نام پژوهشگر: حمید گله داری

بررسی جهش های ژن nipbl در یک خانواده دارای یک فرزند با سندرم کورنلیادلانژ
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه پیام نور - دانشگاه پیام نور استان تهران - دانشکده علوم انسانی و پایه 1388
  رویا منجم زاده   حبیب الله ناظم

سندرم کورنلیاد لانژ یک بیماری غالب ژنتیکی است که دارای ویژگی هایی مثل عقب ماندگی رشدی وذهنی، غیر طبیعی بودن اندام های حرکتی فوقانی نقص در سیستم گوارشی ,اشکالات چشمی ، غیرطبیعی بودن سیستم ادراری - تناسلی , پرمویی , تنگی پیلور , فتق دیافراگمی , نقص دیواره ی قلبی و کمشنوایی است . اوتیسم و رفتار خود آزاری نیز مکررا در این بیماران دید ه می شود .مهمترین علایم موجوددر صورت شامل ابروهای پر پشت کمانی و به هم پیوسته فیلترم بلند و لبهای نازک می باشد . در % 60 بیماران موتاسیون هایی در ژن های smc3 و smc1a و nipbl یافته شده است که همگی در چسبندگی کروماتید های خواهری دخیل هستند .اخیرا مشخص شده است که نواقص رشد و نمویی دراین بیماران در اثر تغییر در بیان ژنها ایجاد می شود. در این مطالعه ما برای اولین بار در ایران یک نوزاد دو روزه پسر را که به دلیل آنومالیهای فراوان مراجعه کرده بود و گزارش کرده ایم. ژن nipbl را در بیمار و والدینش از نظر وجود جهش بررسی کردیم dna ژنومیک از نمونه های خونی بیمار و والدینش طبق روش استاندارد استخراج شد و به منظور افزایش نسخه های ژنnipbl آزمایش pcr انجام شد. به منظور ارزیابی وجود موتاسیون تمام محصولات pcr تعیین توالی شدند. یک حذف تک نوکلئوتیدی به صورت 1548delt در این ژن در کدون 516مشاهده شدکه منجر به زود رس شدن کدون پایان در موقعیت 539 می شود.

بررسی طول تکرارهای ggn در ناحیه اگزون 1 ژن گیرنده آندروژن در مردان نابارور
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم 1389
  محمد مقدم   حمید گله داری

آندروژن ها نقشی اساسی در تمایز ثانویه جنسی، از جمله اسپرماتوژنز بازی می کنند که این اعمال به واسطه گیرنده آندروژن انجام می گیرد. ژن کد کننده گیرنده آندروژن انسانی (ar) دارای دو تکرار پلی مورفیک cag و ggn در اگزون اول خود می باشد. تا کنون نقش تکرار cag به خوبی در چندین اختلال بالینی از جمله ناباروری، بررسی شده است اما عملکرد دقیق ggn هنوز نامشخص است و اطلاعات ناچیزی در مورد آن وجود دارد. در این مطالعه برای نخستین بار معناداری تکرار های ggn در مردان نابارور آیدیوپاتیک استان خوزستان بررسی گردید. از نمونه خون 72 فرد نابارور آیدیوپاتیک و 72 فرد بارور به عنوان گروه شاهد نمونه خون گرفته شد و dna آن استخراج گردید. پرایمر های مخصوص برای قطعه ggn طراحی گردیند و محصولات pcr تعیین توالی شدند. تعداد تکرار ها در افراد نابارور بین 18 تا 27 تکرار بود در حالیکه این تعداد در افراد بارور در محدوده 20 تا 28 قرار داشت. بر پایه نتایج به دست آمده از آزمون t توسط نرم افزار spss 16، تفاوت اندازه تکرارها در افراد بارور نابارور و بارور از نظر آماری معنی دار نبود. میانگین تکرار ggn با توجه به قومیت افراد نابارور و بارور نیز تفاوت معنی داری نداشت. اما اندازه تکرار ggn در افراد نابارور آزواسپرم به طور معنی داری بیش از افراد نابارور الیگواسپرم بود.

مطالعه میکرودلیشن های کروموزوم y در مردان نابارور ایدیوپاتیک استان بوشهر
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز 1389
  خدیجه آذرنیوشان   حمید گله داری

ناباروری مشکلی است که تقریبا 15% زوج ها را درگیر می کند و از این میان سهم مردان در ناباروری حدود 50% می باشد. میکرودلیشن بازوی بلند کروموزوم y (11.23yq )، یکی از رایج ترین عوامل ژنتیک مولکولی در مردان نابارور آزواسپرم یا الیگواسپرم شدید ایدیوپاتیک است. سه لوکوس مختلف دخیل در اسپرم زایی بر روی کروموزوم y به نام فاکتورهای آزواسپرمی (c,b,azfa) تعیین شده است. حذف ها در این نواحی سبب حذف یک یا تعداد بیشتری از ژن های کاندید ناحیه azf (2rbmy, daz, usp9y,dby ) می شود که باعث بروز دامنه ای از فنوتیپ ها، از سندروم scos تا توقف اسپرم زایی یا کاهش اسپرم زایی می شود و در نهایت بر ناباروری مردان موثر خواهد بود. ناحیه azfc بیشترین فراوانی میکرودلیشن ها را به خود اختصاص می دهد. علت این موضوع، وجود توالی های پالیندرومی فراوان در این ناحیه است که زمینه رخداد نوترکیبی همولوگ درون کروموزومی که منجر به وقوع حذف می شود را فراهم می کند. تاکنون مطالعات محدودی در برخی از استان های کشور به انجام رسیده است که درصد این گونه حذف ها را بسیار متفاوت نشان داده است. مطالعه حاضر، به بررسی فراوانی میکرودلیشن های کروموزوم y در جمعیت ساکن دراستان بوشهر می پردازد. در ابتدا 72 مرد نابارور آزواسپرم یا الیگواسپرم شدید ایدیوپاتیک انتخاب گردیدند. dna ژنومی از لنفوسیت های خونی استخراج و با کمک مارکرهای sts با روش pcr برای تعیین حضور میکرودلیشن ها در لوکوس azf تکثیر گردید. مخلوطی از 14 پرایمر شامل یک جفت کنترل برای شناسایی میکرودلیشن های کروموزوم y هر یک از افراد انتخاب شد. نمونه های حاصل به وسیله روش الکتروفورز جهت شناسایی حذف های مربوطه مورد بررسی قرار گرفت. نتیجه بررسی-ها، نشان دهنده ی وجود تنها یک مورد حذف بود. (38/1%)، حذف مشاهده شده مربوط به بیمار الیگواسپرم شدید و در ناحیه azfb است. نتیجه به دست آمده بیانگر این نکته است که میکرودلیشن های کروموزوم y در استان بوشهر نمی-تواند یکی از فاکتورهای مهم ناباروری مردان محسوب گردد.

بررسی همراهی بین بیماری عروق کرونری قلب و پلی مورفیسم های rs1333049 و rs10757274 در ناحیه ی 9p21 در استان خوزستان
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم 1389
  عماد نیک خواه   علی محمد فروغمند

مقدمه: بیماری عروق کرونری قلب (cad) بیماری چند عاملی و هتروژنیک است که در آن تشکیل پلاک های آترواسکلروزیس در دیواره ی داخلی عروق کرونر، میزان خون رسانی به میوکارد را محدود می کند. این امر ممکن است به بروز علائم ایسکمی، ترومبوز ناگهانی عروق و سکته ی قلبی منجر شود. این بیماری شایع ترین بیماری قلبی به شمار می رود بطوریکه بیش از 65000 نفر در کشور آمریکا در سال 2008 بر اثر بیماری های قلبی-عروقی مانند سکته ی قلبی جان باختند. فاکتور های محیطی و ژنتیکی متعددی در بروز cad دخیل هستند که از مهمترین آن ها می توان هایپرتانسیون، ldl-c بالا، سن بالا، دیابت ملیتوس و سابقه ی خانوادگی بیماری قلبی زود رس را می توان نام برد. اعتقاد براین است که دراتیولوژی این بیماری، ژن ها و لوکوس های متعددی از قبیل لوکوس 9p21 در گیر باشند. بر اساس مطالعات همراهی در سطح وسیع ژنومی(gwas) به نظر می رسد در این لوکوس پنج پلی مورفیسم با cad همراهی نشان می دهند. دوتا از این پلی مورفیسم ها rs1333049 و rs10757274 می باشند که در چندین مطالعه با cad همراهی نشان داده اند. متد: نمونه های خون 170 فرد مبتلا به cad و 100 فرد سالم به عنوان کنترل از بیمارستان های گلستان و آریای شهرستان اهواز جمع آوری شد. در این مطالعه همراهی پلی مورفیسم های rs1333049(c/g) و rs10757274(a/g) با cad بوسیله ی تکنیک tetra arms pcr مورد بررسی قرار گرفت. نتایج: پلی مورفیسم rs1333049: فراوانی ژنوتیپ های cc ، cg و gg پلی مورفیسم rs1333049 در بیماران به ترتیب 2/18%، 3/65% و 5/16% است و در افراد شاهد به ترتیب 25%، 67% و 8% می باشد. ژنوتیپ gg پلی مورفیسم rs1333049 در بیماران بیشتر از افراد کنترل مشاهده شد(or: 0.354, 95%ci= 0.138-0.912, p=0.032). پلی مورفیسم rs10757274: فراوانی ژنوتیپ های aa ، ag و gg پلی مورفیسم rs10757274 در بیماران به ترتیب 2/8%، 3/58% و 5/33% است و در افراد شاهد به ترتیب 35%، 63% و 2% می باشد. ژنوتیپ gg پلی مورفیسم rs10757274 در بیماران بیشتر از افراد کنترل مشاهده شد(or: 0.014, 95% ci: 0.003 -0.065, p value: 0.0001). بحث و نتیجه گیری: پلی مورفیسم rs1333049 همراهی ضعیفی با بیماری cad نشان می دهد. پلی مورفیسم rs10757274 بطور مشخصی با بیماری cad همراهی نشان می دهد. این واریانت ها ممکن است در تشخیص بیماران در معرض ابتلا به cad کمک کنند.

