بازسازی شبکه‌های ژنی و برهم کنش پروتئینی دخیل در پاسخ به تنش خشکی در برنج

نویسندگان

  • احسان پورعابد کارشناسی‌ارشد، گروه زیست‌شناسی سیستم‌ها، پژوهشگاه بیوتکنولوژی کشاورزی ایران، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران
  • زهرا سادات شبر 2. استادیار گروه زیست‌شناسی سیستم‌ها، پژوهشگاه بیوتکنولوژی کشاورزی ایران، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران
چکیده مقاله:

برنج یکی از ارزشمندترین محصولات کشاورزی است. یکی از تأثیرگذارترین عوامل محدود کننده این محصول استراتژیک تنش خشکی می‌باشد. نظر به چند ژنی بودن تحمل به خشکی، هدف پژوهش حاضر بازسازی شبکه ژنی درگیر و شناسایی ژن‌های کلیدی مربوطه در برنج با استفاده از تجزیه و تحلیل داده‌های ریزآرایه بوده است. به همین منظور با استفاده از نرم‌افزار تحت وب Genevestigator تمامی ژن‌های دارای تغییر بیان بالاتر و مساوی 5/2 و پایین‌تر و مساوی 5/2- در حالت تنش خشکی نسبت به شرایط نرمال در بین تمامی آزمایشات ریزآرایه انجام شده در برنج شناسایی شدند. در مجموع 101 ژن با تغییر بیان ≥5/2 و ≤5/2- شناسایی شد و شبکه تنظیم ژنی و برهم‌کنش پروتئینی برای آن‌ها رسم گردید. ژن‌های قطب (ژن‌های دارای بیشترین برهم‌کنش) با استفاده از 9 الگوریتم محاسباتی Cyto-Hubba در نرم‌افزار Cytoscape شناسایی شدند. این امر منجر به شناسایی 14 ژن غیر تکراری شد که به عنوان مؤثرترین ژن‌ها در پاسخ به تنش خشکی در نظر گرفته شدند و شبکه هم‌بیانی آن‌ها رسم گردید. بر اساس بررسی هستی‌شناسی ژن‌های دارای بیان افتراقی، ژن‌های هم بیان با آنها و ژن‌های قطب، تنظیم رونویسی از گروه‌های اصلی بود که نشان دهنده اهمیت عوامل رونویسی در مکانیسم تحمل به خشکی می‌باشد. در میان عوامل رونویسی می‌توان به عوامل پاسخ دهنده به تنش خشکی همچون خانواده‌های ژنی AP2، bZIP، WRKY، MYB و عوامل متصل شونده به عناصر پاسخ دهنده به ABA، اشاره نمود. امید است نتایج به‌دست آمده در راستای یافتن راهکارهایی هدفمند جهت افزایش تحمل به خشکی مفید واقع گردد.

برای دانلود باید عضویت طلایی داشته باشید

برای دانلود متن کامل این مقاله و بیش از 32 میلیون مقاله دیگر ابتدا ثبت نام کنید

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید

منابع مشابه

بازسازی شبکه‌های ژنی دخیل در پاسخ به تنش خشکی درگیاه جو

سابقه و هدف: با توجه به اهمیت تنش خشکی و نظر به اینکه تحمل به تنش خشکی صفتی چند ژنی می­باشد، هدف پژوهش حاضر بازسازی شبکه ژنی درگیر و شناسایی ژن‌های کلیدی دخیل در تنش خشکی درگیاه جو با استفاده از تجزیه و تحلیل داده‌های ریزآرایه و همچنین شناسایی فرایندهای موثر بوده است. مواد و روش­ها: تمامی ژن‌های دارای بیان افتراقی (≤ 5/2 و≥ 5/2-) در بین تمامی آزمایشات ریزآرایه انجام شده ، با استفاده از نرم‌افزا...

متن کامل

تحلیل فیلوژنتیکی خانواده ژنی NAC در سورگوم دانه‌ای و بررسی الگوی بیانی اعضای دخیل در پاسخ به تنش خشکی

سورگوم علی‌رغم تحمل قابل‌توجه به خشکی، در دوران قبل و بعد از گلدهی در صورت مواجهه با تنش خشکی، دچار کاهش عملکرد دانه‌ای می‌شود. عوامل رونویسیNAC ، نقش کلیدی در سازگاری سورگوم به خشکی ایفا می‌کنند. در این مطالعه، اطلاعات مربوط به خانواده پروتئینیNAC از پایگاه‌های اطلاعاتی جمع‌آوری شد. سپس، مدل مخفی مارکوف دمین NAC (PF02365) بر علیه پروتئین‌های سورگوم مورد جستجو قرار گرفت. در مجموع، 183 توالی پر...

متن کامل

تحلیل فیلوژنتیکی خانواده ژنی NAC در سورگوم دانه‌ای و بررسی الگوی بیانی اعضای دخیل در پاسخ به تنش خشکی

سورگوم علی‌رغم تحمل قابل‌توجه به خشکی، در دوران قبل و بعد از گلدهی در صورت مواجهه با تنش خشکی، دچار کاهش عملکرد دانه‌ای می‌شود. عوامل رونویسیNAC ، نقش کلیدی در سازگاری سورگوم به خشکی ایفا می‌کنند. در این مطالعه، اطلاعات مربوط به خانواده پروتئینیNAC از پایگاه‌های اطلاعاتی جمع‌آوری شد. سپس، مدل مخفی مارکوف دمین NAC (PF02365) بر علیه پروتئین‌های سورگوم مورد جستجو قرار گرفت. در مجموع، 183 توالی پر...

متن کامل

osabi۵ و osvp۱، دو عامل رونویسی دخیل در پاسخ به تنش های غیر زیستی در برنج

برنج که غذای اصلی بیش از نیمی از مردم جهان است، اغلب به عنوان یکی از حساس ترین گیاهان زراعی نسبت به تنش های شوری، خشکی و سرما به ویژه در مرحله پس از جوانه زنی محسوب می شود. گیاهان پس از جوانه زنی به بررسی وضعیت محیط می پردازند تا از رشد در شرایط نامناسب پرهیز کرده، شانس بقای دانه رُست ها را افزایش دهند. در آرابیدوپسیس این کار با میانجی گری آبسزیک اسید صورت گرفته، نیازمند عوامل رونویسی abi5 و abi...

متن کامل

پاسخ به تنش خشکی برخی ژنوتیپ‌های گندم پاییزه با استفاده از صفات زراعی و الگوی پروتئینی

به منظور بررسی اثر تنش خشکی در برخی از ژنوتیپ­های پیشرفته گندم، آزمایشی در قالب طرح کرت­های خرد شده بر اساس طرح پایه بلوک­های کامل تصادفی با چهار تکرار انجام شد. فاکتور اصلی سه سطح و فاکتور فرعی 12 ژنوتیپ گندم پاییزه (چهار ژنوتیپ مقاوم، چهار ژنوتیپ بینابین و چـهار ژنوتیپ حساس به خشکی) همراه با دو ژنوتیپ شاهد بود. نتایج تجزیه واریانس ژنوتیپ­های گندم در سه شرایط متفاوت آبیاری نشان داد که در صفات ...

متن کامل

منابع من

با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید

ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده

{@ msg_add @}


عنوان ژورنال

دوره 7  شماره 18

صفحات  73- 92

تاریخ انتشار 2017-08-23

با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.

میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com

copyright © 2015-2023