در اکوسیستم های آبی، گیاهان آبزی به عنوان موجودات فتوسنتزی نقش مهمی در حیات سایر موجودات و حفظ اکوسیستم دارند. این گیاهان علاوه بر تولید مواد غذایی، اکسیژن این اکوسیستم ها را تامین می نمایند. جنس پوتاموژتون l. potamogeton یکی از مهمترین گیاهان ابزی از خانواده potamogetonaceae است. اعضای این جنس علفی ، ریزوم دار، شناور و یا غوطه ور در آب بوده و ساکن آبهای شیرین جاری یا راکد هستند علاوه بر این می توانند عناصری مانند نیترو‍ژن ، فسفر، و فلزات سنگین را به میزان زیادی جذب و تجمع دهند. ،به واسطه کمبود اطلاعات درباره جنس پوتاموژتون در ایران و نیز با توجه به پراکنش گسترده آن در اکوسیستم های آبی کشور، جمعیت های این جنس در اکوسیستم زاینده رود و سایر اکوسیستم های آبی استان اصفهان از نظر اکولوژیکی و ریخت شناسی و نیز تنوع ژنتیکی با استفاده از مارکر ملکولی rapd مورد بررسی قرارگرفت ، برای این منظور نمونه برداری از 19 جمعیت این جنس در رودخانه زاینده رود و سایر زیستگاه های آبی استان اصفهان و چند زیستگاه استان چهارمحال بختیاری انجام گرفت. همچنین بررسی ارتباط پراکنش گونه های پوتاموژتون با عوامل مهم محیطی از قبیل: شوری،,bod ,ec,cod, do phو درجه حرارت صورت پذیرفت. در طی این مطالعه6 گونه ی p. nodosus, p. pusillus p. perfoliatus, p. pectinatus, p. lucens, p. amblyphyllus با بررسی خصوصیات ریخت شناختی و با استفاده از منابع و کتاب های فلور شناسابی شد که، برای اولین بار از این مناطق گزارش می گردد. تعداد 46 صفت کیفی و کمی موثر در شناسائی این جنس، انتخاب شد. همچنین از 18 نشانگر rapdبرای مطالعه تنوع بین گونه ای و درون گونه ای استفاده شد. که تنها 8 نشانگر rapd به کار برده شده در این مطالعه توانستند به خوبی گونه های این جنس را از هم تفکیک کنند و پلی مورفیسم چندانی درون گونه های این جنس مشاهده نشد. با استفاده از داده های ریخت شناسی و همچنین مولکولی دندروگرام هر یک از آنها به صورت مجزا رسم شد که روابط بین گونه ای جنس را مشخص کرد. سپس با تلفیق داده های ریخت شناسی و مولکولی دندروگرام تلفیقی بدست آمد که با دو دندروگرام مجزا مطابقت داشت.