کیفیت برنج از جمله مهمترین فاکتورهای بازارپسندی آن در ایران و جهان می باشد. یکی از عوامل تعیین کننده کیفیت برنج، میزان عطر و طعم آن می باشد. بررسی ها نشان داده که ماده 2- استیل-1-پیرولین، مهمترین ترکیب شیمیایی ایجاد کننده عطر و طعم در برنج بوده و توسط ژن مغلوب آروما (fgr) که دارای یک حذف 8 نوکلئوتیدی و سه snp در اگزون شماره 7 کروموزوم شماره 8 در برنجهای معطر می باشد، کنترل می شود. در این تحقیق، بر اساس ارزیابی فنوتیپی 42 رقم و لاین برنج تهیه شده از منابع داخلی و خارجی از نظر آروما، به ترتیب 9، 16 و 17 رقم در سه گروه بسیار آروماتیک، آروماتیک و غیر آروماتیک طبقه بندی شدند. برای تعیین ژنوتیپ آنها از نظر لوکوس ژن آروما نیز دو جفت آغازگر arm1 و arm2 بر اساس توالی ژن فوق الذکر طراحی و تکثیر نمونه های dnaی استخراج شده با روش زنجیره ای پلیمراز (pcr) انجام گردید. از بین این دو جفت آغازگر، arm1 که حذف 8 نوکلئوتیدی فوق الذکر را در ژن آروما احاطه می کرد، توانست تولید یک باند چندشکل همبارز نماید، که اندازه آن در همه ارقام بسیار آروماتیک و برخی از ارقام آروماتیک 103 و در برخی دیگر از ارقام آروماتیک و همه ارقام غیرآروماتیک 111 جفت باز بود. همچنین نتایج بررسی ها نشان داد که ارزیابی فنوتیپیِ میزان آروما از طریق استشمام، دقت بالایی ندارد و از اینرو در یک برنامه اصلاحی موفق برای بهبود عطر ارقام مورد نظر، می توان به جای روش ارزیابی فنوتیپی از ژنوتیپ یابی مولکولی بر اساس نشانگر اختصاصی و همبارز arm1 استفاده نمود.