مقدمه: در این تحقیق عملکرد 3 نانوموتور بر روی 15 پپتید ترانس ممبرن پروتئین پیش ساز آمیلوئید بتا از طریق شبیه سازی دینامیک مولکولی انجام گرفت. روش: در این مطالعه 14 نوع موتانت و 1 نوع نرمال پپتید ترانس ممبرن پروتئین پیش ساز آمیلوئید بتا از پایگاه داده ncbi به دست آمده و سپس شبیه سازی با استفاده از نرم افزارdesigner ascalaph  انجام شد. 15 پپتید با ساختار های 3 بعدی پایدار سنتز شده، برای ورود به م...

چکیده زمینه و هدف: فعالیت استیل کولین و آنزیم استیل کولین ترانسفراز در بیماری آلزایمر بررسی و مشخص شده است. از این جهت، نقص آنها می تواند باعث کاهش حافظه و یادگیری شود. میدان های نیرو، بر ساختار کولین استیل ترانسفراز تأثیر دارند. برای درک اثرات فضایی، برخی مطالعات کامپیوتری انجام شده است. مواد و روش ها: روش های شبیه سازی مونت کارلو ،دینامیک مولکولی و دینامیک لانگوین به وسیله ی میدان های نیروی...

در تحقیق حاضر، به دلیل اهمیت موضوع نشست و تأثیر آن بر روی ساختمان های سطحی، ابتدا یک بررسی اجمالی در زمینه تاریخچه تحقیقات انجام شده در این زمینه و نتایج و فرمول های به دست آمده توسط دانشمندان مختلف انجام شده است. سپس به تحقیقات انجام شده بر روی پروژه تونل های دو قلو مترو اصفهان اشاره ای اجمالی شده است. نهایتاً با استفاده از اطلاعات به دست آمده از گزارش ها و آزمایش های موجود، تحلیلی پارامتری بر ...

کربن دارای آرایش های متعددی است. نانو غنچه گرافن از تازه ترین آلوتروپ های کربن است و هنوز به صورت آزمایشگاهی در دسترس نیست. نانو غنچه گرافن از اتصال فولرن و صفحه گرافن به هم تشکیل می شود. شبیه سازی دینامیک مولکولی جهت محاسبه خواص مکانیکی نانو غنچه گرافن استفاده شده است.اثر دما و سایز صفحه گرافن و طول گردن در این مجموعه تخمین زده شده است. نتایج نشان میدهد که تا دمای 800 کلوین مدول یانگ تغییرات ک...

توسعه مواد خود ترمیم به عنوان نسل جدیدی از مواد هوشمند مستلزم کسب دانش و درک کافی در مورد ساختار این مواد و ارتباط بین ساختار و خواص آن ها در مقیاس های طولی و زمانی مختلف می باشد. در راستای پاسخگویی به این نیاز، پژوهش حاضر به مدل سازی و شبیه سازی نانوکامپوزیت های پلیمری خود ترمیم در مقیاس اتمی پرداخته است. این پژوهش در دو بخش اصلی صورت گرفته است؛ مدل سازی نانوکامپوزیت های خود ترمیم و شبیه سازی ...

در دهه های اخیر، تحقیقات فراوانی روی خواص ساختارهای کربنی انجام شده است و در این میان، نانولوله های کربنی و صفحات گرافنی به دلیل دارا بودن خواص گرمایی، مکانیکی و الکتریکی ویژه ، توجه ویژه ای را در بین پژوهشگران حوزه ی نانو به خود جلب کرده اند. فهم چگونگی گذار فاز نانولوله های کربنی تک دیواره، برای کاربرد آن ها در محیط های با دمای بالا، بسیار مهم می باشد. از آن جا که این مواد دارای دمای ذوب بس...

سابقه و هدف: مولکول APOBEC3G ، به عنوان فاکتور سلولی دخیل در میانکنش با vif HIV-1 عمل می­کند که برای بررسی میانکنش آن با vif HIV-1 ، از سلول­های ناپذیرای طبیعی و ذاتی مثل H9 و PBMC انسانی مولد APOBEC3G استفاده می­شود. به دلیل ناکارآمدی آنها در این نوع بررسی­ها، نیازمند سلول­های ناپذیرایی بودیم که به طور ثابت و به میزان بالا تولید APOBEC3G بنماید. لذا از سلول­های 293T برای ایجاد این دسته از سلول...

چکیدهاسیدیتیوباسیلوس فرواکسیدانس یک باکتری اسیدوفیل بوده که در فرایند بیولیچینگ فلزات دخیل می باشد. Cytochrome c552 (Cyc1) یک پروتئین پری­پلاسمی در این باکتری است که نقش کلیدی در انتقال الکترون در زنجیره تنفسی دارد. حضور هِم A و B در ساختار Cyc1 و نقش آن در دریافت الکترون از پروتئین قبلی (Cyc2) و انتقال آن به پروتئین بعدی (CcO)، دلیل اصلی انتخاب این پروتئین است. در این تحقیق، با هدف بهبود فرآیند...

درک سازوکار رفتار نانوکامپوزیت های پایه پلیمری، نیازمند بررسی در سطح مولکولی است. این نوع بررسی با استفاده از فنون تجربی، چالش برانگیز است. شبی هسازی دینامیک مولکولی به عنوان یکی از معمول ترین روش های محاسباتی، م یتواند نقش مهمی در کمک به توجیه و تفسیر نتایج تجربی بازی کند. در کار حاضر، برخی از خواص شیمی فیزیکی نانوکامپوزیت های پایه پلیمری حاوی نانولوله های کربنی، بورونیتریدی و استخلاف دار، پلی...

زئولیت‏ها غربال‏های مولکولی شناخته‏شده‏ای هستند که به طور گسترده در صنعت نفت برای جداسازی هیدروکربن‏ها استفاده می‏شوند. لذا بررسی نفوذ و مهاجرت مولکول‏های مهمان در زئولیت‏ها حائز اهمیت است. در این پایان‏نامه از شبیه‏سازی دینامیک مولکولی برای محاسبه‏ی ضریب خود نفوذی، تابع خود همبستگی زاویه‏ای، انرژی فعال‏سازی، انرژی جذب، تصاویر لحظه‏ای و توابع توزیع شعاعی مولکول‏های مهمان در زئولیت تمام سیلیکای ...