: بررسی تنوع درون گونه ای جمعیت های مختلف موریانه(silvestri) diversus microcerotermes در خوزستان (isoptera: termitidae)
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده کشاورزی 1389
  الهام اکبریان فیروزآبادی   حمید گله داری

موریانه ها (راسته isoptera) به خصوص موریانه های زیرزمینی از دو جنبه اقتصادی و اکولوژیکی دارای اهمیت می باشند. موریانه ها شامل 280 جنس و بیش از 2600 گونه هستند که در 7 خانواده و 14 زیر خانواده طبقه بندی می شوند. خانواده termitidae یکی از بزرگترین خانواده ها شامل تقریبا 85 درصد از همه جنس های شناخته شده و نزدیک به 70 درصد از گونه ها می باشد. موریانه microcerotermes diversus (silvestri) (isoptera: termitidae) آفت مهم چوب در استان خوزستان بوده که خسارت های اقتصادی جدی را به لوازم سلولزی وارد می نماید. برای بررسی مرفومتریکی و ژنتیکی گونه مورد نظر، 13 جمعیت از نقاط مختلف استان خوزستان و 2 نمونه از جزیره خارک و بندرعباس جمع آوری شد. در مطالعه مرفومتریکی نمونه t1 (گلستان) مبنای مقایسه قرار گرفت و جمعیت های دیگر با استفاده از نرم افزارgraphpad و آزمون t-testبا آن مقایسه گردیدند. در این بررسی برای هر جمعیت، 8 کارگر به صورت تصادفی انتخاب شد و 6 خصوصیت با استفاده از میکروسکوپ و بینی کولر مجهز به عدسی مدرج اندازه گیری گردید، که بعضی از جمعیت ها تفاوتهای معنی داری را بانمونهt1 نشان دادند در حالیکه در بعضی دیگر از نمونه ها، تفاوت معنی داری دیده نشد. برای بررسی تنوع ژنتیکی، dna ژنومی با استفاده از روش salting out (رسوب گذاری به وسیله محلول های نمکی) استخراج شد و واکنش زنجیره ای پلیمراز (pcr) در حجم 25 میکرولیتر انجام و یک قطعه با طول 486 جفت باز (bp) از ژن میتوکندریایی سیتوکروم اکسیداز دو (coii) تکثیر و سپس تعیین توالی گردید. آنالیز بیشینه پارسیمونی با استفاده از نرم افزار mega4 انجام شد. مشخصات تبارنمای حاصل به این شرح بود: طول درخت: 237، شاخص پایداری: 7721/0 و شاخص نگه داری: 8666/0. در این تبارنما، 15 جمعیت به استثناء 2 گروه خارجی در2 شاخه فیلوژنتیکی (clade) قرار گرفتند. اختلاف ژنتیکی میان جمعیت ها با استفاده از مدل kimura-2parameter از 0 تا 117/0 تخمین زده شد که سطح پایینی از تنوع ژنتیکی را نشان می دهد

مطالعه پلی مورفیسم c.304c>g ژن c3 کمپلمان در استان فارس و در افراد دهنده و گیرنده پیوند کلیه و نقش آن بر رد حاد پیوند
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم 1389
  نجمه بازیار سروستانی   نگار آذرپیرا

با توجه به نقش c3 در بروز بیماری های التهابی کلیه و همچنین سنتزموضعی c3در کلیه دهنده، در سال های اخیر تحقیقات روزافزونی بر روی تأثیر این جزء کمپلمان روی رد پیوند کلیه انجام شده است. ژن تولید کننده c3 انسانی روی کروموزوم شماره p19 قرار دارد و دارای چندین پلی مورفیسم ژنتیکی می باشد. c3s (slow) و c3f (fast) دو آلوتایپ شایع با حرکت الکتروفورزی متفاوت می باشند. در این تحقیق، ابتدا 200 نمونه خون به صورت تصادفی از جمعیت استان فارس برای محاسبه فراوانی اللی درجمعیت، از سازمان انتقال خون شیراز، انتخاب شد. پس از طراحی پرایمرهای مناسب، ژنوتیپ افراد برای ژن c3 (c3f/s ) کمپلمان، به روشpcr-rflp ، و به کمک آنزیم های رستریکتاز hin6i و hhai تعیین شد. فراوانی اللی برای الل c3f و c3s در جمعیت استان فارس به میزان177/0و822/0 وفراوانی ژنوتیپی 5/68 ss=% ، 5/27% fs=و 4% ff=تعیین گردید. نتایج به دست آمده نشان می دهد که جمعیت درتعادل هاردی واینبرگ قرار دارد (1p-value = ).در ادامه تعداد 100 جفت نمونه خون از افراد دهنده و گیرنده پیوند کلیه از بانک نمونه پیوند مرکز تحقیقات پیوند اعضاء بیمارستان نمازی شیراز، جهت تحقیق انتخاب گردید. در گروه بیماران، فراوانی الل ،791/0 c3s=و الل f ، 209/0 c3f=به دست آمد. نتایج نشان می دهد تفاوت معنی داری بین فراوانی اللی وژنوتیپی در این دو گروه وجود ندارد ( 295/0 pvalue =). بعد از تعیین ژنوتیپ نمونه های بیماران، برای تجزیه و تحلیل داده ها و بررسی تاثیر آلوتیپ های c3 دهنده روی رد پیوند، افراد دهنده و گیرنده پیوند بر اساس ژنوتیپشان به 4 گروه تقسیم بندی شدند. گیرنده ss و دهندهfs یا ff ، گیرنده و دهنده ss ، گیرنده fs یا ff و دهنده ss و گیرنده و دهنده fs یا ff. اگرچه نتایج رابطه آماری مشخصی بین پلی مورفیسم های c3 و رد حاد پیوند مشاهده نشد،اما نکته قابل توجه این است که گروه دهنده ff یا fs و گیرنده ss، هیچ گونه رد حادی نشان نداد. با توجه به نتایج اخیر در این تحقیق و مطالعات مشابه انجام شده، اگرچه تطابق کمپلمان که آلوتیپ های c3 را درنظر می گیرد، در آینده نزدیک محتمل نیست، مطالعات اخیر راه و برنامه کاری را برای تحقیقات بعدی فراهم کرده است.

جداسازی، شناسایی و تعیین ترادف ژن های dsza، dszb و dszc از باکتری تازه جدا شده stenotrophomonas sp. strain skho4
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شاهد - دانشکده علوم انسانی 1389
  محمد زارعی   محمد رعایایی اردکانی

رها شدن گاز so2 در اثر احتراق سوخت های فسیلی یکی از علل اصلی آلودگی زیست محیطی و بیماری های تنفسی می باشد. عمده ترین ماده گوگردی موجود در نفت خام و برش های آن به صورت دی بنزوتیوفن و مشتقات الکیله آن می باشد. در گوگردزدایی زیستی، حذف گوگرد از برش های نفتی با استفاده از باکتری ها توسط محصولات ژن هایabc dsz که اولین بار از باکتریrhodococcus erythropolis strain igts8 جدا شدند از طریق مسیرمتابولیکی 4s انجام می شود. در این تحقیق مسیر بیوشیمیایی گوگردزدایی زیستی 4s در باکتری stenotrophomonas که kho4 نامیده شد و برای اولین بار از خاک های آلوده به نفت اهواز جدا شده بود، با استفاده از hplc و آزمون گیبس، شناسایی شد، و ژن های dsza، dszb و dszc که در این مسیر بیوشیمیایی حاضرند شناسایی شدند و با استفاده از طراحی پرایمر دجنره جداسازی و تکثیر و سپس تعیین ترادف شد. مقایسه ترادف ژن های dsza، dszb و dsz c از باکتری stenotrophomonas sp. strain kho4 با باکتریrhodococcus erythropolis strain igts8، 89 درصد شباهت نشان داد که بر وجود شباهت بالا در میان ژن های dsza، dszb و dszc از باکتری های گوگردزدای مختلف دلالت داشت. با شناسایی مسیر بیوشیمیایی 4s و ژن های dsza، dszb و dszc در باکتری stenotrophomonas sp. strain kho4، می توان با استفاده از تکنیک های مهندسی ژنتیک، توان گوگرد زدایی آن را بالا برده و یا در گوگردزدایی از برش های نفتی توسط باکتری ها از آن ها استفاده شود.

شناسایی جهش های ناحیه mcr ژن apc در مبتلایان به سرطان کولورکتال تک گیر در استان خوزستان
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز 1390
  مجتبی حسن پور   حمید گله داری

سرطان کولورکتال (crc) سومین سرطان شایع در مردان و دومین سرطان شایع در زنان در سطح جهان می باشد. شیوع سرطان کولورکتال در مردان و زنان ایرانی به ترتیب 7/8 و 4/6 در 100000 است. اگرچه شیوع crc در ایران در مقایسه با کشورهای غربی کمتر می باشد، ولی مطالعات اخیر نشان دهنده ی یک افزایش سریع در میزان crc در ایران است. اغلب موارد سرطان کولورکتال، تک گیر هستند که در افرادی فاقد سابقه خانوادگی crc رخ می دهند. سرطان کولورکتال تک گیر به واسطه وقوع جهش های سوماتیک در کولون و رکتوم ایجاد می گردد. ژن سرکوبگر توموری apc یک پروتئین با عملکرد چندگانه است که به عنوان یک gatekeeper در مسیر انتقال پیام wnt عمل می کند. جهش های apc در 34 تا 80 درصد از موارد crc تک گیر گزارش شده است. حدود 60 درصد از جهش های سوماتیک ژن apc در ناحیه mcr بین کدون های 1286 و 1513 اگزون 15 رخ می دهند. جهش در ژن apc، شروع کننده ی فرآیند تومورزایی کولورکتال است. مواد و روش ها: در این مطالعه از بافت های توموری و نرمال 30 فرد مبتلا به crc تک گیر نمونه گیری به عمل آمد. چهار جفت پرایمر به گونه ای طراحی شد که قطعات تکثیر شونده با یکدیگر همپوشان باشند. این قطعات مجموعاً کدون های 653 تا 1613 از ژن apc را در بر می گیرند. به منظور شناسایی جهش ها در این قطعات، از روش توالی یابی مستقیم استفاده شد. داده های حاصل از تعیین توالی به کمک نرم افزار chromas و ابزار blast از پایگاه ncbi آنالیز گردید. نتایج: در این مطالعه، دو جهش بی معنی q1367x و r1450x، چهار جهش تغییر چهارچوب c.2804dupa، c.4317delt، c.4464_4471del و c.4468_4469dupca و دو جهش بدمعنی t1079s و p1176l مجموعاً در 8 بیمار شناسایی شد. جهش های c.4468_4469dupca و t1079s جدید هستند. بحث و نتیجه گیری: در 8 بیمار (7/26 %) از 30 بیمار جهش شناسایی شد. این میزان فراوانی جهش در مقایسه با مطالعات گذشته در سایر کشور، نسبتاً کم است. جهش های بی معنی و تغییر چهارچوب شناسایی شده در این مطالعه، پاتوژن هستند و منجر به کوتاه شدن پروتئین apc می شوند. 7 بیمار (3/23 %) واجد جهش های بیماری زا در ژن apc بودند. بیماری زایی جهش های t1079s و p1176l مشخص نمی باشد، با این حال ممکن است در توسعه سرطان کولورکتال نقش داشته باشند.

: تغییرات بیان ژن p-glycoprotein در سلول های آسیب دیده کبد رت و تأثیر وراپامیل و ریفامپین بر میزان بیان آن
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده دامپزشکی 1390
  سپیده قاسمیان   حمید گله داری

چکیده فارسی گلیکوپروتئین پی، پروتئینی با وزن مولکولی 170 کیلودالتون روی غشا سلول است که وظیفه ی اصلی آن خروج مواد سمی از سلول و محافظت سلول در برابر مواد سمی و داروهای ضد سرطان است. در این پژوهش اثر دو داروی وراپامیل و ریفامپین بر میزان بیان ژن گیلکوپروتئین پی در سلول های آسیب دیده کبد رت توسط نیتروزودی اتیل آمین (ndea) با استفاده از روش real-time pcr پرداخته شد. تعداد 30 سر رت نر بالغ به 6 گروه 5 تایی تقسیم شدند و به ترتیب نرمال سالین، ndea، ndea + وراپامیل، ndea + ریفامپین، وراپامیل و ریفامپین را دریافت کردند. ndea با دوز 200 میلی گرم به ازای هر کیلوگرم وزن بدن رت در روز اول، وراپامیل 25 میلی گرم به ازای هر کیلوگرم وزن بدن رت و ریفامپین 10 میلی گرم به ازای هر کیلوگرم وزن بدن رت در سه روز سیزدهم، چهاردهم و پانزدهم تجویز شد. رت ها آسان کشی شدند و کبد آن ها سریعاً جدا گردید و میزان بیان ژن گلیکوپروتئین پی در بافت کبد به روش real- time pcr ارزیابی شد.نتایج نشان داد که وراپامیل و ریفامپین باعث کاهش بیان ژن گلیکوپروتئین پی در سلول های سالم و آسیب دیده ی کبد می شوند. بنابراین این دو دارو بیان ژن گلیکوپروتئین پی را در سطح mrna مهار می کنند و می توانند نقش مهمی در کاهش مقاومت دارویی و درمان سرطان در آینده ایفا کنند.

