محمدرضا بختیاری زاده
استادیار، گروه علوم دام و طیور، پردیس ابوریحان دانشگاه تهران
[ 1 ] - شناسایی miRNAها و ایزومیرهای جدید در بافت کبد گاوهای شیری
تعادل منفی انرژی (NEB) در گاوهای شیری پرتولید در چند هفتة نخست پس از زایمان رخ میدهد و به دلیل اثرگذاری منفی بر باروری و سلامتی اهمیت اقتصادی زیادی در گلههای گاو شیری دارد. بنابراین، شناسایی هر چه بهتر سازوکارهای تنظیمی مؤثر در این اختلال سوخت‌وسازی (متابولیکی) اهمیت دارد. یکی از عامل‌های تنظیمی مؤثر در NEB، miRNAها هستند. به‌رغم اهمیت NEB، سازوکارهای تنظیمی مربوط به miRNAها در این دوره به‌خو...
[ 2 ] - استفاده از روش تحلیل مولفه‌های اصلی برای پیش بینی صفت وزن دنبه در گوسفندان نژاد لری بختیاری
به منظور بررسی ارتباط 11 صفت وزن زنده، طول بدن حیوان، محیط دور بدن، قد حیوان، عرض وسط دنبه، عرض پایین دنبه، عرض بالای دنبه، طول دنبه، طول شکاف دنبه، عمق دنبه و محیط دور دنبه با صفت وزن دنبه از اطلاعات 731 راس گوسفندان لری بختیاری و با هدف از بین بردن مشکل هم‌راستایی چندگانه، از روش‌های تحلیل مولفه‌های اصلی و حداقل مربعات معمولی استفاده گردید. وجود هم‌راستایی چندگانه با استفاده از عامل تورم ...
[ 3 ] - برآورد پارامترهای منحنی شیردهی توسط تابع گامای ناقص و تعیین رابطه ژنتیکی آنها با صفات پستانی تیپ در گاوهای هلشتاین ایران
هدف تحقیق حاضر برآورد پارامترهای منحنی شیردهی توسط تابع گامای ناقص و ارزیابی ژنتیکی این پارامترها و در نهایت تعیین رابطه ژنتیکی و فنوتیپی آنها با صفات پستانی در جمعیت گاوهای هلشتاین ایران بود. دو سری داده شامل 117583 رکورد، برای ارزیابی ژنتیکی پارامترهای منحنی شیردهی و7351 رکورد (به علت کم بودن رکوردهای صفات پستان برای تعیین رابطه ژنتیکی بین پارامترهای منحنی شیردهی و صفات پستانی) مربوط به زای...
[ 4 ] - برآورد پارامترهای ژنتیکی صفات تیپ، تولید شیر و روزهای باز در گاوهای هلشتاین ایران
هدف تحقیق حاضر برآورد پارامترهای ژنتیکی 13 صفت تیپ، تولید شیر و روزهای باز در جمعیت گاوهای هلشتاین ایران بود. 16502 رکورد (صفات تیپ)، 16557 رکورد (تولید شیر) و 11631 رکورد (روزهای باز) مربوط به زایش اول بودند که به ترتیب از 1530، 1566 و 2000 گروه گله- سال- فصل زایش که توسط مرکز اصلاح نژاد دام کشور جمع آوری شده بودند، استفاده گردید. نرمافزار SAS و رویه GLM برای برازش مدل‌ها استفاده شد. عوامل ...
[ 5 ] - مطالعه شبکه ژنی موثر بر رشد ماهیچه سینه جوجه راس تحت داده‌های RNA-Seq
جوجه های بومی جز مهم‌ترین ذخایر ژنتیکی هستند که به شرایط محیطی بخوبی سازگاری یافته‌اند. اما بطور معمول سرعت رشد و راندمان غذایی آنها در مقایسه با جوجه‌های امروزی مناسب است. مطالعات مقایسه‌ای بین جوجه‌های امروزی و مرغان بومی امکان درک علل این تفاوت‌های ژنتیکی را مهیا می‌سازد. جهت بررسی تفاوت‌های ترانسکریپتومی ژن‌ها و مسیرهای بیولوژیکی مرتبط با رشد ماهیچه سینه در دو گروه مرغ بومی و جوجه تجاری از ...
