چشم انداز برنامه‏ نویسی سیستم‏ های مولکولی برای اجرای عملیات و قدرت پردازش موازی مولکول‏ های دی.ان.ای، محققان را به سوی طراحی مدارهای بیوشیمیایی ترکیبی جذب کرده است. از آنجاکه ساخت رایانه‏ ای با قدرت پردازش موازی خواسته‏ ی این تکنولوژی بوده است، رایانه مولکولی نقطه عطفی در این مسیر محسوب می‏ گردد. در این تحقیق ابتدا یکی از پیشرفته‏ ترین مدل ‏های موجود، تشریح شده است. سپس، با استفاده از این مدل ...

این پایان نامه شامل دو بخش است: بخش اول مربوط به بررسی تجربی حذف یک رنگ آزو (rb5) با استفاده از نانوذرات fe/pd و نانوصفحات گرافن است و در بخش دوم جذب rb5 روی نانوصفحه ی گرافن به صورت نظری با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی مورد بررسی قرار گرفته است. بخش اول آب یکی از مهم ترین اجزاء برای ادامه ی حیات است و به طور مستقیم با بهداشت عمومی، تولید انرژی و توسعه ی اقتصادی و صنعتی در ارتباط اس...

آدنوزین دآمیناز (3.5.4.4 ec)، یک متالو آنزیم حاوی یون روی است. این آنزیم یک نقش کلیدی را در متابولیسم پورین و هیدرولیز غیر قابل برگشت آدنوزین و 2-دئوکسی آدنوزین به نوکلئوزید های اینوزین و آمونیاک، بازی می کند. درک برهمکنش آدنوزین دآمیناز با مهارکننده هایش برای ایجاد و توسعه نسل های آینده عوامل دارویی ضروری است. شبیه سازی های رایانه ای می توانند این برهمکنش ها را نشان دهند. در بررسی اخیر برهمکنش...

در این کار پژوهشی اطلاعات ساختاری (طول و زاویه پیوندها) و انرژی ساختار تعادلی و خواص الکتریکی(انرژی، شکل و گسترش فضایی اوربیتالهای مولکولی humo و lumo و بارهای الکتریکی جزئی روی اتمهای موجود در مولکولهای نانو الماس واره شامل: آدامانتان، آمانتادین، ممانتین و نیتروآدامانتان ) محاسبه شده اند. محاسبات ساختارهای الکترونی با استفاده از روش dft انجام شد و آنالیز بار با استفاده از دو روش مولیکن و تانسو...

یکی از روش های مفید برای بررسی جداسازی یون های آلینده ی آب روش شبیه سازی دینامیک مولکولی می باشد. در این پایان نامه شبیه سازی دینامیک مولکولی جداسازی یون های کلر و سسسدیم از آب با استفاده از نانو صفحات گرافنی انجام گرفته ونتایج نشان می دهند کسه حفسره هسای نسانومتری در صفحات گرافن را می توان به نحو مؤثری در جداسازی یون ها ازآب به کسار بسرد. بسا اسستفاده از شسبیه سازی دینامیک مولکولی عملکرد ج...

جهت گسترش کاربرد و فهم بهتر از مایعات یونی در زمینه های مختلف علمی و صنعتی، داده های خواص ترمودینامیکی مانند خواص حجمی آن ها چه به صورت خالص و چه در کنار سایر حلال ها از اهمیت فوق العاده ای برخوردار است. از سوی دیگر وجود تعداد بسیار زیاد مایعات یونی با ساختارهای متنوع سبب شده است که نتوان خواص ترمودینامیکی آن ها را به دلیل هزینه بالا و صرف زمان زیاد با روش های تجربی اندازه گیری نمود. لذا با است...

هیدرات های گازی دسته ای از ترکیبات میزبان جامد هستند که نقش مهمی در فرآیند های متعددی همچون ذخیره، انتقال و جدا سازی گاز، کاتالیزهای نا همگن و تصفیه آب دارند. این بلور ها در دمای بالاتر از نقطه انجماد آب و فشار بالا تشکیل می شود. برای محاسبه اختلاف انرژی آزاد روش های مختلفی وجود دارد: 1) اختلال 2) تدریجی 3) انتگرال گیری ترمودینامیکی، در این تحقیق، از روش انتگرال گیری ترمودینامیکی برای محاسبه اخ...

هدف از این تحقیق مطالعه بر هم کنش آلبومین سرم انسانی با داروهای پروپرانولول و آلپرازولام در غیاب و حضور دو فلاونوئید کوئرستین و تاکسیفولین و دی متیل متیل فسفونات در بافر فسفات ( (ph = 7.4به وسیله روش های مختلف طیف سنجی فلورسانس، فروسرخ ، مدل سازی مولکولی و شبیه سازی دینامیک مولکولی است.

در این پایان نامه ساختار محلول گابا در فاز آبی و آلی و برخی خواص ترمودینامیکی در محلول هایی با ‏غلظت های متفاوت از گابا در حلالهای آب و تری فلوئورواتانول بررسی شد. نتایج بخش اول بررسی ها به کمک ‏تحلیل توابع توزیع شعاعی، نشان داد گابا در فاز محلول به دلیل اثر کازموتروپیک منجر به افزایش پیوندهای ‏هیدروژنی و برهم کنش میان مولکول های آب می شود. اما، حضور گابا در تشکیل ساختارهای موضعی دیمری و ‏تریمر...

نحوه‎ی توزیعِ یون¬ها در اطراف ذره¬های کلوییدی و سطوح باردار در حضور آب، یکی از موضوعات چالش برانگیز در فیزیکِ ماده‎ی چگالِ نرم و زیست فیزیک می¬باشد. در این توزیع، سطحِ باردار با جذب یون‏های مخالف و دفع یون‏های موافق، ناحیه‏ای باردار پیرامونِ خود ایجاد می‏کند که دولایه‎ی الکتریکی (electrical double layer) نامیده‏ می‎شود. با وجود اهمیت این توزیع، هنوز نظریه¬ کاملی که پیچیدگی‎های متعدد این مسئله، مانند...