در سال های اخیر پایدار کردن ساختارهای G-quadruplex به عنوان یک هدف در درمان سرطان توجه زیادی را به خود جلب کرده است. مشتقات کوئینازولون (QD) از دسته لیگاندهایی هستند که جهت پایدار کردن این ساختارها طراحی و سنتز شده اند. درک ماهیت برهمکنش بین این لیگاندها و ساختار G-quadruplex از اهمیت بسیار بالایی برخوردار است. جهت بررسی دقیق تر اینکه چگونه این برهمکنش ها با تغییر ساختار لیگاند تحت تأثیر قرار م...

هدف از انجام این رساله، مطالعه برهمکنش داروهای پیشنهادی با ماکرومولکول¬ها و طراحی پپتیدهایی بر اساس سطح تماس آنتی¬ژن-آنتی-بادی (اپی¬توپ-پاراتوپ) می¬باشد. در بخش اول رساله، فعالیت مهارکنندگی ترکیباتی با ساختار پایه پیرازول وتیازول برای گیرنده اکتیوین شبه¬کینازی (alk5) مورد بررسی قرار گرفت. ابتدا با استفاده از شبیه¬سازی دینامیک مولکولی، ساختار سه بعدی گیرنده alk5 در محیط آب پیش¬بینی شد و نتایج ...

در این مقاله با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی (کد لمپس)، فرآیند ذوب پریلین در دو هنگرد npt و nvtبه دو روش مختلف مورد بررسی قرار گرفته است. پتانسیل برهم کنشی انتخاب شده در این مقاله آر- ای2 بود. پس از اجرای شبیه سازی ها، انرژی پتانسیل و پارامتر نظم سیستم برحسب تابعی از دما در محدوده k600 - k500 محاسبه شده اند. نتایج نشان می دهند که برای بررسی فرآیند ذوب سیستم هنگرد npt مناسب تر و نتایج حا...

درک سازوکار رفتار نانوکامپوزیت های پایه پلیمری، نیازمند بررسی در سطح مولکولی است. این نوع بررسی با استفاده از فنون تجربی، چالش برانگیز است. شبی هسازی دینامیک مولکولی به عنوان یکی از معمول ترین روش های محاسباتی، م یتواند نقش مهمی در کمک به توجیه و تفسیر نتایج تجربی بازی کند. در کار حاضر، برخی از خواص شیمی فیزیکی نانوکامپوزیت های پایه پلیمری حاوی نانولوله های کربنی، بورونیتریدی و استخلاف دار، پلی...

درا ین مطالعه، رفتار شکست نانوکامپوزیت های پایها پوکسی تقویت شده با نانولوله های کربنی دودیواره به روش دینام کی مولکولی بررسی شده است. برای آماده سازی مدل پلیمری، ساختار اتمی دقیق اپوکسی استفاده شده در مطالعات آزمایشگاهی و برای انجام شبیه سازی از پتانسیل های tersoff  و amber در توصیف رفتار نانولوله کربن و اپوکسی استفاده شد. از میان روش های موجود برای شبیه سازی فرایند ایجاد پیوند عرضی، روشی بهک ...

با گسترش روزافزون صنعت داروسازی و ساخت داروهایی با عملکرد مشخص، انتقال آن به داخل سلول نیز از اهمیت بسیار بالایی برخوردار است. غشا سلول در برابر ترکیبات آب دوست غیر قابل نفوذ است و مکانیزم های انتقال اختصاصی برای نفوذ آن ها مورد نیاز است. بنابراین لزوم پیدا کردن راهی برای تسهیل عبور این داروها از غشا سلول مطرح است. در این بین پپتایدهای با قابلیت نفوذ به سلول نشان دادند که می توانند به عنوان حام...

امروزه سوخت های پاک از جمله بیودیزل (استرهای مونوآلکیل اسیدهای چرب بلند زنجیر) بطور وسیعی مورد توجه قرار گرفته اند. در این پایان نامه ?- لینولئات متیل استر که یکی از اولین بیودیزل های بکار رفته در صنعت می باشد، مورد مطالعه قرار گرفته است. این مطالعات شامل محاسبات نظریه تابعیت چگالی، شبیه سازی های مونت کارلو و دینامیک مولکولی می باشد. مطالعات نظریه تابعی چگالی شامل بهینه سازی ساختاری و محاسبه ان...

هدف در این رساله بررسی اثر حضور غلظت های مختلف از نمک های کلرید کلسیم و کلرید منیزیم بر تبدیل فازی مایع متراکم به مایع گسترده در تک لایه های فسفو لیپیدی د ی پی پی سی با از استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی می باشد.هر نمک در 5 غلظت متفاوت به فاز آبی مجاور تک لایه افزوده شدو هر کدام از 10 سیستم حاصله در 8 فشار سطحی متفاوت به مدت 50 نانو ثانیه در دمای 293.15 کلوین شبیه سازی شدند.

هدف از انجام این تحقیق بررسی خواص سطح و عمق هگزانوییک اسید و هپتانول خالص و سطح مشترک این ترکیبات در مجاورت با آب با استفاده از روش های تجربی و شبیه سازی دینامیک مولکولی می باشد. برای این منظور برهمکنش های درون مولکولی و بین مولکولی را با استفاده از پتانسیل های opls و amber اعمال کردیم و از نتایج حاصل کمیت های دانسیته، کشش سطحی و ویسکوزیته را حساب کردیم، که نتایج به دست آمده از طریق شبیه سازی د...

کانال های یونی بیولوژیکی نقش مهمی را در بسیاری از پدیده های انتقال در بافت های سلولی بازی می کند. همچنین نمک زدایی آب دریا و آبهای بدمزه به دلیل کمبود منایع آب شیرین در جهان از اهمیت فوق العاده ای برخوردار شده است. لذا در این کار تحقیقاتی ساختار کانال های یونی و سیستم های نمک زدایی آب مورد توجه قرار گرفته است و عبور انتخابی و قابل کنترل یون ها از میان نانولوله های کربنی و بورنیتریدی با استفاده ...