در حال حاضر مهارکننده های انتخابی cox-2 توجه زیادی را در طراحی داروهای ضدالتهاب غیر استروئیدی (nsaids) به خود جلب کرده اند زیرا آن ها عاری از اثرات جانبی معمول nsaidsهای کلاسیک اند. تحقیق پیش رو بر طراحی مهارکننده های جدید انتخابی cox-2 متمرکز است. ابتدا مدل های سه بعدی آنزیم های cox با مدل سازی هم سانی ساخته شدند. به منظور ساختن مدل های هم-سانی coxs، توالی های آمینواسیدی coxs از وب سایت ncbi...

با رشد و توسعه فزاینده علم و فناور‌ی‌ نانو، کاربرد نانو سنسورها، سیستم‌های نانو الکترومکانیکی، سیستم‌های نانوالکترونیکی و وسایل نانو فتونیکی رو به افزایش است. نانوسیم‌ها به عنوان یکی از اجزاء کلیدی این سیستم‌ها نقش قابل توجهی در عملکرد درست آنها دارند. بنابراین شناخت رفتار مکانیکی- حرارتی نانوسیم‌ها از اهمیت ویژه‌ای برخوردار است. با توجه به مشکلات اجتناب‌ناپذیر در انجام آزمایش‌های تجربی بر روی ...

Melting process of perylene is investigated using molecular dynamics simulation. Some of thermodynamic properties such as potential energy and transition order parameter are calculated as a function of temperature in the range of 500 K-600 K. These calculations are performed by two different methods in NPT and NVT ensembles. The selected interaction potential is Re-squared and the simulations a...

در این پایان نامه شبیه سازی دینامیک مولکولی برهمکنش مولکول پاکلی تاکسل با نانولوله کربنی و نانولوله بورنیتریدی و تأثیر آن بر انحلال پذیری دارو مورد مطالعه قرار گرفت. نتایج شبیه سازی دینامیک مولکولی حاکی از بهبود انحلال پذیری دارو در حضور نانولوله بورنیتریدی می باشد.

در این کار با انجام شبیه سازی دینامیک مولکولی خواص ترمودینامیکی جیوه مایع مورد مطالعه قرار گرفته است. برای این منظور، شبیه سازی در مجموعه ی هم فشار- هم دما (npt) صورت گرفته است. جهت استخراج خواص جیوه مایع، یک تابع پتانسیل لنارد- جونز (4 – 6 ) پیشنهاد شده است. به وسیله این پتانسیل به خوبی می توان خواص تعادلی مایع – بخار جیوه را پیش بینی کرد. تابع توزیع شعاعی برای سه دمای k 293، k 1073 و k 1773 م...

چکیده ندارد.

در این پایان¬نامه از روش شبیه¬سازی دینامیک مولکولی برای مطالعه خواص ترمودینامیکی، دینامیکی و ساختاری مایع یونی 1-¬هگزیل-2و3-¬دی¬متیل¬ایمیدازولیوم-¬بیس(فلوئوروسولفونیل)ایمید [c6mmim][fs]، و استونیتریل در حالت خالص و مخلوط¬های دوتایی آن¬ها استفاده شده است تا به تاثیر افزایش استونیتریل بر خواص مایع یونی پی برده شود. شبیه¬سازی¬ها در مجموعه آماری npt نوزه- هوور، در دماهای مختلف، فشار 1 اتمسفر و گام ...

جهش نقطهای در ژن پروتئین پریون انسانی، منجر به جایگزینی اسیدآمینه با اسیدآمینه دیگر شده که این جایگزینی در تبدیل شکل طبیعی به غیر طبیعی، تشکیل فیبرهای آمیلوئیدی و در نتیجه بیماریهایی پریونی مانند gss, cjd, vcjd, ffi دخیل میباشد. ما تاثیر جهشهای شایعی مانند s198f، i210v، n202d، r217q بر روی پروتئین پریون انسانی را بوسیله مقایسه مدلهای موتانت با مدل طبیعی بررسی کردهایم. آنالیزهای ساختاری مدلها بو...

نانوخوشه های دوفلزی به دلیل مفید بودنشان در کاتالیست ها وحسگرها مورد توجه هستند. شبیه سازی¬های دینامیک ملکولی با استفاده از پتانسیل کوانتوم ساتن-چن برای مطالعه ساختاری، رفتار ذوب، انرژی سطح و ضریب خودنفوذی نانوکلاستر طلا-مس در ترکیبهای مختلف از طلا-مس با 55 اتم انجام شد. محاسبات نشان می¬دهد که انرژی سطح در نانوکلاستر طلا- مس با کسر مولی اتم های مس افزایش و با دما کاهش می¬یابد. برای نانو کلاستره...

زئولیت‏ها غربال‏های مولکولی شناخته‏شده‏ای هستند که به طور گسترده در صنعت نفت برای جداسازی هیدروکربن‏ها استفاده می‏شوند. لذا بررسی نفوذ و مهاجرت مولکول‏های مهمان در زئولیت‏ها حائز اهمیت است. در این پایان‏نامه از شبیه‏سازی دینامیک مولکولی برای محاسبه‏ی ضریب خود نفوذی، تابع خود همبستگی زاویه‏ای، انرژی فعال‏سازی، انرژی جذب، تصاویر لحظه‏ای و توابع توزیع شعاعی مولکول‏های مهمان در زئولیت تمام سیلیکای ...