پروتئین مارک2 به ابرخانواده پروتئین‏ کینازها تعلق دارد. این پروتئین نقش بسیار مهمی در تنظیم فعالیت‏های حیاتی سلول همچون ایجاد قطبیت، تنظیم اتصالات سلولی، تنظیم اسکلت سلولی و تمایز سلول ایفا می‏کند.کارکرد نامناسب این پروتئین در حالت‏های پاتولوژیکی چون بیماری آلزایمر، آتیسم، برخی سرطان‏ها و توسعه بیماری‏زایی توسط هلیکوباکتر پیلوری، گزارش شده‏است. درک جزئیات ساختاری این پروتئین و بویژه جزئیات حرکت...

در این پایان نامه در آغاز به شناسایی عنصر کربن و کاربردهای فراوان آن را در طبیعت و صنعت می پردازیم. سپس بررسی نظریه ی گرمایی از دید مدل های کلاسیک ونیمه کلاسیک خواهیم پرداخت. با به کار بردن پتانسیل برنر نوع دوم(ریبو) در بررسی رسانش گرمایی نانولوله های کربنی با توزیع جرم نامتقارن با کمک شبیه سازی دینامیک مولکولی با شرایط مرزی ثابت یک جهت برتر برای شارش گرما از جرم کم به جرم زیاد یافته ایم. در ...

در این تحقیق، جذب گازهای دی اکسیدکربن و سولفید هیدروژن در فرآیند شیرین سازی گاز مدلسازی و شبیه سازی شده است. در مدل ارائه شده برای محاسبه شار انتقال جرم با در نظر گرفتن تمامی واکنش ها از مدل فیلمی استفاده شده است. معادلات حاصل از مدل سازی فرآیند شامل مجموعه معادلات انتقال جرم، حرارت و هیدرودینامیک فرآیند بوده که منجر به معادلات دیفرانسیلی پاره ای و معمولی گردید. برای حل این معادلات در جهت محور ...

تعیین مقدار دقیق ضریب دیفیوژن یک ماده که میزان پخش آن ماده را در بستر ماده¬ای دیگر بیان می¬کند، برای مدلسازی دقیق فیزیکی، شرط ضروری است. دقیق¬ترین روش برای محاسبه این گونه خواص، روش¬های دینامیک مولکولی است. متأسفانه این گونه روش¬ها هزینه محاسباتی بسیار بالایی دارند. هدف از این مقاله، معرفی روشی مناسب در مقیاس مزو و ارائه الگوریتمی بهینه برای محاسبه ضریب دیفیوژن با استفاده از این روش است. در مطا...

تیتانیم دی اکسید به علت پایداری شیمیایی، فراوان بودن، غیر سمی بودن و مقرون به صرفه بودن، به عنوان یکی از رایج ترین کاتالیزورهای نوری شناخته می شود. روتیل یکی از فازهای تیتانیم دی اکسید است می باشد. هدف این مطالعه، پیش بینی خواص ساختاری، ترموفیزیکی، ترمودینامیکی و دینامیکی روتیل با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی می باشد. برهمکنش بین یون های تیتانیم و اکسیژن در شبیه سازی های روتیل با استفاد...

فتوپروتئینها گروهی از پروتئین های بیولومینسانس می باشند که دارای اهمیت و کاربردهای فراوانی در علوم مختلف هستند. از این رو تحقیقات گسترده ای برای درک مکانیسم این پروتئینها جهت بهینه کردن فعالیت آنها در حال انجام است. در این تحقیق، جهت شناخت بیشتر عملکرد فتوپروتئین نمیوپسین دو جهش leu36his و phe186his انتخاب شدند. از این گروه می توان به کلنترات، کتنفور و شعاعیان اشاره کرد که دارای تشابهات ساختاری...

در این کار با انجام شبیه سازی دینامیک مولکولی برخی از خواص سدیم مذاب مورد مطالعه قرار گرفته است. تابع انرژی پتانسیل مورد نیاز در این شبیه سازی یک تابع پتانسیل لنارد- جونز است. تغییر بزرگی بخش جاذبه و دافعه ی تابع پتانسیل، نشان داد که تابع پتانسیل لنارد- جونز(4-5) به خوبی می تواند خواص سدیم مایع و بخار را تولید کند. از شبیه سازی دینامیک مولکولی برای محاسبه ی خواص ساختاری و دینامیکی سدیم در بازه ...

روش شبیه سازی دینامیک مولکولی به عنوان ابزاری دقیق جهت مطالعه خواص توده و سطحی مایعات قطبی و مایعات یونی به کار برده شد. جهت استفاده از این روش نیاز به پارامتر های میدان نیرو با دقت بالا داریم. با استفاده از محاسبات کوانتوم شیمی پارامترهای میدان نیرو برای این ترکیبات بهینه گردید. با استفاده از میدان نیروهای بهینه شده شبیه سازی بر روی این ترکیبات در هنگرد های آماری با اندازه بزرگ انجام پذیرفت و ...

از شبیه سازی دینامیک مولکولی در فشار و دمای ثابت برای 1080 یون (240یون یا ، 240 یون و600 یون )در 120 سلول با نرم افزار برای محاسبه خواص ساختاری، ترمودینامیکی و دینامیکی سدیم دی سیلیکات و پتاسیم دی سیلیکات استفاده شده است. محدوده دمایی و فشاری، به ترتیب k250 تا k 1000 و 1325./1 بار تا 100000 بار می باشد. گام زمانی شبیه سازی 001/. پیکو ثانیه و تعداد مراحل برای به تعادل رسیدن سیستم حداقل 100000 مر...