اولین بررسی ژنتیک مولکولی ژن ctns در افراد مبتلا به سیستینوزیس در ایران
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز 1390
  سپیده شاه کرمی   حمید گله داری

سیستینوزیس یک بیماری نادر اتوزومال مغلوب می باشد و شیوع آن 1 در 200,000-100,000 تولد زنده برآورد شده است. سه تیپ بالینی سیستینوزیس گزارش شده است که شایعترین و شدیدترین آن، سیستینوزیس نفروپاتیک می باشد. ژن مسبب بیماری- (ctns،17p13)- کد کننده یک پروتئین لیزوزومی به نام سیستینوزین می باشد. بیش از 90 جهش در نواحی مختلف ژن ctns گزارش شده، که از آن میان حذف 57 کیلوبازی بیشترین فرکانس را در اروپای شمالی به خود اختصاص داده است. در این مطالعه، آنالیز مولکولی ژن ctns در 25 بیمار مبتلا به سیستینوزیس نفروپاتیک متعلق به 24 خانواده غیر مرتبط ایرانی به روش pcr و multiplex pcr شرح داده می شود. مطالعه حاضر ارائه دهنده اولین بررسی ژنتیک مولکولی و تشخیص پیش از تولد تعدای از مبتلایان ایرانی سیستینوزیس نفروپاتیک (در قسمت جنوب غربی ایران) که اکثریت قریب به اتفاق آنها فرزندانی حاصل از ازدواج های خویشاوندی هستند، می باشد. در هیچ یک از بیماران، حذف 57 کیلوبازی به صورت هوموزیگوت و یا هتروزیگوت مشاهده نشد. همچنین اگزون های کد کننده، مرزهای اسپلایسینگ و ناحیه پروموتری ژن ctns در تمام بیماران توالی یابی شدند. طبق پایگاه اطلاعاتی hgmd و بررسی های انجام شده، دو جهش جدید دراگزون های 5 و 11، به علاوه ی چندین جهش شناخته شده در بیماران مشاهده شد. دیده شده است که برخی از جهش ها با فرکانس بیشتری در جمعیت خاصی اتفاق می افتند، که می توان این موضوع را ناشی از وجود یک اثر بنیانگذار در میان این جمعیت ها دانست. گرچه این فرضیه می بایست در مطالعات جمعیتی آتی در سایز وسیعتر مورد ارزیابی قرار گیرد. در 44 درصد از بیماران هیچ گونه جهشی مشاهده نشد. پیرو نتایج فوق، آنالیز mrna در مطالعات بعدی ضروری به نظر می رسد. در صورت عدم مشاهده جهش در mrna مبتلایان در مطالعات آتی و عدم قطعی بودن نقش ctns به عنوان تنها ژن مرتبط با بیماری، مطالعه حاضر می تواند در حمایت از فرضیه ای باشد که وجود مکانیسم های احتمالی دیگر را در پاتوژنز سیستینوزیس نفروپاتیک - حداقل در بیماران ایرانی- دخیل می داند.

بررسی ترادف اگزونهای شماره 6 و 7 ژن pah در بیماران فنیل کتونوری استان کرمانشاه
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز 1390
  کیوان مرادی   رضا علی بخشی

فنیل کتونوری (pku) یک خطای مادرزادی متابولیسم است که از نقص در آنزیم فنیل آلانین هیدروکسیلاز (pah) ناشی می شود. براساس پایگاه اطلاعاتی pahdatabase، اگزو های 6 و 7 ژن pah و نواحی انترونی مجاور آنها بالاترین تعداد آلل های جهش یافته را به خود اختصاص داده اند. بنابراین، در این مطالعه بررسی ترادف اگزون های 6و 7 ژن pah در 25 بیمار فنیل کتونوری استان کرمانشاه انجام گرفت. پیش از این هیچ نوع مطالعه ای درخصوص بررسی ژنوتیپ های بیماری pku در این استان، با زمینه قومیتی کُرد، انجام نگرفته است. جهش های یافت شده در این مطالعه شامل r261x (8%)، r176x (4%)، r243q (4%)، r243x (2%) و r261q (2%) هستند که درمجموع در 20% آلل های جهش یافته در این مطالعه شناسایی گردیدند. همچنین سه پلی مورفیسم ivs5 -54 g>a (22%)، q232q (8%) و v245v (4%) نیز مشخص گردیدند. تمامی جهش های شناسایی شده در این مطالعه مربوط به دی نوکلئوتیدهای cpg در توالی ژن pah هستند. فراوانی جهش r261x که در این مطالعه بالاترین فراوانی را داشته است، در ایران کمتر از 5% است. بعلاوه، هیچ گزارشی از جهش های r176x و r243q در جمعیت اصفهان و جمعیت ترک آذری وجود ندارد. علی رغم اینکه فراوانی جهش های این مطالعه نسبت به سایر مطالعات صورت گرفته در ایران متفاوت است، این یافته ها حضور جهش-های شایع مدیترانه ای را در این منطقه تأیید می کنند. بنابراین، به نظر می رسد مطالعه جهش های ژن pah در دیگر استان های ایران، بصورت جداگانه، ضروری باشد.

ایجاد باکتری e.coli نوترکیب حاوی ژنهای تولیدکننده ی پلی هیدروکسی آلکانوآت (pha)
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم پایه 1391
  مریم جاری   حمید گله داری

نام خانوادگی: جاری نام: مریم عنوان: ایجاد باکتری e.coli نوترکیب حاوی ژنهای تولید کننده ی پلی هیدروکسی آلکانوآت pha)). اساتید راهنما: دکتر سعید رضا خاتمی- دکتر حمید گله داری استاد مشاور: دکتر محمد شفیعی درجه تحصیلی: کارشناسی ارشد رشته: ژنتیک دانشکده:علوم محل تحصیل: دانشگاه شهید چمران اهواز تاریخ فارغ التحصیلی: 26/6/91 تعداد صفحات: 91 کلمات کلیدی: پلی هیدروکسی بوتیرات (phb)، ralstonia eutropha h16، ژنهای phbcab. چکیده: پلی هیدروکسی بوتیرات (phb)، دسته ای از پلی هیدروکسی آلکانوآت (pha)، گروهی از پلیمرهای ذخیره ای باکتریایی می باشند که بوسیله ی ارگانیسم های متعددی در پاسخ به محدودیت غذایی تولید می گردند. این پلیمر ها، پلاستیک های زیست تخریب پذیر می باشند که می توانند جایگزین خوبی برای پلاستیک های پتروشیمیایی رایج باشند. ralstonia eutropha h16 یکی از تولیدکنندگان بالقوه ی phb می باشد. اگرچه توانایی تولید و انباشته کردن این پلیمر در r.eutropha به اثبات رسیده است، ولی هزینه ی تولید بسیار بالای آن، بکارگیری pha را بعنوان بیوپلاستیک محدود کرده است. از اینرو تلاش های زیادی برای کاهش هزینه ی تولید از طریق ایجاد باکتری های نوترکیب و استفاده ی منبع کربن ارزان انجام شده است. phb طی 3 مرحله ی آنزیمی شامل یک آنزیم ?-کتوتیولاز (phba)، یک استواستیل coa ردوکتاز (phbb) و یک pha پلیمراز (phbc) سنتز می گردد. در این مطالعه اپرون 3 ژن کد کننده ی آنزیمهای تولید کننده ی phb شامل ژنهای phbcab از ژنوم استخراج شده r.eutropha با استفاده از پرایمرهای دارای جایگاه برش آنزیم محدود کننده bamhi و hindiii تکثیر و به وکتور بیانی pet28a کلون گردید و به e.coli سویه ی dh5? و bl21 ترانسفورم و صحت ترانسفورماسیون با کلونی pcr، هضم آنزیمی پلاسمید استخراج شده و تعیین توالی تأیید شد.

مطالعه بیان ژن p-glycoprotein در سلول های کلیه رت و تاثیر وراپامیل و گریپفروت بر میزان بیان آن
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده دامپزشکی 1391
  پگاه اردلانی   حمید گله داری

از آنجایی که p-glycoprotein نقش مهمی در نقل و انتقال مواد اندوژن و اگزوژن از جمله داروها در بدن دارد، شناخت بیشتر این سیستم از دیدگاه فارماکولوژی اهمیت دارد. p-gp در بافت های مختلف از جمله کلیه ها حضور دارد. مطالعات انجام شده در سال¬های اخیر نشان داده¬اند مصرف آب گریپفروت موجب افزایش زیست¬دستیابی بسیاری داروهای سوبسترای p-gp از جمله وراپامیل می شود. در مطالعه حاضر میزان بیان ژن p-gp در سلول های کلیه رت با روش real- time pcr بررسی شد و تاثیر وراپامیل و آب گریپفروت بر میزان بیان این ژن در سلول های فوق ارزیابی گردید. در این مطالعه از 4 گروه رت های نژاد ویستار (در هر گروه 5 سر) به شرح زیر استفاده شد: 1-شاهد، 2- آب گریپفروت ، 3- آب گریپفروت + وراپامیل و 4- وراپامیل. وراپامیل و آب گریپفروت به مدت 5 روز تجویز شده و سپس رت ها آسان کشی شدند و کلیه آنها بلافاصله خارج گردید. سپس با طراحی پرایمر میزان بیان ژن p-gp با روش real time pcr تعیین شد. بیشترین مقدار بیان این ژن در گروه شاهد و کمترین آن در گروه دریافت کننده آب گریپفروت به تنهایی تعیین شد. بنابراین آب گریپفروت و وراپامیل بیان ژن p-gp را در کلیه کاهش دادند در حالی که تجویز هم¬زمان این دو ماده اثر قابل ملاحظه ای بر میزان بیان آن نداشت.

بررسی متیلاسیون پروموتر ژن apc در بیماران مبتلا به سرطان کولورکتال تک گیر در استان خوزستان.
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم 1391
  آرزو عبدالهی   حمید گله داری

سرطان کولورکتال (crc) سومین سرطان شایع در مردان و دومین سرطان شایع در زنان در سطح جهان می باشد. اگرچه شیوع crcدر ایران در مقایسه با کشورهای غربی کمتر است، ولی مطالعات اخیر نشاندهنده ی یک پیشرفت سریع در میزان crc در ایران می باشد. اغلب موارد سرطان کولورکتال تک گیر هستند. ژن سرکوبگر توموری apc یک پروتئن با عملکرد چندگانه است که به عنوان یک gatekeeper در مسیر انتقال پیام wnt عمل می کند. غیر فعال شدن آن در اثر وقوع متیلاسیون در جزایر cpg پروموتر این ژن در مراحل اولیه سرطان کولورکتال تک گیر مشاهده شده است. متیلاسیون جزایر cpg در ژن apc باعث خاموش شدن این ژن می شود که در نتیجه ی آن سرطان کولورکتال و سایر اختلالات می تواند رخ دهد. مواد و روش ها: در مطالعه ی حاضر، از بافت های توموری و سالم 35 فرد مبتلا به crc نمونه گیری به عمل آمد. سپس ژنوم مربوط به بافت های فوق تحت تیمار با بی سولفیت قرار گرفت. به منظور شناسایی نواحی متیله شده از روش توالی یابی مستقیم استفاده شد. داده های حاصل از تعیین توالی به کمک نرم افزار chromas انالیز گردید.. بحث و نتیجه گیری: در این مطالعه مجموعا 22 (85/62%) مورد متیلاسیون مشاهده شد و در 13 مورد دیگر هیچ متیلاسیونی دیده نشد. این میزان متیلاسیون در مقایسه با مطالعات گذشته در سایر کشورها و ایران، نسبتاً زیاد است.

