درختواره ها طبقه نسبتا جدیدی از مواداند که دارای ساختار مولکولی و ابعاد واحد در مقایسه با پلیمرهای خطی هستند. درشت مولکول های درختواره می توانند شامل چند نوع گروه عاملی باشند که به طور موفقیت آمیز با روش های واگرا یا همگرا سنتز می شوند. گروه های عاملی موجود در سطح آنها باعث می شود تا این ترکیبات آب دوست شده و در آب بسیار محلول باشند. قطر درختواره با افزایش نسل تا یک نانومتر افزایش می یابد، در ح...

درک سازوکار رفتار نانوکامپوزیت های پایه پلیمری، نیازمند بررسی در سطح مولکولی است. این نوع بررسی با استفاده از فنون تجربی، چالش برانگیز است. شبی هسازی دینامیک مولکولی به عنوان یکی از معمول ترین روش های محاسباتی، م یتواند نقش مهمی در کمک به توجیه و تفسیر نتایج تجربی بازی کند. در کار حاضر، برخی از خواص شیمی فیزیکی نانوکامپوزیت های پایه پلیمری حاوی نانولوله های کربنی، بورونیتریدی و استخلاف دار، پلی...

rab23 یکی از پروتئینهای خانواده rab می باشد که مسوول تنظیم ادغام و اتصال غشاء ویزیکولها با اندامکهای سلولهای یوکاریوتی می باشد. این پروتئین یک تنظیم کننده منفی خودکار سلولی برای علامت دهی(signaling) hedgehog در مهره داران است. مسیر علامت دهی hedgehog در رشد اکثر ارگانها و بافتهای مهره داران نقش محوری داشته و ارتباط آن با نقایص مادرزادی و بسیاری از انواع تومورها مشخص شده است. بنابراین دخالت rab2...

به کمک شبیهسازی دینامیک مولکولی به تحلیل خواص ساختاری و ارتعاشات نانولولههای کربنی تک و دوجداره تحت جذب فیزیکی (عاملدار کردن) مولکول زیستی فلاوین مونو نوکلئوتید (fmn) پرداخته میشود و اثرات شرایط مرزی مختلف، درصد وزنی مولکول fmn، شعاع، تعداد جداره بر روی فرکانس طبیعی و تغییرات آن بررسی میگردد. با توجه به اینکه فرایند عاملدار سازی عموما در محیطهای آبی صورت میپذیرد، دو محیط خلا و آبی برای شبیهسازی...

توابع انرژی پتانسیل دقیقی برای بخارات فلزات قلیایی در دسترس نیست. به دلیل محدوده وسیع دمایی مایع در فلزات قلیایی مذاب، هیچ تابع انرژی پتانسیل تحلیلی، که قادر باشد خواص فلزات قلیایی مایع را پیشبینی کند شناخته نشده است. در این کار توابع انرژی پتانسیل برای سزیم با استفاده از روش تکرار شونده بولتزمن محاسبه شده است. در این روش ساختار مایع مطابق با ساختار معلوم تجربی، در یک سیکل تکرار شونده تنظیم می ...

در این مقاله، از شبیه سازی غیر تعادلی دینامیک مولکولی جهت مطالعه تأثیرات خواص سطح و دمای سیستم بر رفتار هیدرودینامیکی و انتقال حرارتی مولکول های آب در نانو کانال استفاده شده است. در این مطالعه که بر اساس شبیه سازی دینامیک مولکولی است از پتانسیل الکتریکی و پتانسیل لنارد- جونز برای مدل کردن برهم کنش های بین ذرات استفاده شده است. نیروهای خارجی به مرکز جرم هر یک از مولکول های آب در جهت محور xاعمال ...

در این پایان نامه از شبیه سازی مولکولی دینامیک برای محاسبه خواص ساختاری، ترمودینامیکی، و دینامیکی مورد نیاز مدل های مولکولی ویسکوالاستیک (که غالباً با تکنیک های آزمایشگاهی به دست می آیند) استفاده شده است. با استفاده از این شیوه (ترکیب شبیه سازی مولکولی و تیوری)، کوپلیمر یک درمیان اتیلن-پروپیلن غیرگره خورده شبیه سازی شده و خواص ویسکوالاستیک خطی مذاب گره خورده آن پیش بینی و با نتایج آزمایشگاهی مقا...

سابقه و هدف: در این مطالعه به اثر اتصال یون فلزی روی بر تغییرات ساختاری و پایداری پروتئین آمیلوئید بتا، موثر در بروز بیماری آلزایمر در سطوح مولکولی پرداختیم. روش بررسی: این بررسی با کمک محاسبات شبیه سازی دینامیکی مولکولی و با استفاده از نرم افزار گرومکس نسخه 4.6.5 و میدان نیروی 03 Amber و مدل حلال آب SPC216 انجام گرفت. یافته‌ها: به کمک انحراف جذر مربع میانگین، صحت انجام شبیه سازی بررسی و ...

ویروس htlv-1 از خانواده رتروویروس ها می باشد و باعث ایجاد بیماری هایی نظیر لوسمی t-cell بزرگسالان (atl) ، تشنج گرمسیری فلج کننده (ham/tsp ) و اختلالات عصبی می گردد. پروتئین پروتئاز یکی از مهمترین آنزیم های ویروسی بشمار می رود و با مهار آن می توان از ادامه چرخه آلودگی این ویروس جلوگیری بعمل آورد. سری جدیدی از مهار کننده ها را ایجاد گردید و با استفاده از ابزارهای محاسباتی نحوه اتصال آن ها به پروت...

در سال های اخیر پایدار کردن ساختارهای g-quadruplex به عنوان یک هدف در درمان سرطان توجه زیادی را به خود جلب کرده است. مشتقات کوئینازولون (qd) از دسته لیگاندهایی هستند که جهت پایدار کردن این ساختارها طراحی و سنتز شده اند. درک ماهیت برهمکنش بین این  لیگاندها و ساختار g-quadruplex از اهمیت بسیار بالایی برخوردار است. جهت بررسی دقیق تر اینکه چگونه این برهمکنش ها با تغییر ساختار لیگاند تحت تأثیر قرار ...