در این مقاله رسانش الکترونی مولکول خطی سه اتمی که بین دو هادی نیمه نامتناهی ساده قرار دارد، با استفاده از روش استاندارد تابع گرین در رهیافت تنگ بست، به دست می آید. با در نظر گرفتن اثر برهمکنش الکترون ـ فونون و تغییرات دما در رژیم بی دررو، رسانش الکترونی سامانه ی مرکزی بررسی می شود. نتایج نشان می دهد که با افزایش قدرت برهمکنش الکترون ـ فونون میزان پراکندگی الکترونی در اثر برخورد با اتم های مرتعش...

به دلیل افزایش روزافزون سرطان و تولید داروی جدید در درمان آن در این تحقیق به بررسی برهمکنش داروی جدید ضد سرطان آبگریز پاکلیتاکسل بر روی غشای سلولی با استفاده از ابزارهای محاسباتی پرداخته شده است. از نرم افزار دینامیک مولکولی NAMD و همچنین، نرم افزار VMD برای آماده سازی فایل های ورودی که از بانک داده های پروتیین گرفته شده بودند˛ جهت شبیه سازی و همچنین تحلیل و بررسی داده های خروجی استفاده شده است...

پارامترهای پیوندی در برهمکنش سرم آلبومین انسانی با سریم سولفات، سولفات آهن،سولفات مس، آسپرین و تئوفیلین با استفاده ازتئوریهای شبیه سازی و داکینگ مولکولی به دست آمده است. با تحلیل نتایج به دست آمده از این اتصالات، پارامترهایی مانند انرژی اتصال، ثابت بازدارندگی، انرژی بین مولکولیو پارامترهای پیوندی دیگر به دست آمد.مقایسه نتایج شبیه سازی با داده های تجربی گزارش شده، تطابق خوبی را بین نتایج تجربی و...

در این پایان نامه به بررسی برهمکنش های بین نانوساختارهای کربنی مختلف و نقش آن در کاربردهایی نظیر نانوحسگرها، رهایش هدفمند دارو و نانونوسانگرهای گیگاهرتزی در بخش هایی جداگانه به کمک شبیه سازی دینامیک مولکولی کلاسیک پرداخته شده است. برای این منظور، نیروها و برهمکنش های داخلی نانوساختار به کمک تابع پتانسیل تجربی ربو محاسبه شده اند. همچنین برهمکنش های بین نانوساختارها که از جنس وندروالس هستند، به ک...

در حال حاضر روش های in silico یکی از کم هزینه ترین و سریعترین روش های موجود جهت طراحی و کشف دارو در زمینه درمان محسوب می گردد. در این مطالعه ما علاقه مند شدیم تا با انجام طراحی محاسباتی دارو به روش داکینگ مولکولی ترکیباتی را معرفی کنیم که نقش موثری در مهار پلی مریزاسیون توبولین ها به عنوان عوامل اصلی تقسیم سلولی در تومورهای سرطانی دارند. بدین منظور ترکیبات کرومنی که توسط محققین مختلف خواص ضد سر...

در این پژوهش، ابتدا ساختارهای بهینه¬شده برهمکنش¬ غیرپیوندی نانولوله¬های کربنی ساده و دوپه شده با یک و دو اتم گوگرد با مولکول¬های متانول، متان¬تیول، آب و دی¬هیدروژن سولفید در دو موقعیت انتهای بسته نانولوله و بالای بدنه آن با 80 اتم کربن و 10 اتم هیدروژن مورد بررسی پارامتری، انرژی¬های برهمکنشی در فاز گاز و حلال¬های بنزن، کلروفرم و سیکلوهگزان توسط مدل pcm، بارهای اتمی و انرژی اغتشاشی مرتبه دوم nbo...

یکی از شایع ترین بیماری های مغزی، آلزایمر است. علت اصلی این بیماری تخریب سلول های مغزی است که بر اثر تجمع پپتیدی بنام آمیلوئید-بتا در سلول های عصبی رخ می دهد. آمیلوئید-بتا (a) پپتید ی است که از 39 تا 43 آمینواسید تشکیل شده است. این پپتید از شکستن پروتئین درون غشایی بنام app توسط دو آنزیم ?-سکرتاز و ?-سکرتاز تشکیل می شود. تاکنون ساختار مشخصی از اشعه ایکس برای مونومرهای آمیلوئید-بتا بدست نیامده ا...

محاسبات نظری تابعی چگالی(dft)مربوط به 4-نیتروپیریدین-3-تیول (npt) و استخلاف هایش گزارش شده اند. برای این ترکیب، استخلاف های f، cl،br،sh،oh، ch3، cf3، ch2f، ch2cl،ch2br،coch3،c2h5، ch2och3، ch2oh، ch2cf3، cn، och3، scoch3، sch3،cho،nhch3، ch2ch2oh، ch2cooh، ochf2، no2، scf3، nhcoch3و ph در نظر گرفته شده است.این محاسبات برای تمامی استخلاف های مذکور در سطح b3lyp/6-311++g**انجام گردیده و فرکانس های...

محاسبات نظری ( dftو ab initio) برای 20 صورت بندی ممکن (z)-2-(تیوکسو سیلیل) اتیلن سلنول گزارش شده اند. این محاسبات برای تمامی صورت بندی ها در سطوح b3lyp/6-311++g**، mp2/6-311++g**و g2mp2 انجام شده اند. فرکانس های ارتعاشی نوسانگر هماهنگ در همان سطح به منظور تأیید ماهیت نقاط ایستا و همچنین برای تصحیح انرژی نقطه (zpve) تخمین زده شده بودند. انرژی پیوند هیدروژنی برای صورت بندی های tes-1وmes-1 از طریق...

دراین رساله رفتار جذب یک مولکول آمونیاک روی سطح خارجی نانولوله های کربنی تک دیواره (0,5)، (0,8)، (5,5) و (6,6) با استفاده از نظریه تابعیت چگالی (dft) مورد بررسی قرار گرفته است. انرژی های پیوندی محاسبه شده به وضوح نشان می دهند که جذب به قطر نانولوله بستگی دارد. تانسورهای پوشیدگی شیمیایی 13c، 15n و 1h در سطح تابع هیبریدی b3lyp با استفاده از روش giao محاسبه شدند. محاسبات nmr آشکار می کنند که پوشید...