نام پژوهشگر: منوچهر میرشاهی

افزایش حساسیت کیتهای تشخیصی آنتی ژن-آنتی بادی با استفاده از poly-hrp متصل به دکستران
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1389
  فهیمه چربگو   منوچهر میرشاهی

از گذشته تا به امروز تشخیص بیماری ها یکی از مهمترین مراحل کنترل سلامت بشر بوده است. بنابراین تلاش های بسیاری در راستای ارتقاء سطح روشهای تشخیص بیماری ها اعم از ابداع روشهای جدید، افزایش حساسیت روش های قدیمی و ... انجام شده است، تا این امکان را برای بشر فراهم کند که بیماری ها را در مراحل اولیه آن شناسایی و اقدام به درمان به موقع آن نماید. در بسیاری از موارد، با توجه به مقدار بسیار کم، آنالیت مورد بررسی در سیستم های بیولوژیکی، نیاز به حساسیت سیستم آشکارسازی کاملاً محسوس است. استفاده از سیستم بیوتین- استرپتاویدین یکی از گزینه هایی است که در آشکارسازی مولکولهای زیستی به کمک آنزیم های ردیاب( مانندhrp) از اهمیت زیادی برخوردار می باشد. هدف از این تحقیق سنتز سوپرکمپلکسی شامل تعداد بسیاری مولکول hrp که به دکستران متصل شده اند تحت عنوان پلی hrp و اتصال آن به آنتی بادی مورد نظر برای افزایش حساسیت کیتهای تشخیصی است، تا بدین صورت گامی در جهت تحقق هدف پیش گفته صورت گیرد. این امر با اتصال آنزیم پراکسیداز تربچه موسوم به hrp به پلیمری به نام دکستران و تهیه سوپرکمپلکسdex-hrp و کونژوگه کردن آن با آنتی بادی از طریق سیستم بیوتین-استرپتاویدین محقق گردید. نتایج بدست آمده در تست های الایزا و ایمونوهیستوشیمی گویای کارآیی بالای کمپلکس سنتز شده در شناسایی پیکوگرم آنتی ژن است

تولید و خالص سازی آنتی بادی مونوکلونال موشی بر ضد فعال کننده بافتی پلاسمینوژن
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1388
  سینا ساری خانی   منوچهر میرشاهی

فعال کننده بافتی پلاسمینوژن (t-pa) یک سرین پروتئازاست که زایموژن غیر فعال پلاسمینوژن را به فرم فعال آن یعنی پلاسمین تبدیل می کند که آنزیم اصلی حل شبکه های فیبرینی تشکیل شده در عروق می باشد.در برخی از پاتولوژی ها غلظت این آنزیم در خون افزایش یا کاهش می یا بد و اندازه گیری آن در خون می تواند در تشخیص نوع پاتولوژی کمک کند. به علاوه این مولکول تا به امروز تنها داروی تایید شده توسط fda برای درمان افراد مبتلا به سکته های مغذی حاد می با شد. اما استفاده از این دارو بسیار کم می باشد. زیرا درصدی هر چند ناچیز از افراد تحت درمان با آن دچار خونریزی های مغذی می گردند. گروه های زیادی در تلاشند تا به نحوی با مطالعه مکانیزم های درگیر، مانع از اثرات جانبی این داروی ارزشمند گردند.همچنین در سال های اخیر گزارش های بسیاری مبنی بر حضور فعال این ترکیب در بخش های مشخصی از مغز داده شده است و عملکرد ها و سوبستراهای متفاوتی برای آن ارائه شده است. در این مطالعه به تولید آنتی بادی های مختلفی بر ضد اپی توپ های مختلف مولکول t-pa پرداخته شده است .از چنین آنتی بادی هایی می توان در طراحی کیت های آزمایشگاهی برای اندازه گیری میزان این ترکیب در مایعات مختلف زیستی سود جست.کاربرد دیگر این آنتی بادی ها تسهیل در شناسایی مکانیزم ها و خصوصیات ناشناخته این دارو می باشد. به علاوه در صورت انسانی شدن، می توان از این دسته آنتی بادی ها در جهت مهار و خنثی سازی اثرات نا مطلوب t-pa در بیماران استفاده نمود. در این مطالعه پس از ایمونیزاسیون موش ها و انجام هیبریداسیون سلولی تعداد 58 کلونی به دست آمد که از میان آن ها 3 کلونی مثبت بودند . پس از کلونینگ سلولی و خالص سازی آنتی بادی ها اثرات آن ها بر روی سیستم فیبرینولیز بررسی شد . از بین آنتی بادی های حاصله ، 2 آنتی بادی به نام های s1d8 و s3f9 باعث مهار این سیستم شده و آنتی بادی سوم به نام s3e5 هیچگونه اثری بر روی فیبرینولیز نداشت . آزمایش های الایزای رقابتی نشان داد که هر سه آنتی بادی قادرند pa- t را در حالت محلول شناسایی کنند . از طرفی هر 3سه در میان کنش pa- t و سوبسترای کروموژنیک آن اختلالی ایجاد نمی کردند . با توجه به این مشاهدات مشخص شد که آنتی بادی s3e5 اپی توپی غیر کانفورماسیونی را می شناسد که نقشی در کمپلکس سه گانه فیبرین- پلاسمینوژن- pa- t ندارد . اما 2 آنتی بادی دیگر محتملا مانع از اتصال pa- t به فیبرین و یا پلاسمینوژن می گردند .

