هدف از این تحقیق بررسی فرآیند انجماد آلیاژ ag-x%auبا روش شبیه سازی دینامیک مولکولی است. این شبیه سازی در هنگرد npt انجام شده است. برای محاسبه انرژی برهم کنشی و نیروی وارد بر ذرات طلا و نقره از پتانسیل ساتن- چن کوانتومی و برای حل معادلات دیفرانسیل جفت شده بین ذرات از روش سرعت ورله استفاده کرده ایم. با این تکنیک کمیت هایی مانند دمای انجماد، انرژی بستگی و گرمای نهان انجماد برای فلزات طلا، نقره و آ...

در تحقیق حاضر، با استفاده از شبیه سازی مونت کارلو، ساختار هیدرات co2 در دمای k 270 و فشار mpa 5 پیش بینی شده است. برای این منظور از مدل پتانسیلی tip3p برای برهم کنش های بین مولکول های آب و از روش ولف برای محاسبه برهم کنش های الکترواستاتیک استفاده شده است. متداول ترین روشی که برای محاسبه برهم کنش های الکترواستاتیک در شبیه سازی مولکولی هیدرات co2 تاکنون مورد استفاده قرار گرفته، روش جمع اوالد می ب...

بیماری آلزایمر شایع ترین نوع زوال عقل است. پپتید های آمیلوئید بتا نقش کلیدی را در آسیب شناسی بیماری آلزایمر عهده دار هستند و تحقیقات اخیر نشان داده است که الیگومرهای آمیلوئید بتا سمی ترین جز آن هستند. در بین الیگومرها، نوع دیمر با توجه به ماندگاری بالا در مقایسه با دیگر انواع، دارای اثرات سمی بیشتری می باشد. پریفولدین یک چپرون مولکولی است که از تجمع پروتئین هایی که اشتباه تاخورده اند جلوگیری کر...

بدلیل نقش کلیدی vegf در رگزایی پاتولوژیک، مهار آن از مهمترین استراتژی ها در درمان بیماری های مختلف بخصوص سرطان می باشد. در حال حاضر مؤثرترین دارو بر علیه vegf آنتی بادی های مونوکلونالی هستند که این مولکول را هدف قرار می دهند. آنتی بادی های معمول علیرغم نقش مهمی که در درمان سرطان ایفا می کنند دارای معایبی می باشند که آنتی بادی های تک دمینی یا vhh بعنوان کوچکترین قطعات آنتی بادی بر آنها فائق آمده...

اکتین فراوان ترین پروتئین درون یاخته ای و یکی از سه جز اصلی چارچوب یاخته است که در مقابل بارهای کششی از یاخته محافظت می کند. بدین منظور، با توجه به دقت و اعتبار روش های مبتنی بر رفتار اتمی مانند دینامیک مولکولی، در این مقاله با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی به بررسی رفتار مکانیکی پروتئین اکتین پرداخته شده است. اکتین در داخل یاخته به دو صورت تکپار atp و adp وجود دارد. در همین راستا در این...

در این پایان نامه به مطالعه تجربی و تئوری بررسی برهمکنش داروی ونکومایسین با dna پرداخته شد. ونکومایسین یک آنتی بیوتیک گلیکوپپتیدی است که با اثر بر روی ساخت دیواره سلولی، برای درمان عفونت های باکتریایی گرم مثبت استفاده می شود. تغییرات طیف حاصل از روش های اسپکتروسکوپی جذب و فلوئورسانس، نمایانگر برهمکنش ونکومایسین با dna می باشد. ثابت اتصال پیوندی(kb) با استفاده از تکنیک جذب 5^10*0.161 و ثابت تقوی...

همولیزین یک پروتئین خارج سلولی است که توسط بسیاری از باکتری های بیماری زا و غیر بیماری زا ترشح می شود. سطح فعالیت آنها غشای پلاسمایی گلبول های قرمز خون می باشد. همولیزین جزء سموم وابسته به کلسترول می باشد یعنی کلسترول را به عنوان گیرنده بر روی سطح سلول های خونی شناسایی کرده و از طریق آن به سلول هدف متصل می شود. در این تحقیق ما بر روی همولیزین گونه ایی از باسیلوس به نام باسیلوس پامیلوس safr0032 ...

نحوه استقرار و نفوذ مولکول های بنزن در حفرات زئولیت nay توسط شبیه سازی دینامیک مولکولی مورد بررسی قرار گرفت. شبیه سازی ها در هنگرد nvt با گام زمانی 1 فمتوثانیه طی دو مرحله انجام گرفتند. در مرحله اول پیکربندی هایی شامل 16، 32، 64 و 96 مولکول بنزن به همراه یک سلول واحد زئولیت جهت بررسی استقرار مولکول های بنزن در حفرات زئولیت، شبیه سازی شدند. در مرحله دوم چندین شبیه سازی برای یک پیکربندی ثابت محتو...

مطالعه شبیه سازی کامپیوتری همه جانبه و گسترده ای برای ضریب خود پخشی ? گرانروی برشی و رسانایی گرمایی سیالات انجام شده است. علاوه بر شبیه سازی های مولکولی? در محاسبه ضریب خود پخشی از نظریه حجم آزاد استفاده شده است. نظریه افت و خیز چگالی گرانروی برشی در محاسبه گرانروی برشی به کار گرفته شده است و نتایج با مقادیر شبیه سازی مقایسه شده اند. این روشها قابل گسترش برای سامانه های چند اتمی است . بیان تحل...

چکیده ترکیب یک فلز و یا یک شبه فلز با کربن، کاربید نامیده می شود. مطالعه کاربیدهای فلزهای قلیایی و قلیایی خاکی، به علت واکنش پذیری بالا و ناپایداری گرمایی این ترکیب ها در شرایط محیطی، از نظر آزمایشگاهی با مشکل هایی همراه است. از طرف دیگر, اخیراً سنتز نانوساختارهای کربنی و ترکیب های گوناگون آلی با استفاده از بنیان c22- مورد توجه قرار گرفته است. نتیجه های آزمایشگاهی نشان می دهند که از واکنش کاربی...