بررسی همراهی بین بیماری عروق کرونری قلب (cad) و پلی مرفیسم های rs1333040 و rs1004638 در ناحیه ی 9p21 در استان خوزستان.
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم پایه 1391
  خدیجه گلابگیرخادمی   حمید گله داری

مقدمه: بیماری شریان کرونری قلب (cad)، بیماری چند عاملی و هتروژنیک می باشد که در آن پلاک های آترواسکلروزیس در دیواره ی داخلی عروق کرونر تشکیل شده و میزان خون رسانی به میوکارد را محدود می کند. cad و پیامد آن سکته ی قلبی (mi)، مهم ترین علت مرگ و میر در سرتاسر جهان می باشد. اعتقاد بر این است که در اتیولوژی این بیماری، ژن ها و لوکوس های متعددی ازقبیل لوکوس 9p21 درگیر باشند. مطالعات متعددی در ارتباط با پلی مرفیسم های این ناحیه انجام شده است. از جمله ی این پلی مرفیسم ها rs1333040 و rs1004638 می باشند که با بیماری cad همراهی نشان داده اند. روش کار: نمونه های خون 200 فرد مبتلا به cad و 110 فرد سالم به عنوان کنترل از بیمارستان های گلستان و امام خمینی شهرستان اهواز جمع آوری شد. در این مطالعه همراهی پلی مرفیسم های rs1333040 (c/t) و rs1004638 (a/t) با cad به وسیله ی روش pcr و سپس rflp مورد بررسی قرار گرفت. نتایج: در پلی مرفیسم rs1333040، در افراد بیمار فراوانی ژنوتیپ ct در مقایسه با ژنوتیپ های cc و tt بیشتر بود و در افراد سالم این حالت معکوس می نمود. در پلی مرفیسم rs1004638 ژنوتیپ aa در افراد بیمار و فراوانی ژنوتیپ های at و tt در افراد سالم بیشتر بود. نتایج محاسبات آماری برای دو پلی مرفیسم rs1333040 و rs1004638 به ترتیب به صورت زیر می باشد: x2 = 0/27 , df = 2 , p = 0/88 x2 = 4/66 , df = 2 , p = 0/09 بحث و نتیجه گیری: همراهی پلی مرفیسم های rs1333040 و rs1004638 با بیماری cad مشاهده نشد.

بررسی اثر استئوپونتین نوترکیب (ropn) برآپوپتوز القا شده با h2o2 در کشت سلول های پیش ساز الیگودندروسیت انسانی (opcs)
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم پایه 1391
  ندا مظاهری   محمدحسین نصر اصفهانی

مقدمه: اختلالات التهاب عصبی نظیر ms، با تخریب میلین همراه هستند. سلول های پیش ساز الیگودندروسیتی (opc) در سیستم cns به نواحی دمیلینه شده مهاجرت کرده و پس از تمایز به الیگودندروسیت های بالغ، منجر به بازسازی میلین می شوند. مرگ سلول های opc توسط گونه های فعال اکسیژنی (ros) نظیر h2o2 از عوامل مهم بروز اختلال در این روند و تشدید این بیماری ها می گردند. مطالعات نشان داده است که بیان پروتئین ماتریکس خارج سلولی osteopontin در شرایط التهاب بالا رفته و گیرنده های اینتگرینی اختصاصی آن در سطح سلول های opcs در مراحل فاز حاد بیماری در مدل های موشی به میزان چشمگیری بیان می شوند. بنابراین از آنجا که اثر ضد آپوپتوزی استئوپونتین در سلول های مختلف بررسی و تایید شده است، بررسی اثر این فاکتور در بقای سلول های opc در شرایط القا شده آپوپتوز توسط رادیکال های آزاد نظیرh2o2، می تواند در مسیر درمانی اختلالات همراه با دمیلیناسیون راه گشا باشد. روش کار: پس از کشت سلول های opc در پلیت پوشیده شده با غلظت بهینه استئوپونتین، تیمار سلولی با غلظت بهینه ای از h2o2 جهت القای آپوپتوز صورت گرفته و وضعیت حیات و بقای سلول ها بررسی گردید. جهت بررسی مکانیسم عملکرد استئوپونتین بیان گیرنده های اینتگرینی اختصاصی آن، ژن های کنترل کننده آپوپتوز و فعالیت کاسپاز 3 سلولی نیز مورد مطالعه قرار گرفت. نتایج و بحث: نتایج نشان داد که h2o2 با القای آپوپتوز بقای سلول های opc انسانی در محیط کشت را مهار می کند در حالیکه تیمار سلول ها با لیگاند استئوپونتین منجر به مهار ژن p53، ژن های پروآپوپتوز bid و bax و افزایش بیان ژن های آنتی آپوپتوز bcl-2 و bcl-xl می شود. علاوه بر این بررسی فعالیت کاسپاز 3 در سلول های opc انسانی تیمار شده نشان داد که h2o2 منجر به فعال شدن کاسپاز اجرایی 3 در سلول های opc انسانی می شود در حالیکه تیمار سلول ها با استئوپونتین از فعال شدن این مسیر کاسپازی جلوگیری می کند. این نتایج حاکی از این است که استئوپونتین به عنوان یک فاکتور ضدآپوپتوز منجر به بقای سلول های opc انسانی در محیط کشت سلول عمل می-کند.

تحلیل in silico اثر ساختاری و عملکردی چندشکلی های تک نوکلئوتیدی در ژن بتاکاتنین در مسیر سیگنال دهی wnt
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم 1391
  سید محمد زندوی   علی محمد فروغمند

بتاکاتنین یک مولکول کلیدی در مسیر پیام رسانی wnt و اتصالات چسبندگی سلول – سلول با واسطه کادهرین می باشد. این پروتئین نقش بسیار مهمی را در تشکیل محور های بدن، تکوین اندام ها و بافت ها ایفا می نماید. بسیاری از چندشکلی های تک نوکلئوتیدی (snp ها) در ژن بتاکاتنین با برخی از بیماری ها بویژه سرطان ها همراهی نشان می دهند و شناسایی این snp ها یکی از مهمترین اهداف موجود در ژنتیک مدرن و مطالعات ژنومیک می باشد. در این مطالعه، توسط ابزار های کامپیوتری به تجزیه و تحلیل جامع اثر ساختاری و عملکردی snp های قرار گرفته در نواحی کد کننده، اینترونی، غیر ترجمه (utr) و پروموتر پرداختیم. در نواحی کد کننده، nssnp های تغییر دهنده اسید آمینه جایگاه های 32، 33، 34، 37، 41 و 45 دارای اثر تخریبی بر جایگاه های فسفریلاسیون، rs77624106 و rs200890083 دارای اثر عملکردی بر برهمکنش های پروتئین- پروتئین و rs113411271 و rs139085081 موثر بر ناپایداری پروتئین پیش بینی شدند. در ناحیه 5’utr، utrscan سه snp را در موتیف ires شناسایی نمود که احتمالا rs5743390 این موتیف را تخریب می نماید. توسط hsf، سه snp موثر برجایگاه های پیرایش و پنج snp ایجاد کننده جایگاه های پیرایش مخفی پیش بینی شدند. همچنین polymirts، دو snp را مخرب و دو snp را بوجود آورنده جایگاه های هدف mirna پیش بینی نمود. بر اساس این اطلاعات، ما snp های کاندیدا را برای مطالعات آتی بر روی جهش های بتاکاتنین پیشنهاد نمودیم.

بررسی تغییر سطح بیان mir-886-5p در نمونه های بافتی سرطان مثانه
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم 1391
  عاطفه خوش نویسان   سید جواد مولی

در ایران سالیانه ???? مورد جدید سرطان مثانه و ???? مورد مرگ و میر ناشی از آن گزارش میشود. سرطان مثانه سومین سرطان شایع در بین مردان و دهمین سرطان شایع در بین زنان کشورمان است. اقدامات درمانی برای این سرطان در صورت تشخیص زودرس به احتمال زیاد موفقیت آمیز خواهد بود، در حقیقت زمانی که سرطان پیشرفت نکرده و بافت های پیرامون را درگیر نکرده باشد. در سال های اخیر پژوهشگران در پی یافتن مارکر مولکولی مناسبی بوده اند که بیان آن در مراحل مختلف تومورزایی مثانه متفاوت باشد. میکروrnaها (mirna,mir)، از جدیدترین مارکرها هستند که به طور متوسط 22 نوکلئوتید طول دارند. آن ها rnaهای کوچک تک رشته ای و غیرکدگذاری هستند که به طور اختصاصی در سلول ها و بافت ها بیان می شوند. میکروrnaها نقش مهمی در تنظیمات پس از رونویسی ایفا می کنند. به عنوان مثال در تنظیم مسیرهای سلولی مهم شامل تکثیر سلولی، تمایز، آپوپتوز و تومورزایی نقش دارند. mir-886-5p یکی از میکروrnaهایی است که اخیرا کشف شده و با خصوصیت چند توانی سلول های بنیادی مرتبط است. در این پژوهش 70 نمونه پارافینه(ffpe) بیماران مبتلا به سرطان مثانه از آرشیو بخش پاتولوژی بیمارستان شهید لبافی نژاد تهران جمع آوری شد. پس از بررسی پرونده بیماران، خصوصیات پاتولوژیکی هر نمونه توسط متخصص پاتولوژیست تأیید گشته و پس از برش گیری به آزمایشگاه منتقل شد. rnaی کل هرنمونه استخراج و پس از تیمار با dnasei سنتز cdna صورت پدیرفت. سپس سنجش میزان بیان mir-886-5p در نمونه ها بوسیله تکنیک real-time pcr انجام گرفت و داده ها آنالیز شد. نتایج حاکی از افزایش بیان معنی دار mir-886-5p در نمونه های با درجه بدخیمی بالا در مقایسه با نمونه های با بدخیمی پایین است. همچنین افزایش بیان معنی داری از mir-886-5p در نمونه های مهاجم در مقایسه با نمونه های غیرمهاجم دیده می شود (p<0.05). نتایج حاصل از این پژوهش پیشنهاد می کند که mir-886-5p نقشی بالقوه در آغاز و/یا پیشرفت سرطان مثانه ایفا می کند.

بررسی جهش های شایع ژن kras در بیماران مبتلا به سرطان کلورکتال تک گیر در استان خوزستان
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم پایه 1391
  آسیه کازرونیان   حمید گله داری

سرطان کلورکتال یکی از بدخیمی های شایع در جهان است. جهش های v-ki-ras2 kirsten rat sarcoma (kras) یکی از وقایع اولیه در تکوین و پیشرفت crc می باشد. مطالعات پیشین ثابت کرده اند که با توجه به جهش های kras در بیماران مبتلا به crc متاستازی، پاسخ به درمان های هدف گیرنده فاکتور رشد اپیدرمی (egfr) را می توان پیش بینی کرد. از این رو، در حال حاضر آزمون kras برای بیماران crc به عنوان شاخصی برای درمان با آنتی بادی های ضد egfr ضروری به نظر می رسد. کدون های 12 و 13 اگزون شماره یک، نقاط داغ جهش در این ژن هستند. در این بررسی فراوانی وقوع جهش های کدون 12 و 13 را در بیماران خوزستانیِ مبتلا به سرطان کلورکتال تک گیر (scrc) تعیین نمودیم و با میزان آن در سایر نواحی ایران و نیز در دیگر کشورها مقایسه کردیم. روش ها: نخست dna ژنومی از بافت های توموری 45 بیمار خوزستانی مبتلا به scrc که عمل جراحی برداشتن تومور یا بیوپسی توسط کلونوسکوپی انجام داده بودند، استخراج شد. با روش pcr/rflp و سپس غنی سازی جهش، جهش های نقطه ای در این دو کدون شناسایی گردید. جهش ها در ادامه با توالی یابی تایید شدند. غنی سازی روش مناسبی بود که به کار برده شد تا جهش های هتروزیگوت در نمونه هایی با نسبت کم الل جهش یافته به الل سالم را نیز شناسایی کند. نتایج و بحث: 13.33% تومورها (6/45) در کدون های 12 و 13 ژن kras جهش داشتند. این فراوانی با اغلب فراوانی های به دست آمده در دیگر کشورها (33-53%) و نیز فراوانی های به دست آمده در سایر نقاط ایران (20.3% و 28%) تفاوت بسیار دارد که می تواند براساس دلایل متعددی از جمله سهم کمتر مسیر serrated در تکوین crc در این جمعیت، بالا بودن احتمالی وضعیت ناپایداری میکروستلایتی در آن ها، حساسیت ناکافی روش غربالگری، فاکتورهای ژنتیکی و محیطی متفاوت از جمله رژیم غذایی سرشاز از امگا-3 در این جمعیت باشد. همچنین با استفاده از روش غنی سازی فرکانس الل های شناسایی شده در گروه مورد بررسی دوبرابر گشت.