تولید آنتی بادی مونوکلونال موشی بر ضد آلفاآمیلازحاصل از باکتری بومی bacillus sp.kr8104
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1389
  بهمن اونق   منوچهر میرشاهی

آنزیم آلفا آمیلاز از سویه باکتریایی bacillus sp.kr8104 از 422 اسید آمینه تشکیل شده و 48 کیلو دالتون جرم دارد. این آنزیم یک آنزیم ترشحی میباشد که توسط این سویه به فضای خارج سلولی ترشح میشود. این آنزیم دارای دو فرم بالغ و نابالغ می باشد. آیا آنزیم آمیلاز به صورت نابالغ توسط باکتری ترشح میشود و سپس در محیط خارج سلولی بالغ میشود یا به صورت بالغ به خارج از سلول ترشح میشود؟ سوالی است که در مورد این آنزیم مطرح شده است. با تهی? آنتی بادی مونوکلونال علیه فرم های مختلف آلفا آمیلاز از سویه باکتریایی bacillus sp.kr8104 و استفاده از آن به عنوان ابزار تشخیص در تست های ایمیونولوژی نظیر elisa و immunoblot می توان به این سوال جواب داد. در این مطالعه پس از 3 نوبت تزریق زیر پوستی آلفا آمیلاز به 5 موش از نوع balb/c و تعیین تیتر آنتی بادی اختصاصی با روش الایزا، با به کارگیری پلی اتیلن گلیکول 1500، سلول های لنفوسیت موش های ایمن شده با سلول های میولما sp2/0 ادغام شدند. سپس سلول های به دست آمده از مرحله ی قبل، در محیط کشت حاویhat و سرم 20% کشت داده شدند و بعد از 2 هفته 117 کلون هیبریدوما به دست آمد. برای تشخیص و انتخاب هیبریدوماهای با توانایی ترشح آنتی بادی علیه قطعه یc-terminal موجود در آلفا آمیلاز از bacillus sp. kr-8104 و آنزیم بالغ آلفا آمیلاز bacillus sp. kr-8104 الایزا روی محیط کشت روی کلون های حاصل انجام شد، که بین کلون ها یک کلون با توانایی ترشح آنتی بادی علیه قطعه ی c-terminal موجود در آلفا آمیلاز از bacillus sp. kr-8104 و یک کلون با توانایی ترشح آنتی بادی علیه آنزیم بالغ انتخاب شد. با روش رقیق سازی محدود یک کلون پایدار در تولید آنتی بادی مونوکلونال مورد نظر به دست آمد. آن گاه سلولهای هیبریدوما برای بررسی های بیش تر تقسیم و فریز شد. کلمات کلیدی: قطعهc-terminal آنزیم آلفا آمیلاز، هیبریدوما، آنتی بادی مونوکلونال

کلونینگ و بیان scfv آنتی بادی منوکلونال موشی ضد پلاسمینوژن انسانی و بررسی فعالیت فیبرینولیتیک آن
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1389
  محبوبه سیفی ابوالحسن   منوچهر میرشاهی

