لکه سیاه سیب [venturia inaequalis (cke.) wint.]، یکی از مهم ترین بیماری های سیب است. جهت کنترل این بیماری، توسعه ارقام مقاوم سیب ضرورت دارد. علی رغم وجود ژنوتیپ های اهلی و وحشی متنوع سیب در ایران، احتمال حضور ژن های مقاومت بررسی نشده است. از طرف دیگر، به کارگیری ارقام مقاوم، مستلزم مطالعه ساختار ژنتیکی جمعیت های بیمارگر است. در این پژوهش، نمونه های برگ و میوه مبتلا به لکه سیاه سیب از مناطق عمده تحت کشت سیب کشور جمع آوری شدند. تشخیص مولکولی جدایه های قارچی، با استفاده از جفت آغازگرهای its5/ its4 انجام شد و سپس از 12 جفت آغازگر ریزماهواره برای ارزیابی ساختار ژنتیکی بین و درون جمعیت های قارچی استفاده شد. بر اساس نتایج حاصل، مقادیر بالای متوسط تعداد آلل ها در هر مکان ژنی، میانگین تنوع ژنی و شاخص pic نشان دهنده چندشکلی بالا و کارایی مناسب آغازگر ssr بود. جمعیت های قارچی بر اساس گسترش در مناطق جغرافیایی مختلف به چهار گروه طبقه بندی شدند و پراکنش نسبتا یکنواختی از جمعیت های قارچ مشاهده گردید. تنوع ژنتیکی داخل هر یک از جمعیت ها، به مراتب زیادتر و جدایه ها با درصد تنوع بالا در 19 گروه قرار گرفتند. مقدار شاخص f_st جمعیت ها نیز بیانگر تمایز زیاد در زیرجمعیت های قارچی بود. توجه به نتایج حاصل، می توان گفت که احتمالا موطن قارچ در ایران کمربند شمالی کشور است. جهت بررسی امکان حضور ژن های مقاومت به قارچ v. inaequalis در 28 رقم اهلی و ژنوتیپ وحشی سیب، از آغازگرهای اختصاصی و scar در واکنش pcr استفاده گردید. نتایج حاصل، حضور ژن های مقاومت به لکه سیاه شامل rvi2، rvi6، rvi8 و rvi11 را در تعدادی از ژنوتیپ های مورد بررسی تایید نمود. ژنوتیپ های وحشی، تعداد ژن مقاومت بیشتری را به همراه داشتند. تعدادی از ارقام به عنوان ارقام متحمل و تعدادی به عنوان ارقام حساس ارزیابی شدند.