ماهی آزاد دریای خزر گونه بومی ارزشمند دریای خزر است که در معرض خطر انقراض می باشد. دارای دو فرم مهاجر بهاره و پاییزه است که از نظر خصوصیات ظاهری نیز تفاوت هایی در آنها وجود دارد. شناخت دقیق و تفکیک ماهیان مهاجر بهاره و پاییزه در امر بازسازی ذخائر و حفظ تنوع ژنتیکی این گونه ارزشمند ضروری است. در این تحقیق به منظور بررسی امکان تفکیک انواع مهاجر بهاره و پاییزه ماهی آزاد دریای خزر از نشانگر مولکولی aflp استفاده گردید. 12 ترکیب پرایمر ecori /msei ، در مجموع 807 باند قابل امتیاز دهی ایجاد کردند که 227 عدد ازآنها چند شکل بودند. درصد لوکوس های پلی مورفیسم در ماهیان مهاجر بهاره (02/85 %) نسبت به ماهیان مهاجر پاییزه (21/76 %) بیشتر بود. در سطح هتروزیگوسیتی تفاوت معنی داری بین انواع مهاجر پاییزه (207/0) و بهاره (227/0) وجود نداشت. اما این میزان در مهاجرین بهاره بیشتر از پاییزه ها بود که بیانگر وجود تنوع ژنتیکی بیشتر در ماهیان مهاجر بهاره نسبت به مهاجر پاییزه است. میانگین پلی مورفیسم 62/80 در صد بیان شد. فاصله ژنتیکی بر مبنای ضریب nei، 034/0 و اختلاف بین دو جمعیت 6 در صد و درون جمعیت 94 در صد محاسبه شد. اختلاف ژنتیکی درون جمعیت بیشتر از اختلاف بین جمعیت بوده است. این امر را می توان با تفاوت بین افراد درون جمعیت ها و تأثیر عوامل محیطی توجیه کرد. نتایج نشان داد که اختلاف ژنتیکی معنی داری بین ماهیان مهاجر بهاره و پاییزه وجود ندارد احتمالاً انواع بهاره جزئی از جمعیت پاییزه می باشند که در این فصل سال اقدام به مهاجرت می کنند و تفاوت موجود را می توان به عوامل فیزیولوژیک و محیطی نسبت داد. به نظر می رسد این دو گروه ماهیان از یک جمعیت منشأ گرفته باشند.