هورمون های محور هیپوفیز-تیروئید نقش مهمی در حفظ وضعیت فیزیولوژیکی نرمال بدن مهره داران دارند و به صورت مستقیم بر بسیاری از ارگان های بدن تاثیر می گذارند. از این رو اختلال در عملکرد این محور می تواند بر سایر بخش های بدن تاثیر گذارد. هدف از مطالعه حاضر ارزیابی اختلالات اندوکرینی تیروئید ماهی بیاح (liza abu) و ماهی شوریده (otolithes ruber) تحت تاثیر آلاینده های محیطی خور موسی بود. در تحقیق حاضر 50 قطعه ماهی بیاح نر و ماده با میانگین وزنی g 2/8 ± 4/100 و میانگین طولی cm 8/ 0± 1/18 و 50 قطعه ماهی شوریده با میانگین وزنی g 2/7 ± 9/296 و میانگین طولی cm 6/2± 5/27 از 5 ایستگاه در خور موسی شامل: 1)پتروشیمی 2)غنام 3)زنگی 4)دورق 5) پاتیل و همچنین چند قطعه ماهی بیاح و شوریده از خور سجافی واقع در خور موسی به عنوان نمونه های شاهد برای مقایسه با دیگر ایستگاه های مورد مطالعه جمع آوری شد. پس از خون گیری و جداکردن پلاسمای خون ماهیان، غلظت هورمون های تری یدوتیرونین (t3) و تترایدوتیرونین (t4) به روش الایزا در پلاسمای خون این ماهیان مورد سنجش قرار گرفت. پس از خون گیری نمونه هایی از بافت تیروئید ماهیان اخذ شده در فرمالین 15 درصد تثبیت گردید و بر اساس روش های مرسوم بافت شناسی مورد مطالعه قرار گرفت. کمترین میزان هورمون t3 و بیشترین میزان هورمون t4 در هر دو گونه ماهی در ایستگاه پتروشیمی مشاهده شد. همچنین تغییرات هیستوپاتولوژیک شامل خونریزی در ایستگاه های زنگی، غنام و پتروشیمی مشاهده گردید. ایستگاه پاتیل دارای کمترین میزان ضایعات و ایستگاه پتروشیمی دارای بیشترین ضایعات بود. در هر دو ماهی بیاح و شوریده تغییرات ساختاری مشاهده شده و میزان این ضایعات با میزان آلودگی ایستگاه رابطه نزدیکی داشت. نتایج این تحقیق نشان دهنده اثرات منفی آلاینده های محیطی بر تعادل هورمون های تیروئیدی و کاهش تبدیل t4 به t3 به علت مهار آنزیم مونودیودیناز بود. کلمات کلیدی: هورمون های تیروئیدی، تری یدوتیرونین، تترایدوتیرونین، بیاح، شوریده