امروزه آنتی بادی های منوکلونال از پر مصرف ترین داروهای بیولوژیک هستند. اولین گام در این راستا ساخت قطعات آنتی بادی (scfv) است که مزیت آن در داشتن اندازه کوچک، پاکسازی (کلیرانس) سریع از خون و نفوذپذیری بهتر به بافت ها است. آنتی بادی منوکلونال a1d12 که سبب افزایش هضم لخته به مقدار 50-3 برابر در حضور فعال کنندگان پلاسمینوژن می شود، کاندید خوبی به عنوان دارو در بیماران مبتلا به انسداد رگی است. بنابراین هدف اصلی در این بررسی برداشتن اولین گام های لازم در راستای انسانی کردن این آنتی بادی یعنی تهیه scfv است. با طراحی پرایمرهایی، جداسازی ژن های دو زنجیره متغیر سبک و سنگین (vh , vl) انجام شد سپس به کمک soe-pcr این دو قطعه متغیر به هم متصل شدند. پس از بیان این قطعه در سیستم e.coli، elisa و آزمایش تعیین فعالیت روی آن انجام شد. نتایج به دست آمده حاکی از این بود که این scfv می تواند آنتی ژن خود را بشناسد و اثرات آنتی بادی مادر را مانند افزایش تبدیل پلاسمینوژن به پلاسمین در حضور فعال کنندگان پلاسمینوژن نشان دهد.

تولید هیبریدومای تولیدکننده ی آنتی بادی منوکلونال موشی بر ضد لوسیفراز حشره شب تاب گونه ی فوتینوس پیرالیس
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1389
  مهناز بژگی   منوچهر میرشاهی

آنتی بادی های منوکلونال توسط سلولهای هیبریدوما که نامیرا هستند ترشح شده و به صورت اختصاصی یک اپی توپ خاص را شناسایی می کنند. هیبریدوما از ادغام سلولهای لنفوسیت میرای تولید کننده آنتی بادی با سلولهای نامیرای میلوما بوجود می آید. آنتی بادی های منوکلونال در مطالعات دارویی، تشخیص بیماریها ودرمان برخی بیماریها مانند عفونتها و سرطانها استفاده می شوند. آنتی بادی ها ابزار مفیدی در دست محققان بوده و منجر به پیشرفتهای قابل توجهی در زمینه دارویی می شوند. لوسیفراز حشره شب تاب گونه ی فوتینوس پیرالیس یک آنزیم گزارش دهنده است که واکنش بیولومینسانس را کاتالیز می کند. لوسیفراز نقش مهمی در تصویر برداری از تومورها ومتاستاز دارد. ما مونوکلونال آنتی بادیهایی علیه لوسیفراز تولید کردیم که برای سیستمهای آشکارساز آزمایشگاهی مثل وسترن بلات،الایزا،ایمونوهیستوشیمی و.... به کار میرود. برای این کار پروتئین لوسیفراز متصل به his-tag، که در e.coliبیان شده بود را با ستون نیکل سفاروز، تخلیص کردیم. پروتئین های تخلیص شده را با روش بردفورد، تعیین غلظت کردیم. چند موش balb/c با 50µgr از آنتی ژن خالص شده برای هر موش، ایمونیزاسیون کردیم. سلول های میلومای موشی(sp2) که برای رسیدن به فاز لگاریتمی رشد،کشت داده شده بودند با سلول های لنفوسیتی بدست آمده از طحال موش ادغام شدند. پس از اینکه سلول های لنفوسیت با میلوما به نسبت 5 به 1 مخلوط شدند peg1500 اضافه کردیم تا سبب ادغام غشای سلول ها در هم شود. پس از 5 بار هیبریداسیون در میان کلنی های بدست آمده، یک کلون هیبریدوما بدست آمد که آنتی بادی های منوکلونال با افینیتی بالا و ویژگی اختصاصی نسبت به لوسیفراز ترشح می کرد. اتصال اختصاصی این آنتی بادی ها به لوسیفراز با الایزا و وسترن بلات نشان داده شد.

