آرتمیا یا میگوی آب شور سخت پوست کوچکی است که در منابع آبی شور زندگی میکند و بعنوان یکی از مهمترین و باارزشترین غذای زنده در پرورش آبزیان مورد استفاده قرار میگیرد. با توجه به جایگاه ویژه اهمیت مطالعات ژنتیکی در شناسایی جمعیت های یک گونه در مناطق مختلف ، نمونه برداری از آرتمیای پارتنوژنتیک سه منطقه (شمالی ، میانی و جنوبی) در دریاچه اینچه استان گلستان و یک منطقه از دریاچه ارومیه در استان آذربایجان غربی ، بمنظور تعیین ساختار ژنتیک جمعیت بین مناطق یاد شده انجام گردید. تعداد 66 نمونه از دریاچه اینچه و 22 نمونه از دریاچه ارومیه تهیه و جمع آوری گردید. استخراج dna به روش فنل – کلروفرم صورت گرفت. تنوع ژنتیکی آرتمیا در مناطق یاد شده با استفاده از قطعه ای از ژن coi میتوکندری مورد بررسی قرار گرفت. ژن فوق با استفاده از پرایمر های طراحی شده بر اساس توالی قطعهای از ژن coi میتوکندری بوسیله دستگاه pcr تکثیر و سپس محصول pcr با اندازه 720 جفت باز توسط 10 آنزیم محدود گر alui, ecori, eco47i, haeiii, hindiii, hinfi, mboi, mspi, rsai, taqi قطع و هضم گردید. که از این میان سه آنزیم برشگر aіuі، rsaі و haeііі تنوع چند شکلی را نشان دادند. از آنالیز rflp محصول تکثیر شده ژن coi میتوکندریایی در مجموع 11 هاپلوتیپ مختلف در بین آرتمیای مناطق مختلف مشخص گردید. هاپلوتیپ های aaa و aab و caa بترتیب با 09/59 و 77/14 و 68/5 بیشترین هاپلوتیپها در مناطق فوق بوده اند. میزان تنوع هاپلوتیپی درون جمعیتی مناطق شمالی ،میانی و جنوبی دریاچه اینچه بترتیب 0/0110 ±0/580 و 0/114 ±0/588 و0/105 ±0/571 بوده است که نتایج بیانگر آن است که میزان تنوع ژنتیکی آرتمیای منطقه جنوبی دریاچه کمی(0/01)کمتر از تنوع ژنتیکی آرتمیای مناطق شمالی و میانی دریاچه می باشد. میانگین تنوع هاپلوتیپی این سه منطقه 0/00002 ±0/571 محاسبه گردید . میزان تنوع نوکلئوتیدی در درون جمعیت مناطق شمالی ، میانی و جنوبی دریاچه اینچه بترتیب 0/024 و 0/025 و 0/015 و میانگین این سه منطقه0/0000111 ±0/021 محاسبه گردید. همچنین میزان تنوع نوکلئوتیدی بین این سه جمعیت 0/0233 و اختلاف نوکلئوتیدی بین سه جمعیت 0/0016 محاسبه شد میزان x ^2 فراوانی هاپلوتیپ ها در میان مناطق مختلف دریاچه اینچه23/75 =x^ 2 بوده و آنالیز آماری شبیه سازی شدهmonte carlo با هزار بار تکرار محاسبه و برابر با 0/007±0/057 =x ^2 بدست آمد که اختلاف معنی داری را در فراوانی هاپلوتیپ های این سه منطقه مورد بررسی نشان نمی دهد یعنی جمعیتهای موجود در مناطق مختلف این دریاچه همگی یک جمعیت واحد می باشند . میزان تنوع هاپلوتیپی درون جمعیتی در دریاچه اینچه و ارومیه بترتیب 0/16564 ±0/0058 و0/07279 ±0/7446 بوده است که نتایج بیانگر آن است که میزان تنوع ژنتیکی آرتمیای منطقه ارومیه کمی(0/2)بیشتر از تنوع ژنتیکی آرتمیای دریاچه اینچه می باشد. میانگین تنوع هاپلوتیپی این دو منطقه 0/00170 ±0/6212 محاسبه گردید و میزان تنوع نوکلئوتیدی در درون جمعیت دریاچه اینچه و ارومیه بترتیب 02397/0 و 02622/0 و میانگین این سه منطقه 0/000001 ±0/02453 محاسبه گردید. همچنین میزان تنوع نوکلئوتیدی بین جمعیتی در این دو منطقه 0/2059 و اختلاف نوکلئوتیدی بین جمعیتی در این دو منطقه 0/00055 محاسبه شد. میزان x ^2 فراوانی هاپلوتیپ ها بین دریاچه اینچه و دریاچه ارومیه برابر با 41/68 = x^2 بوده و آنالیز آماری شبیه سازی شدهmonte carlo با هزار بار تکرار محاسبه و برابر با 0/0055±0/0310 =x ^2 بدست آمد که اختلاف معنی داری را در فراوانی هاپلوتیپ های این دو منطقه مورد بررسی نشان می دهد و این بیانگر آنست که نمونه های بررسی شده از دریاچه اینچه و ارومیه ، دو جمعیت جداگانه از هم می باشند. هاپلوتیپ daa و acb مختص ناحیه فسندوز ارومیه و هاپلوتیپ aba مختص ناحیه شمالی دریاچه اینچه بوده و در سایر نقاط مشاهده نگردید .