بررسی تنوع ساختاری ژنگان سگ و گرگ بومی ایران با روش توالییابی کل ژنوم
نویسندگان
چکیده مقاله:
در این پژوهش، از سه قلاده سگ و سه قلادة گرگ بومی ایران نمونهگیری شد. توالییابی کل ژنگان (ژنوم) برای هر نمونه سگ و گرگ با استفاده از روش توالییابی نسل جدید انجام شد. دادهها توسط برنامة BWA با ژنگان مرجع (رفرنس) همردیف شدند. چندریختیهای تک نوکلئوتیدی و حذف و اضافههای کوچک ژنگان با برنامة GATK شناسایی شدند. تغییرپذیری (واریانت)های ساختاری با برنامة BreakDancer-1.1تعیین شدند. مستندسازی چندریختیهای تک نوکلئوتیدی و حذف و اضافههای کوچک ژنگان با برنامةSnpEff انجام شد. مقادیر تنوع نوکلئوتیدی در نمونههای سگ و گرگ با VCFtools محاسبه شدند. در این پژوهش 12459651 چندریختی تک نوکلئوتیدی به دست آمد که 7819789 و 10454994 به ترتیب مربوط به نمونههای سگ و گرگ بودند. از شمار کل چندریختیهای تک نوکلئوتیدی 57/53، 989/31 و 811/0 درصد به ترتیب در ناحیة بین ژنی، اینترون و اگزون قرار گرفتند. نتایج تجزیه‌وتحلیل دادهها نشان داد که تنوع ساختاری در ژنگان گرگ بیشتر از سگ است.
منابع مشابه
بررسی تنوع فنوتیپی میزان فنل کل و ظرفیت آنتی‌اکسیدانی توده‌های بومی ریحان (Ocimum basilicum L.) ایران
گیاهانی که انسان مصرف می‌کند شامل ترکیب‌های مختلف ازجمله پلی‌فنل‌ها می‌باشد. فنل‌های موجود در رژیم غذایی به‌دلیل اثرات آنتی‌اکسیدانی و احتمالاً ضدسرطانی قابل‌توجه می‌باشند. در این پژوهش میزان فنل کل (با استفاده از معرف فولین) و ظرفیت آنتی‌اکسیدانی (با روش Ferric Reducing Antioxidant Power (FRAP)) 31 توده ریحان بومی ایرانی (Ocimum basilicum L.) با استفاده از دستگاه اسپکتروفتومتر اندازه‌گیری شد. ب...
متن کاملپویش کل ژنوم هشت نژاد گاو بومی ایران برای شناسایی نشانه های انتخاب
در تحقیق حاضر، قسمت‌هایی از ژنوم گاوهای بومی ایران که شواهدی از انتخاب برای جهش‌های مختلف را نشان می‌دهند، شناسایی شد. بدین منظور از داده‌های 777962 نشانگر چندشکلی تک‌نوکلئوتید پراکنده در سرتاسر ژنوم و 90 حیوان از هشت نژاد گاو بومی ایران (سرابی، کرمانی، سیستانی، نجدی، کردی، تالشی، پارس و مازندرانی) برای شناسایی نشانه‌های انتخاب استفاده شد. بررسی تمایز جمعیتی با استفاده از روش شاخص تثبیت (Fst)...
متن کاملنفی بندگی و ستایش آزادگی در "مرگ گرگ" نوشته وین یی و "سگ ها و گرگ ها" اثر اخوان ثالث
مفاهیم انسانی در تمامی زمانها، مکانها و زبانهای بشری ارزش یکسانی داشته اند. ازجمله، «آزادگی» که همیشه مورد ستایش بوده و ادبای بسیاری به اشکال گوناگون آن را فریاد زده اند. در تقابل با آن، صفت نکوهیده «بندگی» قرار می گیرد که در طول تاریخ، همواره مذموم بوده است. خوانشی کنجکاوانه و از سر شوق در اشعار وی یی و اخوان ثالث ما را بر آن داشت تا در این مقاله به بررسی دو مفهوم «بندگی» و «بردگی» از نگاه دو ...
متن کاملبررسی تنوع ژنتیکی پیازهای بومی ایران
In order to study the genetic variation among local varieties of onion in Iran, an experiment was conducted in the Research Center, Faculty of Agriculture, Tabriz University. Sixteen populations were evaluated for agronomic characteristics and also total seed proteins via SDS-PAGE. Cluster analysis and principal component analysis were used to group the onion populations under study. Analysis o...
متن کاملبررسی تنوع ژنتیکی پیازهای بومی ایران
In order to study the genetic variation among local varieties of onion in Iran, an experiment was conducted in the Research Center, Faculty of Agriculture, Tabriz University. Sixteen populations were evaluated for agronomic characteristics and also total seed proteins via SDS-PAGE. Cluster analysis and principal component analysis were used to group the onion populations under study. Analysis o...
متن کاملبررسی تنوع ژنتیکی و جغرافیایی گندمهای دوروم بومی ایران
در سال 1370 به منظور تعیین تنوع ژنتیکی و جغرافیایی گندمهای دو روم بومی موجود در کلکسیون ژرم پلاسم غلات دانشکده کشاورزی دانشگاه تهران تعداد 500 رقم و لاین مربوط به شهرهای مختلف ایران همراه با رقم ها واروس به عنوان شاهد مورد مطالعه قرار گرفت. صفات مورد بررسی عبارت از ارتفاع گیاه‘ طول سنبله ‘ طول ریشک ‘ دم گل آذین ‘ 50% گلدهی ‘ تعداد گره های سنبله ‘ فاصله میانگره های سنبله ‘ نسبت طول ریشک بطول سنب...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
عنوان ژورنال
دوره 47 شماره 2
صفحات 271- 277
تاریخ انتشار 2016-08-22
با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.
کلمات کلیدی
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023