بررسی پلی مورفیسم ژن های fecb و gdf9 (fecgh) در بزهای نژاد پاکستانی (کاموری) استان خوزستان با استفاده از روش rflp-pcr
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده دامپزشکی 1392
  محمدرضا افضل زاده   قدرت الله محمدی

ژنهای fecb و gdf9 که جزء فوق خانواده tgf? می باشند اثرات مهمی بر میزان تخمک گذاری دارند. هدف از این مطالعه تعیین وجود جهشهای fecb و fecgh در بزهای نژاد کاموری استان خوزستان میباشد. در این مطالعه از 40 رأس بز کاموری با حداقل یک بار سابقه دوقلو زایی خون گیری به عمل آمد و dna آن ها با روش اصلاح شده نمکی استخراج گردید. جایگاه ژنهای fecb و gdf9 با استفاده از پرایمرهای اختصاصی تکثیر یافت و محصولات 190 و 139 جفت بازی به دست آمد، سپس محصولات به دست آمده به ترتیب در مجاورت آنزیم های اختصاصی avaii و ddei تیمار گردیدند. نتایج نشان داد که در آزمایش بررسی جهش fecb باندهای 190 جفت بازی در گله های مورد مطالعه پس از هضم، بدون برش باقی ماندند. بنابراین جهش fecb در بزهای نژاد کاموری مورد مطالعه وجود ندارد و همه ی نمونه ها دارای ژنوتیپ (++) میباشند. همچنین در نتیجه هضم آنزیمی، قطعه ژن 139 جفت بازی مربوط به ژن gdf9 به دست آمد. نتیجه اینکه در اگزون ژن gdf9 جهشfecgh در بزهای چندقلوزای کاموری دیده نمیشود. بنابراین، این جهشها نمیتوانند از عوامل چندقلوزایی در این نژاد باشند و مطالعات بیشتری برای بررسی ژنهای موثر بر چندقلوزایی و تعیین ژنوتیپ در این بزها مورد نیاز است.

شناسایی جهش های پاتوژن احتمالی در ژن های pkd1 و pkhd1 در دو خانواده مبتلا به کلیه ی پلی کیستیک با الگوی غالب و مغلوب اتوزومی
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم 1392
  آتوسا حفیظی   حمید گله داری

کلید واژه ها: adpkd,arpkd، ژن pkd1، ژن pkhd1، کلیه پلی کیستیک ، جهش چکیده: بیماری کلیه ی پلی کیستیک (pkd) به دو صورت غالب اتوزوم ( adpkd) و مغلوب اتوزوم ( arpkd) به ارث می رسد و میزان شیوع آن در جهان به ترتیب 1 در1000 و 1 در 40000 تولد زنده است. بیماری pkd بوسیله ی حضور تعداد زیادی کیست در یک یا هردو کلیه تشخیص داده می شود و وجه تمایز دو نوع بیماری بر اساس الگوی توارث، سایر علائم خارج کلیوی و سن بروز متفاوت است. بروز adpkd در بزرگسالی و بروز arpkd در نوزادی و گاهأ پیش از تولد می باشد. تاکنون سه ژن دخیل در adpkd بنام های pkd2,pkd1 و pkd3 و یک ژن دخیل در arpkdبنام pkhd1 شناسایی شده است. در حدود 85% افراد مبتلا به adpkd جهش در ژن pkd1و درحدود 15% موارد جهش در ژن pkd2 در موارد اندکی هم جهش درژن pkd3 مشاهده شده است. جهش در ژن های pkd سبب سنتز پروتئین پلی سیستین ناکارآمد می شوند. جهش در ژن pkhd1 نیز سبب سنتز پروتئین فیبروسیستین/پلی داکتین غیر عملکردی می گردد. در این مطالعه اعضای دو خانواده ی ایرانی مبتلا به pkd مورد بررسی قرار گرفتند. در یک خانواده ژنpkd1 در فرد مبتلا به adpkd و والدین وی بررسی شد و در خانواده ی دیگر ژن pkhd1 در فرد مبتلا به arpkd و والدین وی مورد بررسی قرار گرفت. dna هر 6 فرد به روش salting out استخراج گردید و برای مشخص شدن جهش ها ، ژن های pkd1 و pkhd1 از دو جهت (توسط پرایمر رفت و برگشت) تعیین توالی شد و برای تعیین پاتوژن یا پلی مورفیسم بودن جهش یا جهش های مشکوک ، اگزون های حاوی آن جهش ها درنمونه ی dna استخراج شده از خون 50 فرد نرمال تعیین ترادف گردید. در نتایج حاصل از تعیین ترادف خانواده ی دارای فرد مبتلا به adpkd یک جهش miss sence مشکوک به بیماری زا بودن (بر اساس پیش بینی نرم افزارها) بصورت جایگزینی نوکلئوتید a به جای g در کدون 3057 در اگزون 25 ژن pkd1 مشاهده گردید که سبب تبدیل کدون اسید آمینه ی والین به متیونین می شد. بر طبق نتایج تعیین ترادف اگزون 25 در 50 نمونه ی نرمال، این جهش، یک پلی مورفیسم شایع با نرخ 60% معرفی شد. علاوه بر آن یک جهش گزارش شده ی دیگر و26 جهش جدید نیز در ژن pkd1 مشخص گردید. در نتایج حاصل از تعیین ترادف ژن pkhd1 یک جهش بیماری زای شناخته شده و3 جهش غیر بیماری زای شناخته شده و یک جهش جدید نیز ارائه گردید.

بهینه کردن بیان و خالص سازی فاکتور ممانعت کننده از لوکمیایی نوترکیب انسانی تولید شده در باکتری اشرشیا کلای و بررسی عملکردی بودن آن از طریق تیمار سل لاین وابسته
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم پایه 1392
  هومن کهربا   حمید گله داری

فاکتور باز دارنده لوکمیا یی انسانی (hlif)، گلیکوپروتئینی است که از زیر خانواده ی اینترلوکین-6 (il-6) ا ست که در بسیاری از پستانداران شناسایی شده است. سایتوکاین lif دارای اثرات چندگانه تنظیمی بر روی انواع مختلف بافت ها و سلول ها ا ست. lif بقای نرون ها را تنطیم می کند و در خون سازی نقش دارد در موش هایی که lif ناک اوت شده است لانه گزینی جنینی نیز مشکل دارند کنترل پرتو ا نی سلول های بنیادی، متابولیسم استخوان و چر بی و غیره بوده و برای لانه-گزینی جنین حائز اهمیت است و در پیشبرد تولید مگاکاریوسیت ها در محیط آزمایشگا ه دخالت دارد. rhlif دارای پتان و همین طور lif به عنوان سیتوکائین پیش التهابی وتنظیم کننده ی پاسخ های ایمنی عمل می کند. علاوه بر این نقش ها lif قادر به حفظ حالت پرتوانی سلول های بنیادی جنینی است.مهمترین اهداف تحقیق حاضر بیان، بهینه کردن ، خالص سازی و بررسی فعالیت زیستی این فاکتور است. pet28 (+)وکتور حامل ژن lif و ژن مقاومت به کانامایسین به عنوان مارکر فنوتیپی می باشد که به باکتری اشرشیا کولی، سویه ی bl21 ترانسفورم شد. پس از القا با iptg با به کارگیری سه فاکتور که شامل دما، زمان القا و غلظت القاگر می شد سعی در بهینه کردن بیان پروتئین نوترکیب شد. سپس خالص سازی rhlif توسط یک مرحله کروماتوگرافی تمایلی انجام شد صحت این خالص سازی توسط sds-psge و وسترن بلاتینگ تایید گردید و همین طور فعالیت زیستی این فاکتور توسط mtt assay بررسی گردید.القا بیان rhlif توسطiptg انجام شد و بیان آن با روش sds-page تایید شد و سپس وسترن بلات? تاییدی مضاعف بر صحت rhlif بود.خالص سازی این فاکتور با کمک کروماتوگرافی تمایلی با موفقیت انجام گردید و صحت خالص سازی با sds-page و وسترن بلات تایید شد. نتایج تیمار rhlif خالص سازی شده بر روی رده ی سلولی وابسته به این فاکتور توسط mtt assay بررسی شد که موید کارکردی بودن rhlif بود.

: بررسی فراوانی hla-a3 در بیماران مبتلا به ms در استان خوزستان
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم 1392
  مریم محقق   حمید گله داری

مقدمه: msیک بیماری التهابی خود ایمن است که باعث تخریب میلین ها و اختلال در سیستم عصبی مرکزی می شود به این ترتیب انتقال پیام های عصبی با مشکل مواجهه میشود و این امر باعث ناتوانی های پیشرونده در بیماران مبتلا به ms میگردد. ms به عنوان یک بیماری مولتی فاکتوریال شناخته شده که از برهم کنش ژن ها و محیط ناشی می شود . ژن هایی که در این بیماری دخالت دارند شامل ژن های غیر وابسته به mhc و وابسته به mhc می شوند .ژن mhc که روی بازوی کوتاه کروموزوم 6 قرار دارد کد کننده ی آنتی ژن لوکوسیت انسانی است (hla) که ثابت شده است در اکثر بیماری های خود ایمنی دخالت دارد.ملکولhla به دو کلاس i وiiتقسیم می شوندهر یک از این دو کلاس هاپلوتایپ هایی را شامل می شوند که همراهی آنها در بیماری ms مورد مطالعه قرار گرفته است . یکی از هاپلوتایپ های hla کلاس i ،a3-hla است که فروانی آن در بیماران مبتلا به ms در خوزستان در این مطالعه سنجیده می شود. روش کار : در این مطالعه که روی 200بیمارانجام شد ،نمونه ها پس از استخراج ژنوم ،با روش pcr-ssp از نظر داشتن hla-a3 مورد بررسی قرارگرفتند . نمونه های دارای a3 دو باند در 215و650 ونمونه های فاقد آن فقط باند کنترل داخلی 215را روی ژل آگارز نشان دادند . بحث و نتیجه گیری : فراوانی hla-a3 در بیماران 45 درصد بود . به همین دلیل 195 نمونه کنترل نیز بررسی شدند و همراهی این hla با بیماران ارتباط معنی دار نشان داد، که این نتیجه با مطالعات انجام شده ی قبلی همراهی داشت. همچنین همراهی hla-a3 با قومیت و جنسیت در جمعیت بیمار و کنترل بررسی شدند.و این هاپلوتایپ با قومیت عرب همراهی نشان داد. بیماران از نظر علائم بالینی بررسی شدند و همراهی hla-a3 با این علائم مورد بررسی قرار گرفت که نتیجه عدم معنی داری این همراهی ها بود .