تولید آنتی بادی منوکلونال موشی بر ضد آنتی ژن سطحی ویروس هپاتیت نوع b
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1390
  مرتضی قرایت   منوچهر میرشاهی

آنتی بادیهای منوکلونال از طریق هیبریداسیون سلولی و تولید سلولهای هیبریدوما که نامیرا هستند ترشح شده و به صورت اختصاصی عمل کرده و یک اپی توپ خاص را شناسایی می کنند. هیبریدوما از ادغام سلولهای لنفوسیت با عمر محدود و تولید کننده آنتی بادی با سلولهای نامیرای میلوما بوجود میآید.از آنتی بادیهای منوکلونال در مطالعات دارویی، تشخیص بیماریها ودرمان برخی بیماریها مانند عفونتها و سرطانها استفاده می شود. آنتی بادیها منجر به پیشرفتهای قابل توجهی در زمینه دارویی و تشخیصی شده اند. در تولید آنتی بادی منوکلونال به روش هیبریداسیون سلولی برای بدست آوردن سلولهای تولید کننده آنتی بادی نامیرا، ابتدا یک حیوان (معمولا موش )با آنتیژن مورد نظر ایمیونیزه میشود. انتخاب هیبریدوماهای تولید شده به روش هیبریداسیون حاصل از سلول های لنفوسیت حیوان که آنتی بادی مورد نظر را تولید میکنند وسلول های میلوما در شیشه انجام میشود

بررسی نقش قطعات انتهایی c و n و حضور یک قطعه با ترادف his-his روی ساختار- فعالیت و پایداری آنزیم متیل گلی اکسال سنتاز
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1392
  ملیحه محمدی   منوچهر میرشاهی

آنزیم متیل¬گلی¬اکسال¬سنتاز واکنش تبدیل دی¬هیدروکسی¬استون¬فسفات را به متیل¬گلی¬اکسال انجام می-دهد. این آنزیم هموهگزامر بوده و فسفات مهار¬کننده آلوستریک آن می¬باشد. این آنزیم اولین¬بار از باکتری اشرشیاکلی جداسازی و مطالعه شده است. بررسی ساختار کریستال mgs اشرشیاکلی نشان می¬دهد که پل¬نمکی ایجاد شده بین آسپارتیک¬اسید20 با آرژنین150 در حضور فسفات، در انتقال تغییرات آلوستریکی در آنزیم نقش دارد. اخیرا" ژن سازنده mgs از باکتری thermus sp. gh5(tmgs)، کلون و ساختار کریستال آن نیز مطالعه شده است. مطالعات نشان می¬دهند که این آنزیم 132 آمینو¬اسیدی در مقایسه با آنزیم اشرشیاکلی، بطور طبیعی فاقد 10 آمینو¬اسید در دو انتهایn و c است. مقایسه ضریب هیل emgs و tmgs نشان می¬دهد که نبود آرژینین150 در tmgs باعث کاهش در تعاونی بین زیر¬واحدها در حضور فسفات شده است. در این پژوهش 10 باقیمانده آمینو¬اسیدی از انتهای کربوکسی آنزیم مزوفیل (emgs-δc) حذف گردید. سنجش¬های سینتیکی نشان¬دهنده ایجاد خاصیت آلوستریکی در عدم حضور فسفات، برای جهش یافتهemgs-δc بود. مقایسه ساختار و پایداری حرارتی این دو آنزیم نشان داد که ساختار emgs-δc در مقایسه با emgs وحشی بازتر شده است. همچنین در این تحقیق ساختار- فعالیت و پایداری emgs با tmgs مقایسه شد. برای بررسی اثر میانکنش بین هیستیدین-هیستیدین بر پایداری حرارتی و ساختار tmgs، دو جهش¬یافته بوجود آمد که در یکی از آنها یک (tmgs-hho) و در دیگری دو هیستیدین (tmgs-hhho) بین آرژنین22 و هیستیدین23 (ho) قرار داده شدند. مطالعات پایداری حرارتی و ساختاری نشان داد که پایداری tmgs-hho در مقایسه با آنزیم وحشی افزایش یافته ولی پایداری tmgs-hhho کمتر شده است. برای بررسی نقش هیستیدین23 در پایداری tmgs، ho در جهش یافته tmgs-hhho به آلانین تبدیل شد (tmgs-hha). پایداری این آنزیم نسبت به آنزیم وحشی کاهش و در مقایسه با tmgs-hhho افزایش یافت که نشان می¬دهد میانکنش هیستیدین-هیستیدین در جایگاه 23 احتمالا نقش مهم در پایداری tmgs دارد.

