این تحقیق طی سال زراعی 1388-1387 در مزرعه تحقیقاتی و آزمایشگاههای پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه رازی بر روی 30 ژنوتیپ مختلف گندم انجام شد. طرح آزمایشی مورد استفاده بر اساس بلوک های کامل تصادفی با 3 تکرار بود. تنوع ژنتیکی با استفاده از صفات زراعی، مورفولوژیک و نشانگر مولکولی issr مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج حاصل از تجزیه واریانس و مقایسه میانگین ها اختلافات بین ژنوتیپ ها را آشکار کرد بر اساس نتایج تجزیه همبستگی و تجزیه علیت تعداد دانه در سنبله اثر مستقیم بالایی روی عملکرد داشت و می تواند به عنوان شاخص جهت گزینش ارقام با عملکرد بالا مدنظر قرار گیرد. تجزیه خوشه ای با استفاده از روش وارد، بر مبنای عملکرد و اجزای عملکرد، خصوصیات مورفولوژی و فنولوژی ژنوتیپ ها را در 4 گروه جداگانه قرار داد. گروه بندی حاصله بوسیله تجزیه تابع تشخیص مورد تایید قرار گرفت. با انجام تجزیه به مولفه های اصلی، 5 مولفه شناسایی شد که بیش از 84 درصد تنوع کل داده ها را تبیین کردند. همچنین تجزیه به عامل ها 21 صفت مورد ارزیابی را به 5 عامل مستقل از هم کاهش داد که در مجموع 25/84 درصد از تغییرات کل را توجیه کرد. از 15 آغازگر issr مورد استفاده در این تحقیق، 10آغازگر نوارهای مختلفی را تکثیر کردند. از 86 نوار نمره دهی شده، 69 نوار چندشکل بوده و درصد چندشکلی کل 23/80 درصد محاسبه گردید. تجزیه خوشه ای بر اساس داده های مولکولی، ژنوتیپ ها را در پنج گروه جداگانه قرار داد که بوسیله تجزیه واریانس مولکولی تایید گردید. آزمون مانتل بین داده های فنوتیپی و داده های مولکولی همبستگی معنی داری نشان نداد که این موضوع حاکی از عدم تطابق دادههای مولکولی و زراعی، بدلیل کم بودن تعداد نشانگرهای مورد استفاده و تعدد توالی های تکراری در ژنوم گندم های مورد بررسی می باشد.