تطبیق لکههای پروتئینی در تصاویر الکتروفورز ژل دو بعدی بر پایه مدلهای احتمالاتی
نویسندگان
چکیده مقاله:
تطبیق لکههای پروتئینی در تصاویر الکتروفورز ژل دو بعدی (2DGE) یکی از فرآیندهای اصلی در تحلیل این تصاویر است. بهدلیل چالشهای موجود در تصاویر 2DGE همچون حضور نویز و آرتیفکت، تطبیق لکههای پروتئینی تحت نظارت کاربران انجام میگیرد که این نظارت موجب ایجاد خطای انسانی میگردد. ازاینرو در این تحقیق، الگوریتمی جدید و خودکار برای تطبیق لکههای پروتئینی، مبتنی بر مدلهای احتمالاتی ارایه شده است. بهدلیل پیچیدگی مدل احتمالاتی پیشنهادی، برای حل روابط آن روش بیز وردشی بکارگرفته شده است. عملکرد الگوریتم پیشنهادی بهکمک معیارهایی آماری بر روی مجموعه تصاویر واقعی و مصنوعی تهیهشده در این تحقیق مورد ارزیابی قرار گرفته است. براین اساس، لکههای پروتئینی توسط الگوریتم پیشنهادی در تصاویر واقعی با خطای زاویهای 05/0 رادیان و خطای نقطهی پایانی 46/1 پیکسل و در تصاویر مصنوعی با خطای زاویهای 13/0 رادیان و خطای نقطهی پایانی 90/0 پیکسل تطبیق داده شدهاند. این نتایج نشاندهنده دقت و کارآیی بالاتر و خطای تطبیق پایینتر الگوریتم پیشنهادی در مقایسه با دیگر روشهای مورد بررسی میباشند.
منابع مشابه
توسعهی فیلتری جدید برای استخراج لکّههای پروتیینی در تصاویر الکتروفورز ژل دو بعدی
الکتروفورز ژل دو بعدی یکیاز روشهای پایه و پرکاربرد در علم پروتئومیک است. درین روش، پروتیینهای موجود در نمونهی اوّلیه براساس دو ویژگی وزن مولکولی و بار الکتریکی در دو بعد ازهم جدا شده و تصویری از لکّههای پروتیینی میدهد. به دلیل تعداد زیاد لکّههای پروتیینی موجود دریک ژل نمونه که نزدیک به هم قرار دارند، پردازش تصاویر فرآیندی پیچیده است. وجود منابع نویز و آرتیفکت همچون شکستگیها، آرتیفکتهای ن...
متن کاملآنالیز تصاویر الکتروفورز ژل دو بعدی از نمونه های بیولوژیکی
پروتئومیک در واقع علم جداسازی و تعیین هویت پروتئینها و بررسی میزان حضور آنها در نمونه های بیولوژیکی است. در حال حاضر اساسی ترین تکنیک در جداسازی پروتئینها الکتروفورز ژل دو بعدی است که پروتئین ها را در دو بعد متعامد بر اساس شارژ و جرم مولکولی تفکیک می کند. پس از جدا سازی پروتئینها در صفحات حاوی ژل، این صفحات اسکن شده و تصویر آنها حاصل می شود. دو مجموعه تصویر در این تحقیق مورد استفاده قرار گرفتند...
15 صفحه اولتوسعه ی فیلتری جدید برای استخراج لکّه های پروتیینی در تصاویر الکتروفورز ژل دو بعدی
الکتروفورز ژل دو بعدی یکیاز روش های پایه و پرکاربرد در علم پروتئومیک است. درین روش، پروتیین های موجود در نمونهی اوّلیه براساس دو ویژگی وزن مولکولی و بار الکتریکی در دو بعد ازهم جدا شده و تصویری از لکّههای پروتیینی میدهد. به دلیل تعداد زیاد لکّه های پروتیینی موجود دریک ژل نمونه که نزدیک به هم قرار دارند، پردازش تصاویر فرآیندی پیچیده است. وجود منابع نویز و آرتیفکت همچون شکستگی ها، آرتیفکت های ن...
متن کاملآنالیز داده های ژل های الکتروفورز دو بعدی با استفاده از روش های آماری چند متغیره
سابقه و هدف : در سـال های اخیـر تکنولـوژی مـربوط به تـوصــیف لکه های پروتئینی نمایان شده بر ژل های الکتروفورز دو بعدی، توسعه ی قابل ملاحظه ای یافته و نرم افزارهای متعدد آماری آنالیز ژل نیز ایجاد و گسترش یافته است که تأثیر این ابتکارات بر ارتقاء پروتئومیک بسیار چشمگیر است.آنالیز داده های عظیم پروتئومیکی با دارا بودن متغیر های زیاد نیاز به روش های چند متغیره است که امکان آنالیز آماری همزمان چندین...
متن کاملبررسی تغییرات پروتئینی در برگ گیاه Lycopersicon esculentum cv. Isfahani تحت تنش شوری با استفاده از تکنیک الکتروفورز دو بعدی
شوری آب یا خاک، یکی از تنشهای اصلی است و به خصوص در مناطق خشک و نیمه خشک میتواند اثری منفی بر تولید محصول بگذارد. به نظر میرسد که گیاهان با مکانیسمهای پیچیدهای در سطح کل گیاه، سطح سلولی و یا مولکولی به تنش پاسخ میدهند. از جمله این پاسخها تغییر در پروتئینهای درگیر در مسیرهای سیگنالی تنش، پروتئینهای مخصوص سمزدایی تنش اکسیداتیو و پروتئینهای با اعمال غیر مستقیم با تنش هستند. نتایج SDS-P...
متن کاملآنالیز داده های ژل های الکتروفورز دو بعدی با استفاده از روش های آماری چند متغیره
سابقه و هدف : در سـال های اخیـر تکنولـوژی مـربوط به تـوصــیف لکه های پروتئینی نمایان شده بر ژل های الکتروفورز دو بعدی، توسعه ی قابل ملاحظه ای یافته و نرم افزارهای متعدد آماری آنالیز ژل نیز ایجاد و گسترش یافته است که تأثیر این ابتکارات بر ارتقاء پروتئومیک بسیار چشمگیر است.آنالیز داده های عظیم پروتئومیکی با دارا بودن متغیر های زیاد نیاز به روش های چند متغیره است که امکان آنالیز آماری همزمان چندین...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
عنوان ژورنال
دوره 12 شماره 4
صفحات 261- 270
تاریخ انتشار 2019-01-21
با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.
کلمات کلیدی
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023