بهینه سازی بیان scfv آنتی بادی مونوکلونال موشی ضدپلاسمینوژن انسانی(a1d12) در e . coli
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده زیست شناسی 1392
  میلاد بالازاده   منوچهر میرشاهی

آنتی¬بادی a1d12 ضد پلاسمینوژن انسانی می¬باشد. این آنتی¬بادی می¬تواند سرعت تبدیل پلاسمینوژن به پلاسمین را به کمک فعال¬کننده¬های پلاسمینوژن افزایش دهد. آنتی¬بادی مذکور همراه با داروهای ترمبولایتیک پتانسیل بالایی برای درمان افراد مبتلا به بیماری های قلبی عروقی دارد. مشکلی که در رابطه با استفاده از این آنتی¬بادی وجود دارد ماهیت موشی آن می¬باشد که سبب پاسخ ایمنی می¬گردد. اولین گام در راستای انسانی کردن این آنتی¬بادی تهیه scfv فعال می¬باشد. به علت بیان بسیار پایین این scfv در مطالعه قبلی، دراین تحقیق توالی scfv مذکور پس از بهینه سازی کدونی در وکتورهای بیانی pet-26b و pet-3d ساب کلون شده و در سویه ها¬ی بیانی bl-21 و rosetta-gami2 از باکتری e.coli ترانسفورم گردید. بررسی نمونه های بیانی در هر دو مورد نشان داد که پروتئین بیان شده به صورت اجسام انکلوژنی است. از این رو مراحل فولد مجدد روی اجسام انکلوژنی از طریق دیالیز مرحله ای و بافر اکسایش- کاهش صورت گرفت. نتایج حاصل از الایزای رقابتی و کروماتوگرافی تمایلی نشان می دهد که حداقل بخشی از این اجسام انکلوژنی دارای فرم صحیح بوده و قادر به شناخت آنتی ژن مذکور هستند.

ساب کلونینگ، بیان و تخلیص استرپتوکیناز
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم 1386
  مهدی ابراهیمی گهراز   منوچهر میرشاهی

استرپتوکیناز (sk) یک داروی ویژه و موثر در درمان ترومبولایتیک سکته های حاد قلبی می باشد. علی رغم وجود محدودیت های قابل توجه، به دلیل قیمت نسبتا پایین استرپتوکیناز، این پروتئین هنوز یک داروی انتخابی به ویژه در کشورهای کم درآمد می باشد. در بررسی حاضر، تولید و تخلیص استرپتوکیناز با استفاده از وکتور بیانی pet21a(+) مورد ارزیابی قرار گرفته است. برای این منظور ابتدا پلاسمید pet21a(+) که حاوی ژن skc ( بدست آمده از streptococcus equisimilis h46a ) بود ، به میزبان مناسب (e.coli bl21) انتقال یافت. در مرحله بعد شرایط تولید استرپتوکیناز از نظر دما، غلظت های مختلف lactose به عنوان القاء گر و نیز مدت زمان القاء بهینه سازی شد.پس از بهینه سازی شرایط تولید، قسمت عمده پروتئین تام باکتری متعلق به sk ( اسرپتوکیناز) گردید. پس از بررسی sk تولید شده بر روی ژل sds-page.مشخص شد محصول یک اینکلوژن بادی است و نمیتوان فعالیت بیولوژیکی sk خالص شده با استفاده از سوبسترای سنتتیک (s2251) را اندازه گیری کرد. ما در این مطالعه از وکتور بیانی pet21a(+)استفاده کردیم . انتخاب میزبان مناسب برای تولید پروتئین های نوترکیب یکی از مهمترین فاکتورهایی است که بر روی سطح بیان پروتئین مورد نظر تاثیر می گذارد. پیشنهاد می شود از میزبان های دیگر نیز برای این منظور استفاده شود.

