در این رساله، فعالیت داروها بر اساس ساختار پروتئین هدف و برهمکنش داروها با آن و سپس محاسبه توصیف کننده های دارو و ساخت یک مدل ریاضی بین فعالیت دارو و توصیف کننده ها (qsar) پیش بینی شد. در این رابطه ساختار سه بعدی پروتئین مورد نیاز بود. در مواردی که ساختار کریستالی پروتئین موجود نبود جهت پیش بینی ساختار سه بعدی آن از روش مدل سازی همسانی(homology modeling) استفاده شد. شبیه سازی دینامیک مولکولی سا...

در سال های اخیر پایدار کردن ساختارهای G-quadruplex به عنوان یک هدف در درمان سرطان توجه زیادی را به خود جلب کرده است. مشتقات کوئینازولون (QD) از دسته لیگاندهایی هستند که جهت پایدار کردن این ساختارها طراحی و سنتز شده اند. درک ماهیت برهمکنش بین این لیگاندها و ساختار G-quadruplex از اهمیت بسیار بالایی برخوردار است. جهت بررسی دقیق تر اینکه چگونه این برهمکنش ها با تغییر ساختار لیگاند تحت تأثیر قرار م...

محاسبات mp2 با مجموعه ی پایه aug-cc-pvdz برای آنالیز برهمکنش های بین مولکولی در تریمرهایxh2p???ncli???ncy(x= f, cl; y= h, f, cl, cn) که با پیوند لیتیمی و پیوند پنیکوژنی به هم متصل شده اند استفاده شد. برای درک بهتر خصوصیات این سیستم ها، دیمرهای مربوطه نیز مورد مطالعه قرار گرفتند. انرژی های برهمکنش و هندسه های مولکولی دیمرها و تریمرها در سطح محاسباتی mp2/aug-cc-pvdz بررسی شدند. پارامتر هایی مانند...

در این پروژه به منظور بررسی سیستماتیک تاثیر حذف آروماتیسیته ی حلقه ی فوران در انباشتگی ساختار کریستالی، لیگاند کربوکسامیدی جدید n-(تتراهیدرو-2-فورانیل متیل)-2-پیرازین کربوکسامید(l1) در مقابل لیگاند حاوی حلقه ی فوران (l2) که پیش تر گزارش شده، طراحی و سنتز شده و با استفاده از طیف سنجی هایir ،13c nmr و1h nmr مورد شناسایی قرار گرفت. در ادامه کمپلکس های هالیدجیوه(??)، [hg2cl4(l1)2oh2](1)، [hg2br4(l1...

در این رساله برهمکنش های بین مولکولی گوناگونی از قبیل پیوندهای هیدروژن، triel، tetrel و هالوژنی با استفاده از روش های محاسباتی کیفیت بالا در حد مجموعه پایه کامل بررسی شده اند. برهمکنش ها با نظریه اختلال تقارن سازگار با نظریه تابعیت چگالی، هارتری?فوک، مولر?پلاست مرتبه دوم و خوشه جفت شده تکی و دوتایی برای توصیف مونومرها مطالعه شده اند. بررسی ها از طریق کاربرد آنالیزهای اوربیتال پیوند طبیعی و ...

ما در این پایان نامه سعی نمودیم با محاسبه فاکتور ساختار،(s(k، سیال زنون با استفاده از مدلی برای تابع همبستگی مستقیم،(c(r، برهمکنش های سیال را مورد بررسی قرار دهیم. در این مدل، تابع (c(r بر اساس نظریه اختلال به دو سهم مغزی و دنباله تقسیم شد. سهم مغزی تابع (c(r دارای دو پارامتر است که در هر دما و چگالی قابل محاسبه می باشند. سهم دنباله تابع(c(r نیز به پتانسیل جفت لنارد-جونز(6و12) وابسته است که در ...

یک سطح انرژی پتانسیل بین مولکولی جدید برای دیمر f2 بنا نهاده شد. 1320 نقطه از سطح انرژی پتانسیل سیستم f2–f2 با استفاده از روش برهم کنش پیکربندی مربعی با جانشینی های یگانه و دوگانه (qcisd) و مجموعه ی پایه ی aug-cc-pvtz مورد محاسبه قرار گرفت. نتایج حاصل با نتایج پیشین که با استفاده از نظریه ی اختلال مولر-پلست مرتبه ی دوم به دست آمده بود قابل مقایسه می باشد. تمام محاسبات با استفاده از برنامه های م...

محاسبات نظری تابعی چگالی (dft) مربوط به 15 ارایش ممکن جذب متیل مرکاپتان بر روی نانولوله بور نیترید گزارش شده¬است. این محاسبات برای تمامی ارایش های مذکور در سطح b3lyp/6-31g* و در فاز گاز انجام گردیده است. نتایج حاصل نشان می¬دهد که قدرت برهمکنش بین مولکولی با جهت گیری مولکول متیل مرکاپتان تحت تأثیر قرار می¬گیرد. نظریّه اتم¬ها در مولکول-های بادر (aim) برای بررسی نقاط بحرانی و مطالعه ماهیّت پیوند بره...

محاسبات نظری تابعی چگالی (dft) مربوط به 19 آرایش ممکن جذب فسژن بر روی نانولوله آلومینیوم نیترید گزارش شده¬است. این محاسبات برای تمامی آرایش های مذکور در سطح b3lyp/6-31g* و در فاز گاز انجام گردیده است. فرکانس¬های ارتعاشی نوسانگر هماهنگ نیز در همین سطح به منظور تأیید ماهیّت نقاط ایستا و همچنین برای تصحیح انرژی نقطه صفر (zpve) تخمین زده شده¬اند. نظریّه اتم¬ها در مولکول¬های بادر برای بررسی نقاط بحران...