مقدمه: ویروس هپاتیت c یکی از عوامل اصلی ایجاد بیماری مزمن کبدی و سرطان کبد است. درمان ترکیبی با پگ اینترفرون و آنالوگ نوکلئوزیدی ریباویرین در بسیاری از بیماران منجر به پاکسازی ویروس می شود. یکی از ژن های القاء شده توسط اینترفرون ، پروتئین کیناز r است. تاثیر ضد ویروسی این پروتئین به علت تعامل با یکی از عوامل شروع ترجمه به نام eif2? و در نتیجه ممانعت از سنتز پروتئین می باشد. به نظر می رسد پروتئین های e2 و ns5a می توانند در ممانعت از سنتز پروتئین توسط این کیناز اختلال ایجاد کند به طوری که موتاسیون های این مناطق با حساسیت به درمان همراه می باشد. بنابراین هدف از این مطالعه، تعیین موتاسیون ها و حفاظت سکانس های آمینواسیدی نواحی e2-pephd ، ns5a-pkr bd وv3 ns5a- در بیماران مبتلا به ویروس هپاتیت c قبل و بعد از درمان است. روش ها: جداسازی rna ویروس از پلاسمای 24 بیمارکه اینترفرون و ریباویرین دریافت می کردند، انجام شد. این بیماران بر اساس پاسخ به درمان به دوگروه پاسخ دهنده به درمان و غیر پاسخ دهنده به درمان تقسیم شدند. طی واکنش rt- nested pcr ، ژنوم ویروس به cdna تبدیل شد و با پرایمرهای اختصاصی تکثیر قطعه مورد نظر انجام شد. محصول pcr توالی یابی شد و داده های آن توسط نرم افزارهای مختلف از جمله chromas ، seqmanو mega4 بررسی شدند و درخت فیلوژنتیکی رسم شد. نتایج: بررسی های فیلوژنتیکی توالی آمینواسیدی نشان داد که ارتباطی بین توالی پروتئینی و پاسخ به درمان وجود ندارد. با مقایسه بین توالی های قبل از درمان و هفته چهار درمان تفاوت قابل ملاحظه ای یافت نشد. بحث: این مطالعه نشان داد که منطقه pephd در افراد درمان شده و درمان نشده حفاظت شده است. تعداد موتاسیون های ns5a در دو گروه تفاوت معنی داری نشان نمی دهد. بنابراین بررسی توالی آمینواسیدی این مناطق ابزار مناسبی برای پیش بینی نتایج درمانی با اینترفرون و ریباویرین نمی باشد.