تعیین ترادف شش جدایه ایرانی ویروس موزائیک هندوانه و مقایسه فیلوژنتیکی جدایه های ایران با سایر جدایه های دنیا

ویروس موزائیک هندوانه(Watermelon mosaic virus, WMV) یکی از  پوتی ویروس های مهم و گسترده در دنیا است که به کدوئیان خسارت وارد می کند. به منظور ردیابی وتعیین پراکنش این ویروس در مزارع استان گلستان179 نمونه از گیاهان دارای علائم موزائیک کدو، هندوانه، خربزه و خیار از شش منطقه از استان گلستان جمع آوری و با آنتی سرم WMV در آزمون DAS-ELISA مورد بررسی قرار گرفت و از تعداد مزبور 28 نمونه آلوده به WMV تشخیص داده شدند. برای تعیین جایگاه تاکسونومیکی جدایه های گرگان در میان سایر جدایه های دنیا، چهار جدایه از کدو و هندوانه از این استان، به همراه دو جدایه کدو از شیراز و مشهد، برای آزمون RT-PCR با یک جفت آغازگر اختصاصی طراحی شده از ناحیه CP ، انتخاب شدند. محصول PCR بطور مستقیم ترادف یابی شد و ترادف های بدست آمده هر یک شامل 964 نوکلئوتید با 41 ترادف  از GenBank مقایسه شدند. آنالیز فیلوژنتیک و محاسبه فاصله ژنتیکی (genetic distance) و تنوع (diversity) نشان داد که جدایه‌های WMV از تمام دنیا در 6 گروه قرار می‌گیرند وجدایه‌های مشهد و گرگان از ایران همراه با جدایه‌های اسپانیا، استرالیا وفرانسه در یک گروه و جدایه شیراز همراه با جدایه‌های ژاپن در گروه دیگر قرار می گیرند. فاصله ژنتیکی بین گروه‌ها و داخل گروه‌ها نیز نتایج فوق را تائید کردند. محاسبه تنوع ژنتیکی (π) نشان داد که به رغم تنوع وسیع این ویروس در دنیا میزان تنوع آن در یک منطقه مانند اروپا بسیار پائین است. محاسبه تنوع جمعیت های مختلف دنیا نشان دهنده افزایش میزان این تنوع از غرب به شرق است. در شرق آسیا بیشترین میزان تنوع میزبانی و مولکولی دیده می شود.