بررسی پایداری حرارتی آنزیم آلفا آمیلاز حاصل از باسیلوس kr8104 با استفاده از موتاسیون هدفمند
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم 1390
  مهسا رحیم زاده   منوچهر میرشاهی

برای استفاده کارآمد از آلفا- آمیلازها این آنزیم ها باید در دماهای بالا پایدار بوده و فعالیت خود را حفظ کنند. یکی از دلایل غیر فعال شدن حرارتی برگشت ناپذیر آنزیم ها، ایجاد تغییرات کووالان نظیر دآمیداسیون اسید آمینه های آسپارژین و گلوتامین می باشد. اسیدهای آمینه آسپارژین در دماهای بالا ممکن است دستخوش تغییر شیمیایی نظیر جدا شدن گروه آمین شوند. در این مطالعه آلفا- آمیلاز جدا شده از سویه ایرانی باسیلوس kr8104 که bka نامیده می شود مورد بررسی قرار گرفت. انتخاب اسیدهای آمینه آسپارژین به منظور ایجاد جهش با تمرکز بر ساختار کریستالی پروتئین انجام شد. با توجه به ساختار سه بعدی پروتئین 6 اسید آمینه آسپارژین که انتظار می رفت بطور بالقوه قابلیت دآمیده شدن داشته باشند انتخاب شده و بوسیله موتاسیون هدفمند به اسیدهای آمینه دارای بار مثبت، بار منفی و قطبی بدون بار تغییر یافتند. به این ترتیب 16 جهش یافته مختلف ایجاد شده و میزان پایداری حرارتی هر کدام پس از انکوبه کردن در دمای بالا مورد بررسی قرار گرفت. در مقایسه با آنزیم وحشی 4 آنزیم جهش یافته توانستند پایداری پروتئین را در دمای بالا افزایش دهند. بیشترین پایداری در مورد جایگزینی n112d مشاهده گردید که سبب افزایش نیمه عمر پروتئین به میزان 5 برابر در دمای c° 70 شده بود. همچنین جایگزینی های n112e، n129d و n312s نیز توانستند پایداری پروتئین را به طور قابل توجهی افزایش دهند. در مرحله بعد به منظور افزایش بیشتر پایداری پروتئین، 5 جهش یافته حاوی 2 جهش و یک موتانت دارای 3 جهش ساخته شده و پایداری حرارتی آنها مورد بررسی قرار گرفت. موتانت دارای دو جهش n112d/ n129d بیشترین میزان پایداری را داشته و نیمه عمر این آنزیم در مقایسه با آنزیم وحشی حدود 9 برابر افزایش یافت. علاوه بر نیمه عمر پروتئین ها دیگر پارامترهای مرتبط با پایداری نظیر t50 و tm نیز اندازه گیری شدند. نتایج نشان دادند که جایگزینی های انجام شده اثرات مطلوبی در بهبود پایداری حرارتی آنزیم bka ایجاد کرده اند.

بررسی پایداری حرارتی آنزیم آلفا آمیلاز حاصل از باسیلوس 8104kr با استفاده از موتاسیون هدفمند
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم زیستی 1390
  مهسا رحیم زاده   خسرو خواجه

برای استفاده کارآمد از آلفا- آمیلازها این آنزیم ها باید در دماهای بالا پایدار بوده و فعالیت خود را حفظ کنند. یکی از دلایل غیر فعال شدن حرارتی برگشت ناپذیر آنزیم ها، ایجاد تغییرات کووالان نظیر دآمیداسیون اسید آمینه های آسپارژین و گلوتامین می باشد. اسیدهای آمینه آسپارژین در دماهای بالا ممکن است دستخوش تغییر شیمیایی نظیر جدا شدن گروه آمین شوند. در این مطالعه آلفا- آمیلاز جدا شده از سویه ایرانی باسیلوس kr8104 که bka نامیده می شود مورد بررسی قرار گرفت. انتخاب اسیدهای آمینه آسپارژین به منظور ایجاد جهش با تمرکز بر ساختار کریستالی پروتئین انجام شد. با توجه به ساختار سه بعدی پروتئین 6 اسید آمینه آسپارژین که انتظار می رفت بطور بالقوه قابلیت دآمیده شدن داشته باشند انتخاب شده و بوسیله موتاسیون هدفمند به اسیدهای آمینه دارای بار مثبت، بار منفی و قطبی بدون بار تغییر یافتند. به این ترتیب 16 جهش یافته مختلف ایجاد شده و میزان پایداری حرارتی هر کدام پس از انکوبه کردن در دمای بالا مورد بررسی قرار گرفت. در مقایسه با آنزیم وحشی 4 آنزیم جهش یافته توانستند پایداری پروتئین را در دمای بالا افزایش دهند. بیشترین پایداری در مورد جایگزینی n112d مشاهده گردید که سبب افزایش نیمه عمر پروتئین به میزان 5 برابر در دمای c° 70 شده بود. همچنین جایگزینی های n112e، n129d و n312s نیز توانستند پایداری پروتئین را به طور قابل توجهی افزایش دهند. در مرحله بعد به منظور افزایش بیشتر پایداری پروتئین، 5 جهش یافته حاوی 2 جهش و یک موتانت دارای 3 جهش ساخته شده و پایداری حرارتی آنها مورد بررسی قرار گرفت. موتانت دارای دو جهش n112d/ n129d بیشترین میزان پایداری را داشته و نیمه عمر این آنزیم در مقایسه با آنزیم وحشی حدود 9 برابر افزایش یافت. علاوه بر نیمه عمر پروتئین ها دیگر پارامترهای مرتبط با پایداری نظیر t50 و tm نیز اندازه گیری شدند. نتایج نشان دادند که جایگزینی های انجام شده اثرات مطلوبی در بهبود پایداری حرارتی آنزیم bka ایجاد کرده اند.

