met 92 پایداری کمتری نسبت به سایر باقیمانده ها دارد.نواحی با انعطاف پذیری زیاد مربوط به باقیمانده های 40-56 می باشد. سه حالت شامل حالت طبیعی , واسطه و حالت غیر طبیعی شده و همچنین 2 ح...

هیدرات های گازی ترکیبات بلور شکلی می باشند که در داخل شبکه ای از مولکول های آب به دام افتاده و تشکیل پیوند هیدروژنی مهمان – میزبان را می دهند. در این پروژه هیدرات گازی si مورد مطالعه قرار گرفته که سلول واحد آن از 46 مولکول آب تشکیل شده است، که دارای دو نوع قفس کوچک و بزرگ می باشد. قفس های کوچک به صورت دوازده وجه پنج ضلعی هستند و قفس های بزرگ چهارده وجهی بوده که شامل دو وجه شش ضلعی و دوازده وجه ...

به منظور مطالعه دینامیک بهم پیوستگی نانو ذرات مغناطیسی معلق درون سیال حامل (فروفلوید) از روش شبیه سازی دینامیک مولکولی استفاده کردیم . مشاهده کردیم که هنگام اعمال میدان مغناطیسی خارجی ذرات بهم پیوسته و زنجیره هایی از ذرات در راستای میدان مغناطیسی خارجی شکل می گیرد . همچنین با شبیه سازی سیالات مگنتورئولوژیکال مشاهده کردیم که هنگام اعمال میدان مغناطیسی خارجی ذرات بهم پیوسته و زنجیره هایی از ذرات ...