[ 6 ] - شناسایی و آنالیز حذف و درج‌ها در ژنوم شترهای تک‌کوهانه ایرانی با استفاده از داده‌های توالی‌یابی کل ژنوم
این مطالعه به منظور شناسایی حذف و درج‌های (ایندل‌ها) موجود در ژنوم شتر تک‌کوهانه ایرانی و ارزیابی گروه‌های عملکردی مرتبط با آنها، با استفاده از داده‌های توالی‌یابی شده ژنوم کامل دو نفر شتر تک‌کوهانه ایرانی (شتر یزدی و شتر طرودی) انجام شد. در این تحقیق، برای افزایش دقت و صحت ایندل‌های شناسایی شده، از دو برنامه قدرتمند شناسایی واریانت (GATK و SAMtools) استفاده گردید. در نهایت، تنوع‌های شناسایی ش...
[ 7 ] - شناسایی و تجزیه‌وتحلیل miRNA ها و ایزومیرهای جدید و ژن‌های هدف آنها در گاوهای شیری مبتلا به ورم‌پستان
ورم پستان یکی از بیماری‌های عفونی غدد پستان است که هزینه‌های زیادی را به صنعت گاو شیری تحمیل می‌کند. مکانیسم تنظیمی این بیماری پیچیده بوده و تحت کنترل ژن‌های تنظیمی مختلفی قرار دارد. در مطالعه حاضر به منظور درک بهتر عناصر تنظیمی درگیر در بیماری ورم‌پستان، نمونه‌های شیر گاوهای سالم و آلوده در طی سری زمانی صفر، ۱۲، ۳۶،۲۴ و ۴۸ ساعت پس از آلودگی جمع‌آوری گردید. داده‌های miRNA-seq از نمونه‌های شیر ب...
[ 8 ] - تجزیه و تحلیل پروموتر ژن‌های مؤثر در تعادل منفی انرژی در گاوهای شیری
این تحقیق به‌منظور درک بهتر سازوکارهای تنظیمی بیان ژن‌های مربوط به تعادل منفی انرژی انجام شد. ژن‌های با بیان بالا در تعادل منفی انرژی با استفاده از داده‌های ریزآرایه و RNA-seq شناسایی و توالیهای پروموتری آنها برای شناسایی فاکتورهای رونویسی جدید در ارتباط با این مراحل تجزیه و تحلیل شدند. افزون بر این، از پایگاه اطلاعاتی STRING برای ترسیم شبکۀ ژنی مرتبط با فاکتورهای رونویسی شناسایی‌شده در تعادل ...
[ 9 ] - اثر اضافه کردن نانوذرات روی بر شاخص های کیفیت اسپرم گاو بعد از فرآیند انجماد - یخ گشایی
این تحقیق به‌منظور بررسی اثر غلظت‌های گوناگون نانوذرات روی بر شاخصهای کیفی منی گاو پس از فرایند انجمادـیخگشایی انجام شد. از چهار گاو نر هلشتاین به مدت چهار هفته و هر هفته دو نوبت اسپرمگیری شد. نمونه‌های منی پس از اضافه‌کردن مقادیر صفر، 6-10، 5-10، 4-10، 3-10، و 2-10 مولار نانوذرات روی به رقیقکنندۀ بایوکسل، منجمد و پس از 72 ساعت یخ‌گشایی شدند. میزان تحرک اسپرم با نرمافزار کاسا (Computer As...
[ 10 ] - شناسایی همریخت RNA های بیان شده در ماهیچۀ اسکلتی مرغ بومی و تجاری با روش توالی‌یابی
این آزمایش به‌منظور بررسی و شناسایی همریخت (ایزوفرم)های RNA مرتبط با ساختار پروتئین‌های ماهیچه‌ای بین مرغ بومی اصفهان و جوجۀ تجاری راس با سرعت رشدهای متفاوت، انجام شد. بدین منظور و پس از استخراج کل RNA از نمونه‌های ماهیچۀ سینۀ مرغان یادشده در سن 28 روزگی، توالی‌یابی جفتی با استفاده از پلاتفرم illumine Hiseq 2000 انجام شد. برای همترازی خوانش‌ها به ژنگان (ژنوم) مرجع مرغ اهلی، از نرمافزار Hisat2...
