ویروس htlv-1 از خانواده رتروویروس ها می باشد و باعث ایجاد بیماری هایی نظیر لوسمی t-cell بزرگسالان (atl) ، تشنج گرمسیری فلج کننده (ham/tsp ) و اختلالات عصبی می گردد. پروتئین پروتئاز یکی از مهمترین آنزیم های ویروسی بشمار می رود و با مهار آن می توان از ادامه چرخه آلودگی این ویروس جلوگیری بعمل آورد. سری جدیدی از مهار کننده ها را ایجاد گردید و با استفاده از ابزارهای محاسباتی نحوه اتصال آن ها به پروت...

در سال های اخیر پایدار کردن ساختارهای g-quadruplex به عنوان یک هدف در درمان سرطان توجه زیادی را به خود جلب کرده است. مشتقات کوئینازولون (qd) از دسته لیگاندهایی هستند که جهت پایدار کردن این ساختارها طراحی و سنتز شده اند. درک ماهیت برهمکنش بین این  لیگاندها و ساختار g-quadruplex از اهمیت بسیار بالایی برخوردار است. جهت بررسی دقیق تر اینکه چگونه این برهمکنش ها با تغییر ساختار لیگاند تحت تأثیر قرار ...

در این مقاله با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی (کد لمپس)، فرآیند ذوب پریلین در دو هنگرد npt و nvtبه دو روش مختلف مورد بررسی قرار گرفته است. پتانسیل برهم کنشی انتخاب شده در این مقاله آر- ای2 بود. پس از اجرای شبیه سازی ها، انرژی پتانسیل و پارامتر نظم سیستم برحسب تابعی از دما در محدوده k600 - k500 محاسبه شده اند. نتایج نشان می دهند که برای بررسی فرآیند ذوب سیستم هنگرد npt مناسب تر و نتایج حا...

مطالعات آزمایشگاهی نشان می دهد که نانولوله های کربنی می توانند با حمل مواد مختلف از درون غشاهای سلولی به عنوان ناقلان مولکولی عمل کنند. این کاربردها مربوط به توانایی نانولوله در انتقال یک سیال و بخصوص محلول های آبی در مقیاس نانو می باشد. به همین دلیل, مطالعه سامانه های آب-نانولوله در علوم و فناوری نانو همواره از اهمیت زیادی برخوردار بوده است. در نانوچنبره ها، علاوه بر انحنای موجود در نانولوله ه...

کربن دارای آرایش های متعددی است. نانو غنچه گرافن از تازه ترین آلوتروپ های کربن است و هنوز به صورت آزمایشگاهی در دسترس نیست. نانو غنچه گرافن از اتصال فولرن و صفحه گرافن به هم تشکیل می شود. شبیه سازی دینامیک مولکولی جهت محاسبه خواص مکانیکی نانو غنچه گرافن استفاده شده است.اثر دما و سایز صفحه گرافن و طول گردن در این مجموعه تخمین زده شده است. نتایج نشان میدهد که تا دمای 800 کلوین مدول یانگ تغییرات ک...

در حال حاضر مهارکننده های انتخابی cox-2 توجه زیادی را در طراحی داروهای ضدالتهاب غیر استروئیدی (nsaids) به خود جلب کرده اند زیرا آن ها عاری از اثرات جانبی معمول nsaidsهای کلاسیک اند. تحقیق پیش رو بر طراحی مهارکننده های جدید انتخابی cox-2 متمرکز است. ابتدا مدل های سه بعدی آنزیم های cox با مدل سازی هم سانی ساخته شدند. به منظور ساختن مدل های هم-سانی coxs، توالی های آمینواسیدی coxs از وب سایت ncbi...

هدف در این رساله بررسی اثر حضور غلظت های مختلف از نمک های کلرید کلسیم و کلرید منیزیم بر تبدیل فازی مایع متراکم به مایع گسترده در تک لایه های فسفو لیپیدی د ی پی پی سی با از استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی می باشد.هر نمک در 5 غلظت متفاوت به فاز آبی مجاور تک لایه افزوده شدو هر کدام از 10 سیستم حاصله در 8 فشار سطحی متفاوت به مدت 50 نانو ثانیه در دمای 293.15 کلوین شبیه سازی شدند.

هدف از انجام این تحقیق بررسی خواص سطح و عمق هگزانوییک اسید و هپتانول خالص و سطح مشترک این ترکیبات در مجاورت با آب با استفاده از روش های تجربی و شبیه سازی دینامیک مولکولی می باشد. برای این منظور برهمکنش های درون مولکولی و بین مولکولی را با استفاده از پتانسیل های opls و amber اعمال کردیم و از نتایج حاصل کمیت های دانسیته، کشش سطحی و ویسکوزیته را حساب کردیم، که نتایج به دست آمده از طریق شبیه سازی د...

کانال های یونی بیولوژیکی نقش مهمی را در بسیاری از پدیده های انتقال در بافت های سلولی بازی می کند. همچنین نمک زدایی آب دریا و آبهای بدمزه به دلیل کمبود منایع آب شیرین در جهان از اهمیت فوق العاده ای برخوردار شده است. لذا در این کار تحقیقاتی ساختار کانال های یونی و سیستم های نمک زدایی آب مورد توجه قرار گرفته است و عبور انتخابی و قابل کنترل یون ها از میان نانولوله های کربنی و بورنیتریدی با استفاده ...

افزایش غیرمنتظره ی انتشار کربن دی اکسید در هواکره و آثار نامطلوب ناشی از آن به ویژه گرمایش جهانی یکی از بزرگترین چالش ها در دنیای امروز است. مطالعه های تجربی و محاسباتی اخیر نشان می دهد مایعات یونی آمین دار با عملکرد ویژه (tsils) می توانند به عنوان جاذب های مایع مناسب برای جداسازی شیمیایی و گیراندازی کربن دی اکسید از محل های تولید این گاز و پیش از آزاد شدن آن در هواکره مورد استفاده قرار گیرند. ...