روش دینامیک مولکولی یک روش شبیه سازی کامپیوتری است که با حل معادلات حرکت کلاسیک به مطالعه حرکت فیزیکی اتم ها و مولکول ها در یک سیستم n ذره ای می پردازد. در این تحقیق از روش مذکور جهت بررسی تغییر ساختاری یکی از پیوندهای حیاتی در بدن استفاده شده است. این پیوند مابین گیرنده های موجود بر سطح سلولهای دیواره عروقی (اندوتلیال) به نام پی سلکتین و لیگاند های متناظر آنها (psgl-1) که بر سطح لکوسیت (سلول س...

در این کار با انجام شبیه سازی دینامیک مولکولی خواص ترمودینامیکی جیوه مایع مورد مطالعه قرار گرفته است. برای این منظور، شبیه سازی در مجموعه ی هم فشار- هم دما (npt) صورت گرفته است. جهت استخراج خواص جیوه مایع، یک تابع پتانسیل لنارد- جونز (4 – 6 ) پیشنهاد شده است. به وسیله این پتانسیل به خوبی می توان خواص تعادلی مایع – بخار جیوه را پیش بینی کرد. تابع توزیع شعاعی برای سه دمای k 293، k 1073 و k 1773 م...

در این پایان نامه دو رشته پلی الکترولیت نیمه انعطاف پذیر و اتصالگرهایش با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی مطالعه شده است. این اتصالگرها می توانند پروتئینهای اتصالگر، یونهای مخالف چند ظرفیتی یا پیوند هیدروژنی باشند. محاسبه برهمکنش موثر بین اتصالگرها نشان میدهد:1-افت و خیز گرمایی و آنتروپی نقش مهمی در برهمکنش موثر بین اتصالگرهادارد. فقط در دماهای خیلی پایین است که رقابت بین برهمکنشهای الکترو...

تابع توزیع شعاعی مهم ترین ویژگی ساختاری مواد است. این تابع بیانگر احتمال یافتن یک مولکول در فاصله ی خاص از یک مولکول مرکزی اختیاری است که با g(r) نمایش داده می شود که r فاصله ی بین مولکولی است. در عمل می توان چنین اندیشید که نمایانگر چگالی محلی مولکول ها در تعادل ودر فاصله ی r از مولکول مرکزی است. با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی، تابع توزیع شعاعی در محدوده ی وسیعی از دما وچگالی براساس...

شبیه سازی دینامیک مولکولی غیرتعادلی معکوس هدایت گرمایی در پلی آمید66 محدودشده در فضای نانو در این تحقیق با انجام شبیه سازی دینامیک مولکولی روی هدایت گرمایی فیلم های نانو متری پلی آمید 66 محدود شده بین صفحه های گرافیتی، خواص انتقال حرارت سیال محدود شده در فضای نانو را مورد مطالعه قرار داده ایم. برای این منظور شبیه سازی تعادلی سیستم در مجموعه-ی جدیدnapt انجام شده است [1]. که در این مجموعه تعدا...

زمینه و هدف: بیماری های پریونی گروهی از اختلالات تحلیل برنده دستگاه عصبی بوده که منجر به مرگ بیمار می شوند. این بیماری ها تبدیل پروتئین پریون سلولی طبیعی (prpc) به ایزوفرم غیرطبیعی آن با صفحات بتای فراوان (prpsc)، تشکیل و تجمع رشته های آمیلوییدی با مکانیسمی ناشناخته در سلول های عصبی را به دنبال دارند. هدف از این مطالعه، بررسی تأثیر افزایش یا کاهش موضعی درجه حرارت بر این فرآیند تبدیل می باشد. مو...

تیتانیم دی اکسید به علت پایداری شیمیایی، فراوان بودن، غیر سمی بودن و مقرون به صرفه بودن، به عنوان یکی از رایج ترین کاتالیزورهای نوری شناخته می شود. روتیل یکی از فازهای تیتانیم دی اکسید است می باشد. هدف این مطالعه، پیش بینی خواص ساختاری، ترموفیزیکی، ترمودینامیکی و دینامیکی روتیل با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی می باشد. برهمکنش بین یون های تیتانیم و اکسیژن در شبیه سازی های روتیل با استفاد...

با توجه به مطالعات انجام شده در این پایان نامه نتایج زیر را بدست می آوریم: انرژی برهم کنش متوسط اسیدهای آمینه در فاز گازی به دلیل اثر برهم کنش های واندروالس با افزایش جرم مولکولی اسیدهای آمینه افزایش می یابد. انرژی برهم کنش متوسط سامانه های آبی با توجه به ممانعت فضایی اسیدهای آمینه برای آلانین در مقایسه با سرین و گلایسین بیشترین مقدار را دارد. با افزایش دما انرژی برهم کنش متوسط سامانه ی آب-bnnt...

nd2-xgdxzr2o7 وnd2-xhoxzr2o7 موادی هستند که می توانند به عنوان الکترولیت در پیل های سوختی اکسید جامد مورد استفاده قرار گیرند. دما و غلظت دوپنت دو پارامتر مهم در هدایت یونی این الکترولیت ها محسوب می شوند. بنابراین، الکترولیت های nd2-xgdxzr2o7 و nd2-xhoxzr2o7در محدوده وسیعی از دما ( 1273 کلوین تا 1873 کلوین) و غلظت دوپنت توسط شبیه سازی دینامیک مولکولی مورد مطالعه قرار گرفتند. نتایج شبیه سازی از ت...

نانولوله های کربنی به دلیل ساختار های ویژه نانومتریک و منحصر به فردشان که در آن اتمهای کربن بصورت منظم و یکنواخت آرایش یافته اند، دارای کاربردهای زیادی در پزشکی و نانو مدیسین از جمله انتقال دارو، انتقال ژن، درمان و انهدام سلولهای سرطانی دارند. اما داشتن سطوح هیدروفوبیکی و توکسیک بودن آنها برای سیستم های زنده کاربرد نانولوله های کربنی را با چالش اساسی مواجه کرده است. در این پایان نامه اتصال و حل...