ساخت و تعیین خصوصیت vhhمناسب علیه dr5
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم زیستی 1393
  شیرین جلیلی   منوچهر میرشاهی

یکی از امید بخش ترین روش های درمان سرطان، القاء آپوپتوز در سلول های سرطانی است. به همین منظور، چندین آنتی بادی آگونیست علیه گیرنده مرگ 5 (dr5) تولید شده است، که تحت ارزیابی بالینی قرار دارند. اساسا، با فعال شدن dr5 در سلول های سرطانی القاء آپوپتوز در مسیرهای داخلی و خارجی آغاز می گردد. این گیرنده در بخش خارج سلولی خود دارای چندین دومن عملکردی است، که در بین آنها دومن های غنی از سیستئین (crds) آن نقش کلیدی در القاء آپوپتوز با واسطه ی اتصال به trail دارند. اخیرا مشخص شده است، اتصال آنتی بادهای منوکلونال آگونیست به دومن دیگری از ناحیه ی -n ترمینال dr5 نیز می تواند آپوپتوز را القا کنند. دومن های متغییر مشتق شده از زنجیره ی سنگین آنتی بادی های شتری به نام vhhها یا نانوبادی ها، کوچکترین قطعات مقاوم و کارآمدی هستند، که قادرند به آنتی ژن ها متصل شوند. ویژگی های منحصر به فرد vhhها ، باعث شده است که آنها کاندیداهای مناسبی برای تشخیص و درمان محسوب شوند. در این تحقیق با استفاده از تکنیک نمایش فاژی و ایمن کردن شتر با آنتی ژن های پروتئین نوترکیب dr5و پپتید حاوی بخش اپی توپی (1itqqdlapqqra12)، کتابخانه ژنی حاوی vhhهای شتری ساخته شد. با غربالگری این کتابخانه فاژِی، در طی مراحل غنی سازی موفق به جداسازی سه متصل شونده با تمایل بالا به اپی توپ پپتیدی واقع در ناحیهntr گیرنده dr5و پنج متصل شونده دیگر با تمایل بالا به تمامی بخش خارج سلولی dr5شدیم. با استفاده از مطالعات تئوریک داکینگ محل اتصال این نانوبادی های تولید شده روی گیرنده dr5پیش بینی شد. هم چنین جهت بهبود ویژگی های اتصالی vhhهای به دست آمده جهش های مناسب با هدف افزایش بلوغ میل پیوندی برای هر نانوبادی طراحی شد. بررسی فعالیت بیولوژیکی دو مونوفاژ که از لحاظ نتایج مونوفاژالایزا و نتایج داکینگ نسبت به مونوفاژهای دیگر شرایط اتصالی بهتری با dr5 داشته اند، با آزمون های بیولوژیکیmtt و فعالیت کاسپاز 3 مورد بررسی قرار گرفت. کارایی اتصال و عملکرد این مونوفاژها بر روی کشت سلول حاکی از فعالیت مناسب این مونوفاژها در القائ آپوپتوز می باشد. با در نظر گرفتن نقش کلیدی این اپی توپ ها در القاء آپوپتوز، متصل شونده-های انتخاب شده، می توانند کاندیداهای مناسبی برای راه اندازی آپوپتوز در سلول های سرطانی متفاوت باشند.