بررسی غیر فعال شدن ژن apc به وسیله ی از دست رفتن هتروزیگوسیتی در افراد مبتلا به سرطان کلورکتال تک گیر مراجعه کننده به بیمارستان های تخصصی اهواز
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم پایه 1391
  جواهر ضیغمی   حمید گله داری

مقدمه: سرطان کلورکتال یکی از شایعترین سرطان ها در سرتاسر جهان است. هفتاد و پنج درصد سرطان های کلورکتال تک گیر بوده و فاقد سابقه ی فامیلی می باشند. سه مسیر اصلی سرطان زایی در این سرطان ناپایداری کروموزومی، ناپایداری ریزماهواره ای و مسیر متیلاتور می باشند. مسیر ناپایداری کروموزومی در 85-80% سرطان های کلورکتال نقش دارد. در این مسیر، برخی از ژن های سرکوبگر تومور دچار تغییراتی می شوند. ژن apc از جمله ی مهمترین ژن-های سرکوبگر توموری است که در ناحیه ی 5q21 قرار گرفته و غیرفعال شدن آن در ابتدای مسیر سرطان زایی کلورکتال به وقوع می پیوندد. از دست رفتن هتروزیگوسیتی (loh)، یکی از مکانیسم های غیرفعال سازی ژن های سرکوبگر تومور است. هدف از این مطالعه تعیین میزان loh در ژن apc در بیماران مبتلا به سرطان کلورکتال در اهواز است. مواد و روش ها: بافت های توموری و نرمال 50 فرد مبتلا به سرطان کلورکتال تک گیر جمع آوری شد. در این مطالعه از یک مارکر ریزماهواره ای در نزدیکی ژن apc با نام d5s346 و یک مارکر rflp دورن اگزون 15 ژن استفاده گردید.. پس از استخراج dna، واکنش pcr برای هر دو مارکر انجام شد. محصولات pcr مارکر d5s346 جهت تفکیک بهتر روی ژل پلی اکریل آمید 10% برده شده و با استفاده از روش نیترات نقره رنگ آمیزی شدند. محصولات pcr مارکر اگزون 15 توسط آنزیم mspi مورد برش قرار گرفتند. نتایج: برای مارکر d5s346، مقایسه ی بافت سالم و توموری،loh را در 28% نمونه ها (14 مورد) مشخص ساخت. در بررسی مارکر rflp اگزون 15 تنها یک مورد loh شناسایی شد. به طور کلی میزان loh در مطالعه ی حاضر 30% می باشد. بحث و نتیجه گیری: میزان loh شناسایی شده در این مطالعه یا میزان گزارش شده ی جهانی(40-30%) هم خوانی داشته و به این ترتیب loh را به عنوان یکی از مکانیسم های غیرفعال کننده ی ژن apc در سرطان کلورکتال در نظر گرفت.

بررسی اگزون های ژن atp6v1b1 در یک خانواده مبتلا به اسیدوز توبولی کلیه با الگوی توارثی اتوزومی مغلوب
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم 1392
  لیلا کوره چین زاده   حمید گله داری

اسیدوز توبولی کلیوی یک بیماری نادر است. 4 تیپ بالینی rta گزارش شده است. drta اولین rta شناخته شده می باشد. ژن مسبب¬بیماری(¬2p13-atp6v1b1)، کد کننده زیر واحد 1? پروتئین لیزوزومی h+-atpase می باشد. حداقل 15 جهش در نواحی مختلف ژن atp6v1b1 گزارش شده است. بخش قابل توجهی از بیماران دارای پیشرفت به سمت ناشنوایی حسی- عصبی هستند. در rtaتیپ 3 کاهش قابل توجهی در احیای بی کربنات فیلتر شده و ناتوانی در اسیدی شدن حداکثری ادرار با وجود درجات شدید اسیدمی سیستمیک دیده می شود. ژن مسبب بیماری (8q22-caii) کد کننده پروتئین سیتوزولی کربنیک آنهیدراز 2 می باشد. در مطالعه حاضر، آنالیزمولکولی این دو ژن در یک خانواده با فرزند مبتلا به rta و 50 فرد نرمال متعلق به 50 خانواده غیر مرتبط ایرانی به روش pcr بررسی گردیده است. در این مطالعه یک کودک مبتلابه اسیدوز توبولی کلیوی ارزیابی می شود.dna از نمونه خون بیمار، والدین وی و تمامی افراد کنترل به روش دستی salting out استخراج شد. اگزون های ژن atp6v1b1 و caii توسط واکنش زنجیره ای پلیمراز (pcr) تکثیر شدند. برای تعیین پلی مورفیسم یا جهش بودن تغییر، اگزون حاوی آن در نمونه استخراج شده از خون 50 فرد نرمال تعیین ترادف گردید. در نتایج حاصل از تعیین ترادف خانواده ی دارای فرد مبتلا به rta یک جهش حذفی مشکوک به بیماری زا بودن به صورت حذف یک نوکلئوتید a در کدون 405 در اگزون 12 ژنatp6v1b1 مشاهده گردید که سبب ایجاد فریم شیفت می شود. بر طبق نتایج تعیین ترادف اگزون 12 در 50 نمونه نرمال، این جهش، یک جهش جدید و بیماری زا معرفی گردید که برای اولین بار در ایران در یک خانواده ایرانی دیده شد.

بررسی وجود پلی مورفیسم fecxg و fecxb در بزهای نژاد پاکستانی (کاموری) استان خوزستان
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده دامپزشکی 1392
  هادی گنجعلی   قدرت الله محمدی

مطالعات ژنتیکی نشان میدهد که موتاسیونهای تک نوکلئوتیدی اثرات مهمی برروی چند قلوزایی و تخمک¬گذاری دارند. یکی از ژن¬های موثر بر باروری bmp15 می¬باشد که روی کروموزوم x قرار دارد و دارای موتاسیونهای متعددی است. هدف از این مطالعه بررسی موتاسیونهای fecxb و fecxg در بزهای نژاد کاموری استان خوزستان است. بدین منظور از 40 راس بز کاموری با سابقه چندقلوزایی بااستفاده از لوله های خلاء دار حاوی edta خونگیری به عمل آمد. استخراج dna با استفاده از روش اصلاح شده انجام گردید و تکثیر جایگاههای fecxb و fecxg انجام گردید و به ترتیب قطعات 153 و 142 جفت بازی به دست آمد. محصولات به دست آمده در مجاورت آنزیمهای اختصاصی ddei و hinfi تیمار شدند. تمام محصولات به دست آمده در مجاورت آنزیم¬های اختصاصی برش خوردند بنابراین موتاسیون¬های fecxb و fecxg در بزهای کاموری استان خوزستان وجود ندارد در نتیجه این موتاسیون¬ها نمیتوانند از عوامل چندقلوزایی در این نژاد باشند.

بررسی فراوانی و همراهی hla-dqa1*0102 با بیماری ms در بیماران مبتلا در استان خوزستان
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم پایه 1393
  فریده قنبری مرداسی   سعیدرضا خاتمی

مقدمه: مالتیپل اسکلروزیس (ms) یک بیماری خودایمن است و یکی از شایعترین عوامل ناتوانی نورولوژیک، بویژه درجوانان می باشد. ms نتیجه تاثیر متقابل عوامل ژنتیکی و محیطی ناشناخته است. فراوانی برخی هاپلوتایپ های آنتی ژن لوکوسیت انسان (hla) مانندhla class ii (drb1*1501, dqa1*0102, dqb1*0602) در بیماری ms موثر شناخته شده اند. آلل hla dqa1*0102 با استعداد ابتلا بهms در برخی جمعیت ها همراهی داشته است. هدف ما از این مطالعه تخمین فراوانی و همراهیhla-dqa1*0102 با بیماری ms در بیماران مبتلا در استان خوزستان می باشد. مواد و روشها: دراین مطالعه فراوانی آلل hla-dqa1*0102 در 205 بیمار مبتلا به ms در استان خوزستان و 202 کنترل بررسی شد. در بین بیماران 80% به عنوان rrms و دیگر بیماران به عنوان spms ,ppms ,prms دسته بندی شدند. hla typing برایhla dqa1*0102 با استفاده از روش pcr-ssp انجام گرفت. نتایج و بحث: این بررسی نشان داد که فراوانی آلل hla-dqa1*0102 در بیماران 60% (205/123) و در کنترل 73% ( 202/147) می باشد. آنالیز اطلاعات با استفاده از نرم افزار آماری spss 16 و آزمون مربع کای انجام گرفت که یک همراهی منفی بین hla-dqa1*0102 و بیماری ms نشان داد (p=0.006). این مطالعه اولین بررسی فراوانی hla-dqa1*0102 در بیماران مبتلا به ms در استان خوزستان است و نتایج ما در راستای برخی مطالعات انجام شده در کشورهای دیگر می باشد.

امکان سنجی خاموش سازی ژنbcl-2 با استفاده از نانوذرات لیپیدی در رده ی سلولی mcf-7 انسانی.
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم 1393
  فاطمه جلالی   علی خدادادی

پیش زمینه: بیان بیش از حد bcl-2 به طور مکرر در انواع مختلفی از سرطانها مشاهده شده و یکی از مارکرهای پیش آگاهی در سرطان پستان می باشد. نقش دوگانه bcl-2 در مهار هر دو مسیر مرگ سلولی آپوپتوز و اتوفاژی دلیل مهم انتخاب آن به عنوان یک هدف درمانی ایده ال می باشد. بنابراین، مورد هدف قرار دادن نشانگر bcl-2 ممکن است به عنوان یک استراتژی انتخابی برای بهبود اثر بخشی درمان و غلبه بر مقاومت دارویی برای شیمی درمانی سرطان باشد. به همین منظور برای خاموش سازی bcl-2 در سلول هایmcf-7 سرطان پستان ازsirna استفاده شد. هدف: هدف از این پژوهش، بررسی خاموش سازی موثر ژن bcl-2 به واسطه sirna طراحی شده ی ما نسبت به مطالعات قبلی بود. نتایج نشان داد که مهار خاص bcl-2 به واسطه sirna باعث القای خاموشی بیش از 90% این ژن گردید. مواد و روش ها: رده ی سلولی mcf-7تحت تاثیر یک خاموش کننده ی خاص از bcl-2sirna با طراحی جدید، به همراه یک sirna کنترل از طریق انتقال با واسطه ی نانو ذرات قرار گرفت. سپس سطوح بیانbcl-2 سلول ها بعد از 24، 48و 72 ساعت با استفاده از انالیز داده ها توسط دستگاه real time–pcr سنجیده شد. همچنین با استفاده از تست آنالیز ldh سمیت سلول ها سنجیده شد و در آخرتست تشخیص آپوپتوزanexinv-fitc برای ارزیابی آپوپتوز انجام شد. نتایج: در مطالعه حاضر، نتایج نشان داد که مورد هدف قرار دادن توالی خاصی از ژنbcl-2 توسط این sirna طراحی شده در سلول هایmcf7 امکان پذیر می باشد و به طور قابل توجهی تاثیرآن پس از 24 ساعت در مقایسه با زمان های دیگر آشکارتر بود. بحث: نتایج نشان داد که این سازه تقریبا تنظیم کاهشی کامل سطوحmrna ی ژن bcl-2 را به واسطه یsirna طراحی شده در سلولهای mcf-7 آدنوکارسینومای پستان انسان امکان پذیر می سازد.

