فاضل مقداد در استنباط آموزه های کلامی از دو منبع عقل و نقل استفاده کرده است. ایشان در استفاده از نقل معتقد است که در مباحثی می توان از نقل بهره برد که صحت نقل متوقف بر آن نباشد. ایشان به وفور از آیات قرآن استفاده می کند و علاوه بر نقل قطعی، خبر واحد را، در صورتی که از لحاظ سندی و دلالی صحیح باشد و مخالفت با عقل نداشته باشد، در مباحث فرعی کلامی معتبر می داند. در روش عقلی؛ ایشان از دو کارکرد منبعی عقل یعنی عقل نظری و عملی، استفاده می کند. پر کاربردترین روش عقل نظری در استنباط آموزه ها، کشف استلزامات، و در عقل عملی، حسن و قبح عقلی می باشد. فاضل مقداد در تبیین، از روش های متعددی همچون تعریف مفردات، ذکر تاریخچه، و برای مباحث عقلی از روش ذکر مثال و محسوس سازی معقولات استفاده می کند.. فاضل مقداد گاهی با توجه به تقدم و تأخر آموزه ها، تنظیم می کند و گاهی به لحاظ ترتیب منطقی. فاضل مقداد در محتوای استدلال از مقدمات عقل نظری و عملی و ادله نقلی و همچنین ترکیب بین این دو استفاده می کند, و در صورت؛ از روش های عمده استدلال مانند انواع قیاس و برهان ذوحدین و برهان سبر و تقسیم بهره می برد. برای پاسخ گویی به شبهات نیز از روش های متعددی مانند رد صورت استدلال شبهه گر و رد مبانی آن استفاده می کند. آخرین مرحله نیز، رد مکاتب معارض است که فاضل مقداد در این مرحله روش هایی را مانند رد لوازم دیدگاه و استفاده از مبانی طرف مقابل و نشان دادن تضاد در آن ها، به کار می گیرد.