بررسی اثر آنتی بادیهای منوکلونال ضد hcg روی سلولهای سرطانی انسان
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1386
  مجتبی فتحی   منوچهر میرشاهی

چکیده ندارد.

بررسی احتمال حضور آنتی بادی هایی با فعالیت کاتالیتیک در سرم افراد دیابتی
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1387
  ملیحه محمدی   منوچهر میرشاهی

چکیده ندارد.

تهیه و بررسی خواص نوری خطی و غیر خطی نانو ذرات (نقاط کوانتومی) کادمیوم سلنید cdse
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1387
  زهره شادرخ   احمد یزدانی

چکیده ندارد.

بررسی تأثیرات لایه بیولوژیک بر روی خواص مغناطیسی نانوذرات fe3o4
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم انسانی 1387
  فاطمه کرمی   احمد یزدانی

از آنجا که رفتار فروسیال ها در دو دهه اخیر کاربرد زیادی در پزشکی و حافظه های مغناطیسی پیدا کرده است ، لذا شکل گیری کل پیوند ، ساختار کریستالی ، اندازه ، توزیع دانه های مغناطیس در پراکنده کردن مواد فوق درمحلول های آبی ضمن تاثیر گذاری ، تاثیر پذیر خواهند بود. از تاثیر پذیری و تاثیر گذاری ذرات کلوئیدی مغناطیسیfe3o4 معلق در محیط ، سیالی به روش هم رسوبی شیمیائی فراهم شده و پایداری آن از طریق حفظ کنترل ph مورد مطالعه می باشد . با تغییر درصد اوره وکنترل ph ، دانه بندی ، شکل گیری ساختار در دو دمای مشخص 25-27?c و 0-2?c از طریق اندازه گیری sem , x-ray , ftir و vsm مورد بررسی قرار گرفت. نتایج sem و x-ray بیانگر آنست که با زیاد شدن اوره در محیط ، دانه بندی ضمن همگنی، بهتر شکل گرفته و همچنین ساختار کریستالی نیز ضمن شکل گیری مکعبی به سمت کوچک شدن ( کم شدن ثابتهای شبکه ) می رود ، که نتایج فوق در طیفftir بیانگر فشار محیط بیرونی بر تقارن مولکولی و ساختاری می باشد . همچنین حوزه ریزدانه ها بگونه ای است که بیانگر فاز سوپرپارامغناطیس با شیب مناسب مغناطش بوده و در دمای 0-2 c مغناطش اشباع کاهش یافته که مبتنی بر نظم درونی سیستم و کاهش آزادی ذرات در دمای پایین است. نتایج حاصل از آزمایش ها با نتایج گزارش شده در سایر مقالات با روشهای مشابه و غیر مشابه هم خوا نی دارد.

بهینه سازی بیان ‏‎refolding‎‏ و تخلیص پپتید‏‎n-terminal‎‏ نوترکیب پلاسمینوژن انسانی از باکتری ‏‎escherichia coli‎‏
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1381
  محمدرضا قرایتی   منوچهر میرشاهی

بیماریهای ترومبوتیک که با تشکیل لخته در مسیر جریان خون همراه هستند سالانه موجب مرگ هزاران نفر در جهان می شوند. در شرایط فیزیولوژیک در صورت بروز لخته سیستم فیبرینولیتیک مسئول حل لخته می باشد.پلاسمینوژن ، اصلی ترین پروتئین سیستم فیبرینولیز، شامل سه قسمت ساختاری است که عبارتند از : پپتید بخش ‏‎-n‎‏ ترمینال (‏‎ntp‎‏) ، قسمت کرینگلها که شامل 5 کرینگل (‏‎k1-k5‎‏) و بخش ‏‎c ترمینال که فعالیت آنزیمی مولکول را پس از فعال شدن آن بوسیله فعال کننده های پلاسمینوژن برعهده دارد. امروزه یکی از روشهای درمان بیماریهای ترومبوتیک، حل لخته بوسیله تزریق فعال کننده های پلاسمینوژن از جمله فعال کننده بافتی پلاسمینوژن(‏‎t-pa‎‏) است.‏