بررسی جهش های احتمالی اگزون های 1، 2 و 3 ژن pax5 در تعدادی از بیماران مبتلا به لوسمی حاد لنفوبلاستی نوع b در استان خوزستان
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم 1393
  شکوفه یزدان پرست   حمید گله داری

مقدمه: لوسمی لنفوبلاستی حاد (all)، یک اختلال بدخیم از سلول¬های پیش ساز لنفوئیدی است که در کودکان و بالغین اثر دارد. میزان شیوع این بیماری در جهان، 4.75-1 در هر 100000 تولد زنده است. بیماری به وسیله¬ی افزایش بلاست¬های لوسمی که درون جریان خون گردش می¬کنند و در سرتاسر بافت¬های بدن پراکنده می¬شوند، مشخص می¬شود. b-all به وسیله¬ی افزایش لنفوبلاست¬هایی که در مراحل اولیه¬ی بلوغ لنفوسیت¬های b متوقف می¬شوند، مشخص می¬شود. پروفایل ژنومی، تغییرات ژنتیکی ریز میکروسکوپی را که در ایجاد all نقش مهمی دارند، شناسایی کرده است که از جمله¬ی آن¬ها می¬توان به تنظیم¬گر¬های رونویسی رشد لنفوسیت¬های b اشاره کرد(مثلebf1 ،ikzf1 ، pax5) که در بیش از دو¬ سوم از موارد b-all، دچار تغییر می¬شوند. از بین این فاکتورهای رونویسی، ژن pax5 هدف عمده¬ی جهش¬های سوماتیک از جمله حذف، مضاعف شدن، ترانسلوکاسیون و جهش نقطه¬ای در b-all است که در یک سوم از بیماران دچار جهش می¬شود. هدف این مطالعه بررسی جهش¬های احتمالی اگزون¬های 1، 2 و 3 ژن pax5 در بیماران مبتلا به b-all در استان خوزستان است. مواد و روش¬ها: مطالعه¬ی حاضر بر روی 50 بیمار مبتلا به b-all انجام شد. dna ژنومی از سلول¬های خونی استخراج شد و اگزون¬های 1، 2 و 3 ژن pax5 با پرایمر اختصاصی تکثیر گردید. توالی¬یابی مستقیم محصولات pcr صورت گرفت و نتایج توالی¬یابی، با توالی ژن مرجع مقایسه شد. نتایج: در کل 3 جهش در جمعیت شناسایی شد. جهش c.113g>a در اگزون و دو جهش c.212+11t>g و c.213-43t>c در اینترون یافت شدند. بحث و نتیجه گیری: در 10 بیمار از 50 بیمار(20%) جهش شناسایی شد. این میزان فراوانی جهش در مقایسه با مطالعات گذشته در سایر کشورها، نسبتأ پایین است. با این وجود، مطالعه¬ی این ژن، می¬تواند به عنوان یکی از اولین کارهای انجام شده در این زمینه، در تعیین نقش این ژن و رابطه¬اش با all، کمک کننده باشد.

مطالعه فراوانی الل hla-drb1*1501 در بیماران مبتلا بهms در استان خوزستان
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم پایه 1393
  نوشین دلفان   حمید گله داری

مقدمه: بیماری مالتیپل اسکلروزیس یک بیماری خود ایمن، دمیلینه کننده و تخریب کننده سیستم اعصاب مرکزی است. آسیبشناسی این بیماری تا کنون مشخص نشده است، اگرچه شواهدی حاکی از تاثیر عوامل محیطی بر افراد دارای استعداد ژنتیکی وجود دارد. در بسیاری از مطالعات مبتنی بر جمعیت نقش هاپلوتایپ های hla drb1*15 (hla drb1*1501, dqa1*0102, dqb1*0602) در خطر ابتلا به ms تکرار و تایید شده است. با این حال، مطالعات تعدادی از جمعیتها نتایج مختلفی را نشان داده است. هدف از این مطالعه بررسی فراوانی الل hla drb1*1501 در جمعیت خوزستان بود. مواد و روش ها: تعداد 2?? نفر از بیماران مبتلا به مالتیپلاسکلروزیس در این مطالعه فراوانی مورد بررسی قرار گرفتند. نسبت مرد به زن تقریباً 4:1 بود. 7/87% بیماران به عنوان rrms و بقیهی بیماران به عنوان ppms ,prmsو spms دستهبندی شدند. hla typing به روش واکنش زنجیره ای پلیمراز sequence-specific primers (pcr-ssp) صورت گرفت. بیماران دارای الل hla drb1*1501 دو باند bp 197 و bp 356 را نشان می دهند ولی بیمارانی که فاقد این الل هستند فقط باند bp 356 را نشان می دهند.(باند کنترل داخلی) نتایج: 5/41% درصد از بیماران مبتلا به ms استان خوزستان برای این زیرگروه اللی مثبت بودند. نتیجهگیری: فراوانی بدست آمده با دیگر مطالعات مشابه صورت گرفته در ایران و نیز تعدادی ازمطالعات صورت گرفته در دیگر قسمتهای جهان مطابقت دارد.

بررسی فراوانی hla-dqb1*0602 در بیماران مبتلا به ms در استان خوزستان
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم 1393
  رضوان ذبیحی   حمید گله داری

مقدمه: بیماری مالتیپل اسکلروزیس یک بیماری التهابی دمیلینه کنندهی سیستم عصبی مرکزی می باشد. مطالعات نشان داده است که فاکتورهای محیطی و ژنتیکی هر دو در آسیب شناسی بیماری نقش دارند. الل های hla class ii (drb1*1501, dqa1*0102, dqb1*0602) احتمالا اثر ژنتیکی مهمی را در بیماری ms دارند. هر چند، ‏این مسئله در جمعیت های مختلف مورد بحث می باشد. با توجه به اینکه تاکنون مطالعه¬ای در ارتباط با بررسی فراوانی hla-dqb1*0602 در استان خوزستان صورت نگرفته است، این پژوهش به مطالعه¬ی فراوانی الل hla-dqb1*0602 به عنوان یکی از مهمترین الل های شناخته شده در بیماری ms پرداخت. روش کار : این مطالعه به بررسی فراوانی hla-dqb1*0602 در 200 بیمار خوزستانی مبتلا به ms و 200 فرد کنترل سالم پرداخت. نسبت زن به مرد 4:1 بود hla typing . با روش pcr-ssp انجام شد. بحث و نتیجه گیری : نتایج نشان داد که? 5/61 از بیماران این الل را داشتند. با توجه به فراوانی بالای این الل در بیماران، 200 نمونه¬ی کنترل را که از لحاظ سنی و جنسی با گروه بیمار مطابقت داشتند، نیز برای بررسی همراهی احتمالی الل با بیماری بررسی شدند اما 5/58? از افراد کنترل نیز برای این الل مثبت بودند و نتایج آماری همراهی معنی¬داری را بین الل مذکور و بیماری ms نشان نداد. این نتیجه با نتیجه¬ی اکثر مطالعات در جمعیت های آسیایی از جمله ایران مطابقت داشته اما در تناقض با نتایج بدست آمده در اکثر جمعیت¬های اروپایی می¬باشد.

بررسی جهش های احتمالی اگزون های 7، 8 و 9 ژن pax5 در تعدادی از بیماران مبتلا به لوسمی حاد لنفوبلاستی نوع b در استان خوزستان
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم 1393
  زهرا ورناصری   سعیدرضا خاتمی

لوسمی لنفوئیدی حاد رده سلولی b اختلال در تکثیر و تمایز لنفوسیت¬های b می¬باشد. میزان بروز سالیانه ی لوسمی لنفوئیدی حاد در جهان 3 نفر در هر 100000 نفر است. 8 درصد همه¬ی لوسمی¬ها لوسمی لنفوئیدی حاد می¬باشد (80 درصد در کودکان). ژن¬های بسیار مهمی در تکامل رده¬ی لنفوئیدی b به عنوان فاکتور رونویسی عمل می¬کنند. ژن pax5 یک ژن مهم در تکامل رده سلولیb است که موتاسیون¬های آن در چندین اختلال سلول b همراه شده با تغییرات ژنتیکی دخالت می¬کند. تغییرات ژنتیکی این ژن در 30 درصد موارد بیمار کودک و بزرگسال گزارش شده¬است. اگزون¬های 7، 8 و 9 این ژن دمین فعال کننده رونویسی را کد می¬کنند و این دمین برای عملکرد محصول این ژن بسیار حائز اهمیت می¬باشد. هدف این مطالعه تعیین توالی اگزون های شماره 7، 8 و 9 از ژن pax5 در نمونه های کودک b-all می¬باشد. نمونه¬ی خون 50 بیمار مبتلا به لوسمی لنفوئیدی حاد سلول b جمع¬آوری گردید و پس از استخراج dna و طراحی پرایمرها برای اگزون¬های نامبرده شده، واکنش زنجیره¬ای پلی¬مراز و تعیین توالی انجام گردید. پس از مقایسه ی نتایج حاصل از تعیین توالی با توالی¬های مرجع، مشاهده گردید در هیچکدام از بیماران موتاسیون در این قسمت ژن وجود نداشت. یک پلی¬مورفیسم تبدیل نوکلئوتید g به a(rs:35469494) در اگزون شماره 9 در 8 مورد بیمار (16 درصد کل بیماران) در موقعیت 343 پروتئین pax5 و در موقیعت 36846913 کروموزوم 9 مشاهده گردید، که اسیدآمینه گلیسین را کد می-کند. این پلی¬مورفیسم در 7 مورد به صورت هتروزیگوت و در 1 مورد به صورت هموزیگوت مشاهده گردید. این موضوع بسیار مهم است که برخلاف سایر مطالعات مبنی بر وجود موتاسیون¬ها در اگزون¬های شماره 7، 8 و 9، در مطالعه ما هیچ¬گونه موتاسیون نقطه¬ای در این اگزون¬ها مشاهده نشد و بنابراین این قسمت از پروتئین از نظر موتاسیون¬های نقطه¬ای در بیماران مورد بررسی در استان خوزستان کامل و بدون نقص می¬باشد. به¬نظر می¬رسد در جمعیت مورد بررسی سایر قسمت¬های این ژن و یا سایر اشکالات این اگزون¬ها می¬تواند در بیماری زایی b-all نقش داشته باشد البته برای تائید این مطلب نیاز به مطالعات بیشتر می¬باشد

بررسی جهش های احتمالی اگزون های 4، 5 و 6 ژن pax5 در تعدادی از بیماران مبتلا به لوسمی حاد لنفوبلاستی نوع b در استان خوزستان
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم 1393
  مینا معین خیاط   حمید گله داری

لوسمی لنفوبلاستی حاد، اختلال سلول¬های پیشگام لنفوئیدی است. هر دو رده¬ی لنفوسیتی b و t در این بیماری درگیر می¬شوند ولی در بیشتر موارد لوسمی لنفوبلاستی حاد رده¬ی سلولی b را شامل می¬شود. 80% این بیماران را کودکان تشکیل می¬دهند. شیوع لوسمی لنفوبلاستی حاد کودکان در اروپا و ایالات متحده 5/3-3 در هر 100000 کودک است. آنالیز مولکولی تغییرات ژنتیکی رایج در سلول-های لوکمیک بر شناخت ما از پاتوژنز و پیش¬آگهی این سرطان موثر است. تغییرات سوماتیکی ژن فاکتور رونویسی لنفوئیدی pax5 (bsap نیز نامیده می¬شود) از ویژگی¬های لوسمی لنفوسیتی حاد سلول b است. ژن pax5 روی کروموزوم 9p13.2 قرار دارد و برای متعهد شدن سلول¬های پیشگام لنفوئیدی در مسیر سلول b لازم است. این ژن در 32% موارد لوسمی لنفوسیتی حاد سلول b جهش¬یافته است. هدف این مطالعه شناسایی جهش¬های احتمالی اگزون¬های 4، 5 و6 ژن pax5 موثر در لوسمی لنفوسیتی حاد سلول b در استان خوزستان بود. این تحقیق 50 بیمار مبتلا به این بیماری در استان خوزستان را شامل می¬شد. نمونه خون از این بیماران گرفته و dna استخراج شد. پس از بررسی کیفیت ژنوم استخراج شده، جهش¬های احتمالی اگزون¬های 4، 5 و 6 ژن pax5 به وسیله¬ی pcr و توالی یابی مورد بررسی قرار گرفت. در نهایت نتایج توالی¬یابی با توالی¬های مرجع اگزون¬های 4، 5 و 6 ژن pax5 مقایسه گردیدند. در یک بیمار، یک پلی¬مورفیسم در اینترون 5 ژن pax5 مشاهده شد. پلی¬مورفیسم rs7021250 در اینترون 5 ، نوکلئوتید c را به نوکلئوتید a تبدیل می¬کند. 98 نوکلئوتید بین پلی¬مورفیسم rs7021250 در اینترون 5 با آخرین نوکلئوتید این اگزون فاصله وجود داشت. در یک بیمار دیگر، دو پلی¬مورفیسم در اینترون 6 ژن pax5 مشاهده شد. پلی¬مورفیسم rs371713875 در اینترون 6 نوکلئوتید g را به نوکلئوتید a و پلی¬مورفیسم rs368253522 در اینترون 6 نوکلئوتید c را به نوکلئوتید t تبدیل می¬کند. به ترتیب، 15 و 18 نوکلئوتید بین پلی¬مورفیسم¬های rs371713875 و rs368253522 در اینترون 6 با آخرین نوکلئوتید این اگزون فاصله وجود داشت. این پلی¬مرفیسم¬ها گزارش شده بودند. یافته¬های ما در مورد جهش¬های احتمالی اگزون¬های 4، 5 و 6 ژن pax5 در 50 بیمار مبتلا به لوسمی لنفوسیتی حاد سلول b در استان خوزستان، هیچ جهشی را در این سه اگزون نشان نداد. سه پلی¬مورفیسم در این جمعیت پیدا شد که این پلی¬مورفیسم¬ها در اینترون¬ها بودند. احتمالا در این جمعیت، نقاط دیگری از ژن pax5 در بیماری¬زایی در گیر است.

