خوشه بندی بیانی پروتئین های سرطان دهانه رحم

مقدمه: سرطان دهانه رحم، دومین سرطان مرگ بار بین زنان در کشورهای در حال توسعه و هفتمین در کشورهای پیشرفته است. غربالگری در سرطان گردن رحم برای پیدا کردن ژن ها و پروتئین هایی که نقش بیومارکر تشخیصی و درمانی بازی کند در حال پیشرفت است از طرفی مکانیسم ملکولی تومورزایی وابسته به دسته های پروتئینی است که در حالت بیماری تغییر می نماید بنا بر این کشف این گروه های پروتئینی امری ضروری به نظر می رسد. در این مطالعه به بررسی پروتئوم سلول های بافت سرطان سرویکس و مقایسه آن با بافت نرمال با کمک تکنیک پروتئومیک پــرداخته می شود و پروتئوم از نظر آماری به دسته های پروتئینی مجزایی خوشه بندی می گردد. مواد و روش ها: استخراج پروتئــین از نمونه های بافت نرمال و سرطانی گردن رحم صورت گرفت سپس پروتئین ها در مرحله اول(IEF) بسته به pH ایزوالکتریک خود روی نوار استریپ تفکیک شدند و مرحله دوم الکتروفورز دوبعدی SDS page است که مرحله جداسازی پروتئین ها بر اساس وزن مولکولی می باشد. ژل های هر دو گروه مورد آزمایش، جهت رویت لکه های پروتئینی به روش کوماسی بلو آمیزی شدند. در نهایت پروتئین های دو گروه جهت آنالیز بیوانفورماتیکی و آماری(آنالیز خوشه بندی و آنالیز مولفه اصلی) با نرم افزار progenesis same spot مورد مطالعه قرار گرفتند. یافته های پژوهش: آنالیز بیوانفورتیکی و آماری با نرم افزار progenesis same spot بر ژل های به دست آمده از تکنیک الکتروفورز دوبعدی 158 نقطه پروتئینی را مشخص کرد که تعدادی از آن ها دارای افزایش بیان و تعدادی دارای کاهش بیان بودند. 19پروتئین در گروه سالم دارای بیان بیشتری نسبت به سرطانی داشتند در حالی که در گروه سرطانی 18 پروتئین دارای بیان بالاتر نسبت به نرمال داشتند. آنالیز خوشه بندی، پروتئین ها را از نظر بیان به 2 خوشه اصلی تقسیم نمود که بیانگر وجود پروتئین هایی با بیان مشابه در هر خوشه است که این پروتئین ها می توانند عملکرد مشابهی را در شرایط آزمایش ارائه نمایند یا بیانگر حضور همه آن ها در مسیر بیولوژیکی مشترک است. آنالیز PCA نتایج حاصل از خوشه بندی را تایید نمود و نشان داد که داده های پروتئینی بر طبق شرایط آزمایش خوشه -بندی شده اند. بحث و نتیجه گیری: در نهایت می توان گفت که آنالیزهای آماری چند متغیره ای نظیر کلاسترینگ یا آنالیز همبستگی و آنالیز مولفه اصلی کمک می کند به شناسایی ژن ها و گروه هایی از ژن ها که باعث تبدیل بافت نرمال به یک مرحله بدخیمی می شود. برای شناسایی دسته های پروتئینی دخیل در مکانیسم ملکولی سرطان سرویکس نیاز به مشخص شدن نوع پروتئین ها است که باید توسط دستگاه اسپکتروفوتومتری جرمی تعیین هویت شوند.