[ 11 ] - شناسایی LncRNAهای مرتبط با رشد عضله سینه مرغ بوسیله روش RNA-seq
هدف از این آزمایش بررسی و شناسایی RNAهای غیررمزکننده بلند (lncRNAs) مرتبط با عضله اسکلتی مرغ بومی اصفهان و جوجه تجاری راس 708 بود. پس از استخراج RNA از چهار نمونه عضله سینه در سن 28 روزگی، توالی‌یابی جفتی با استفاده از پلاتفرم illumine Hiseq 2000 انجام شد. برای همترازی خوانش‌ها با ژنوم مرجع مرغ اهلی، از نرمافزار Hisat2 و جهت سرهم‌بندی رونوشتها از بسته نرمافزاری Stringtie استفاده شد. در مجم...
[ 12 ] - RNA-Seq Bayesian Network Exploration of Immune System in Bovine
Background: The stress is one of main factors effects on production system. Several factors (both genetic and environmental elements) regulate immune response to stress. Objectives: In order to determine the major immune system regulatory genes underlying stress responses, a learning Bayesian network approach for those regulatory genes was applied to RNA-...
[ 13 ] - بررسی بیوانفورماتیکی microRNA های دخیل در تنش سرما و اثر آنها بر پروتئین های مرتبط با متابولیسم اسیدهای چرب در کلزا (Brassica napus L.)
کلزا (Brassica napus) از مهم‌ترین گیاهان روغنی در سطح جهان است که علاوه بر دارا بودن ذخایر غنی اسیدهای چرب، حاوی پروتئین نیز می‌باشد. تنش سرما از عوامل محدودکننده رشد این گیاه است که می‌تواند منجر به تغییرات وسیعی به لحاظ مولکولی در درون گیاه شود. در پژوهش حاضر، به منظور بررسی ارتباط بین مولکول های miRNA، تنش سرما، اسیدهای چرب و لیپیدها، مولکول‌های miRNA با اسامی bna-miR164a، bra-miR5712، bra-...
[ 14 ] - بررسی بیوانفورماتیکی microRNA های دخیل در تنش سرما و اثر آنها بر پروتئین های مرتبط با متابولیسم اسیدهای چرب در کلزا (Brassica napus L.)
کلزا (Brassica napus) از مهم‌ترین گیاهان روغنی در سطح جهان است که علاوه بر دارا بودن ذخایر غنی اسیدهای چرب، حاوی پروتئین نیز می‌باشد. تنش سرما از عوامل محدودکننده رشد این گیاه است که می‌تواند منجر به تغییرات وسیعی به لحاظ مولکولی در درون گیاه شود. در پژوهش حاضر، به منظور بررسی ارتباط بین مولکول های miRNA، تنش سرما، اسیدهای چرب و لیپیدها، مولکول‌های miRNA با اسامی bna-miR164a، bra-miR5712، bra-...
[ 15 ] - مسیرهای بیولوژیکی مرتبط با lncRNAهای شناخته شده بین ژنی در بافت شکمبه گوساله‌های مبتلاء به اسیدوز
هدف این پژوهش شناسائی lncRNAهای دخیل در کنترل فعالیت مسیرهای بیولوژیکی موثر در بروز اسیدوز بود. بدین منظور دو گروه گوساله شامل گروه شاهد (3 گوساله نر سالم) و گروه بیمار (3 گوساله نر مبتلاء به اسیدوز) به صورت مقایسه‌ای مورد مطالعه قرار گرفتند. توالی یابی جفتی با استفاده از پلاتفرم illumine Hiseq2500 انجام شد. از نرم افزار Hisat2 برای همترازی خوانش‌ها با ژنوم مرجع گاو و بسته نرم افزاری StringTi...
نویسندگان همکار