بررسی همراهی hla-drb5*01 با بیماری مولتیپل اسکلروزیس (ms) در استان خوزستان
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم 1393
  طاهره لطیفی پاکدهی   حمید گله داری

مقدمه: بیماری مولتیپل اسکلروزیس یک بیماری خود ایمن، دمیلینه کننده و تخریب کننده سیستم اعصاب مرکزی است. آسیبشناسی این بیماری تا کنون مشخص نشده است، اگرچه شواهدی حاکی از تاثیر عوامل محیطی بر افراد دارای استعداد ژنتیکی وجود دارد. در بسیاری از مطالعات نقش الل های hla class ii شامل drb1*1501,drb5*0101, dqa1*0102, dqb1*0602 در خطر ابتلا به ms بررسی شده است. با توجه به اینکه تاکنون مطالعه¬ای در ارتباط با بررسی همراهی hla-drb5*01 با بیماری ms در استان خوزستان صورت نگرفته است، این پژوهش به بررسی همراهی گروه آللی مذکور با بیماری ms پرداخت. روش کار : این مطالعه به بررسی همراهی hla-drb5*01در 202 بیمار خوزستانی مبتلا به ms و 187 فرد کنترل سالم پرداخت. نسبت زن به مرد 4:1 بود hla typing . با روش pcr-ssp انجام شد. بحث و نتیجه گیری : نتایج نشان داد که72/27% از بیماران این لکوس را داشتند.تعداد 187 نمونه¬ی کنترل که از لحاظ سنی و جنسی با گروه بیمار مطابقت داشتند، نیز برای بررسی همراهی احتمالی الل با بیماری بررسی شدند. 39/21% از افراد کنترل نیز برای این الل مثبت بودند و نتایج آماری همراهی معنی¬داری را بین گروه آللی مذکور و بیماری ms نشان نداد.

بررسی جهش های احتمالی در اگزون های ژن های hadhb وhadha در بیمار خوزستانی مبتلا به نقص پروتئین سه عملکردی میتوکندریایی (tfp)
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم 1394
  مهدیه شاهرخی   حمید گله داری

(mitochondrial trifunctional protein (mtp که در غشای درونی میتوکندی متصل است،سه مرحله نهایی چرخه بتا اکسیداسیون اسید های چرب را کاتالیز میکند.این کمپلکس یک هترو-اکتامر کمپلکس است که از 8 قسمت(زیرواحد) تشکیل شده است. 4زیرواحد ? شامل (lceh(long-chain2,3-enoyl-coahydratase و (lchad (long-chain 3- hydroxyacyl coa dehydrogenase می باشد و 4 زیرواحد ? که در برگیرنده فعالیت (lckt(long chain 3-ketoacyl coa thiolase می باشد، که سه مرحله آخر چرخه بتا اکسیداسیون اسیدهای چرب زنجیره بلند را کاتالیز می کنند. این بیماری یک اختلال نادر اتوزومی مغلوب است، که طیفی از علائم را در بر می گیرد. m-tfp deficiency به دو بیماری تفکیک می شود: isolated lchadd و complete m-tfp deficiency. نوع شایعتر isolated lchadd می باشد و به علت وقوع جهش در ژن hadha که کد کننده زیرواحد ? است رخ می دهد.نوع complete mtpd شیوع کمتری دارد.بروز جهش در ژن hadhb که کد کننده زیرواحد ? می باشد و یا جهش در ژن hadha، سبب این نوع ازاختلال است.

شناسایی جهش(های) احتمالی در اگزون های ژن abca3 در یک بیمار ایرانی مبتلا به سندرم زجرتنفسی.
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم 1394
  فریده رضایی   حمید گله داری

مقدمه. سندرم زجرتنفسی نوزادان (infant respiratory distress syndrome) ، یک بیماری حاد ریوی است که معمولا نوزادان نارس به آن مبتلا می شوند. در این بیماری، ریه نابالغ و غیر عملکردی است. در واقع نقص در سورفاکتانت باعث ایجاد این بیماری می شود. سورفاکتانت باعث کاهش کشش سطحی آلوئول ها می شود و در نتیجه از کلاپس و بسته شدنشان جلوگیری می کند. پروتئین abca3 ترنسپورتر لیپیدهای سورفاکتانت، نقش بسیار مهمی در تولید سورفاکتانت دارد. وقوع جهش در این ژن می تواند تولید سورفاکتانت و عملکرد صحیح ریه را تحت تاثیر قرار دهد.

بررسی جهش های احتمالی اگزون های ژن ldlr در یک خانواده ایرانی مبتلا به هایپر کلسترولمی فامیلی
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم 1394
  مرضیه نیک خوی   علی محمد فروغمند

زمینه و هدف: هایپرکلسترولمی فامیلی fhیک اختلال اتوزومی غالب است. این بیماری به دلیل جهش دریکی از سه ژن ldlr، apob-100 وpcsk9 رخ می دهد. که در اکثر موارد شایع ترین علت ژنتیکیfh جهش های ژن مسئول ldlr می باشد که منجر به بالا رفتن سطح ldl کلسترول و بیماریهای زودرس عروق کرونری قلبی (chd) و آرترواسکلروزیس زودرس می گردد . هدف از این مطالعه بررسی جهش های احتمالی اگزون های ژن ldlr دریک خانواده ایرانی مبتلا به هایپرکلسترولمی فامیلی در استان خوزستان می باشد. مواد و روش ها: در این پژوهش مطالعه یک خانواده مبتلا به بیماری fh از طریق بررسی اگزون های ژن ldlr به روش pcr-sequencing مورد مطالعه واقع گردید. یافته ها: در این مطالعه پلی مورفیسم g>tدر اگزون شماره 1 و جهشg>a در اگزون 10 وپلی مورفیسم a>gبا rs:5927 در اگزون 15این ژن دراین خانواده شناسایی شد. بحث: شواهدی قوی مبنی بر پلی مورفیسم بودنg>t در اگزون شماره 1 موجود است ،که برای تایید پلی مورفیسم بودن یا پاتوژن بودن مطالعات بیشتری لازم است . نتیجه گیری: این پژوهش نقش جهش دراگزون 10 ژن گیرنده لیپوپروتئین بادانسیته پایین را در هایپرکلسترولمی فامیلی دراین خانواد به احتمال زیاد نشان داده است . واژه گان کلیدی: ژن گیرنده لیپوپروتئین با دانسیته کم ، هایپرکلسترولمی فامیلی، pcr-sequencing

جداسازی و همسانه سازی ژن اندو 1و4 بتا زایلاناز a از باکتری nesterenkonia sp.strain f در باکتری e.coli.
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم 1394
  هاجر محمدی   حمید گله داری

nestrenconia sp.strain.f یک جنس نمک دوست از خانواده micrococcacae است که ژنوم آن غنی از cg است. توسط نرم افزار rast ژنوم باکتری را بررسی کردیم. این بررسی نشان داد که ژنوم باکتری حاوی ژن endo-1,4-beta-xylanase است. پروتئین های اندو 1و4 بتا زایلاناز ( ec 3.2.1.8) آنزیم های هیدرولاز هستند که پیوند های 1-4 گلیکوزیدیک را در مولکول زایلان از ترکیب همی سلولوز می شکند.مطالعات دینامیک مولکولی مشخص کرد که این آنزیم دارای جایگاه اتصال به سوبسترای زایلان و برخی کوفاکتور های احتمالی است. همچنین مشخص شد که علارغم وجود تفاوت در توالی آمینو اسیدی، این پروتئین قادر است زایلان را به عنوان سوبسترا تشخیص دهد و می تواند عملکرد آنزیمی خود را روی آن اعمال کند.

غربالگری جهش های ژن بتاگلوبین در بیماران مبتلا به بتاتالاسمی ماژور در استان خوزستان
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه پیام نور - دانشگاه پیام نور استان تهران - دانشگاه پیام نور مرکز تهران (واحد دماوند) - دانشکده علوم پایه 1386
  بهناز اندشتی   حمید گله داری

چکیده ندارد.

بررسی همبستگی دو پلی مورفیسم ژن نوروگلین 1 با اسکیزوفرنیا
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1387
  علی محمد شریعتی   مهرداد بهمنش

چکیده ندارد.

بررسی همراهی بین افراد مبتلا به اسکیزوفرنی و پلی مورفیسمa384038t در اگزون 11 ژن disc 1
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم 1387
  مریم حیدری کاهکش   حمید گله داری

چکیده: اسکیزوفرنیا یکی از اختلالات روان شناختی است که ژنتیک در آن دخیل می باشد. یک ترانسلوکاسیون متعادل دو طرفه به صورت (1;11)(q42;q14.3) در یک فامیل بزرگ اسکاتلندی گزارش شد که این ترانسلوکاسیون همراه با اسکیزوفرنیا و اختلال دو قطبی در خانواده نیز همراهی نشان می داد. ژن disc1 در مرزهای این ترانسلوکاسیون روی کروموزوم شماره 1 یافت شد. در این مطالعه که در اهواز صورت گرفتser704cys))a384038t snp واقع در اگزون 11 ژن disc1 مورد بررسی قرار گرفت. افراد مورد مطالعه 200 فرد بیمار اسکیزوفرنیک بر اساس معیارهای dsm-iv و200 نمون? غیر بیمار بودند که به عنوان گروه کنترل مورد بررسی قرار گرفتند. این نمونه ها از استان های فارس و خوزستان و با در نظر گرفتن قومیت جمع آوری شدند. ما از مطالعه کنترل - موردی برای مشخص کردن همراهی احتمالی بین پلی مورفیسمser704cys و اسکیزوفرنیا استفاده کردیم. فراوانی ژنوتیپی در دو گروه کنترل و بیمار به وسیله روش pcr-rflp مشخص شدند و سپس داده ها توسط لجستیک رگرسیون مورد بررسی قرار گرفتند. آنالیز داده ها در استان فارس بین این پلی مورفیسم و اسکیزوفرنیا همراهی نشان نداد or=1.176, %95ci=0.688 - 2.010, p =0.552)) اما در نمونه های استان خوزستان افزایش آلل a با خطر ابتلا به اسکیزوفرنیا همراهی نشان می داد .(or=0.536, %95ci=0.291-0.989, p =0.046) در صورت یکی در نظرگرفتن دو جمعیت اهواز و شیراز، اختلاف معنی داری بین پلی مورفیسم a384038t و اسکیزوفرنیا مشاهده نشد p=0.072)).